蘇軾擢升中書舍人，還不滿半年，元祐元年八月間，又蒙太皇太后詔遷翰林學士、知制誥。金馬玉堂的翰林學士，位三品，是侍從近臣中的高階職官，地位超越給事中、六尚書。
翰林故事：學士入朝，有朱衣院吏二人，雙雙引至朝堂而止；給三省公文，不必用申狀，只以尺紙直書其事，品位清華，從可想見。所以，當時的士大夫間，但凡聽到有人新任翰林學士，便稱「一佛出世」，其於世人心目中的尊榮，竟至如此。
然在蘇軾，起自憂患未久，一再升遷，已遭他人側目而視，現在更有新命，預見必將招來許多嫉妒，轉生無窮煩惱。因此一再懇辭，卻不蒙太皇太后允准。
宋制，兩制以上官，初除之日，須舉自代官一人，此亦沿襲唐朝的舊制，唐則常參官視事之三日，令舉一人自代，目的是擴大延攬人才的門徑，被舉的人，只是登記儲備，並非真欲進用。
蘇軾舉以自代者，是他所尊重的朋友——黃庭堅。
庭堅初以秘書省校書郎被召入京，不久，除修神宗實錄院檢討官，與王安石門下的陸佃共事，觀點不同，時生齟齬，工作甚不愉快，而蘇軾舉以自代的狀文，則推重備至，如曰：
伏見某官黃某，孝友之行，追配古人，瑰瑋之文，妙絕當世。……
蘇軾始供翰林學士職，官中派遣西頭供奉官充待詔董士隆到蘇宅來傳讀聖旨，宣召入學士院。 按唐制，宰相以下，初命都不舉行宣召禮。唯有翰林學士，則必宣召。那個氣派，真所謂已極儒臣的尊榮，故《謝宣召入院狀》說：
里巷傳呼，親臨詔使；私庭望拜，恭被德音。……伏以朝論所高，禁林為重。非徒翰墨之選，乃是將相之儲。
學士院設在宮禁內，非內臣宣召，不能進去。學士院的院門之外，另又設置一道復門，也是因為該院直通宮廷，門禁非得那麼森嚴不可。
宋太宗於汴京西郊鑿金明池，簡稱西池，中有台榭，以閱水戲。 地在順天門外，池九里三十步。每年三月一日起開放，准許士庶入園遊覽，至上巳日帝駕臨幸畢，即關閉。每歲朝廷賜二府從官宴及進士聞喜宴，皆在西池舉行。張擇端所畫《清明上河圖》，追摹汴京景物，即是此時此事。
蘇軾受任之次年三月十四日，出遊西池，宋肇（懋宗）親見都人聚觀翰林公出遊之盛，作詩征和，黃庭堅次韻詩曰：
金狨系馬曉鶯邊，不比春江上水船。
人語車聲喧法曲，花光樓影倒晴天。
人間化鶴三千歲，海上看羊十九年。
還作遨頭驚俗眼，風流文物屬蘇仙。
遨頭，蜀人俗語，謂遊樂也。此詩所說金馬玉堂人物的威儀之重，以及被社會尊崇的普遍，也是宋代文化的特色之一。
蘇軾還朝，不到一年，扶搖直上，忽已身入玉堂，躋位禁林，固非始料所及，而太皇太后對他簾眷之隆，只是使他自感兩肩沉重，深為踧踖不安。依照宋朝常例，翰林學士常為宰輔的後備人選，搞政治的人，對這方面最為敏感。詔命既頒，朝士們就紛紛議論起來，認為照這樣快的進度發展下去，蘇軾遲早會拜相。有一部分人就生怕蘇軾拜相，照他這種善善惡惡、毫不假借的脾氣，別人還怎麼能「搞政治」？他們有意要給他兜頭澆桶冷水，以杜後患。
有兩個現成的掌故可用，一是從前王安石深膺帝眷，神宗有意大用，諮詢韓琦的意見，韓說：「安石為翰林學士有餘，處輔弼之地則不可。」 現在不是大家都在罵王安石嗎？又如孫升曾對司馬光說：「蘇軾為翰林學士，其任已極，不可以加。如用文章為執政，則國朝趙普、王旦、韓琦，未嘗以文稱。」
現在，孫升為侍御史奏曰：
輔弼經綸之業，不在乎文章學問。今蘇軾之學，中外所服，然德業器識，有所不足。為翰林學士，可謂極其任矣，若或輔佐經綸，則願陛下以王安石為戒。
蘇軾自知生性甚不適於做官，更未期望過輔弼經綸的相業，因為他明白自己缺乏做宰相必需的政治手腕。意識深處，寄望較為實際的蘇轍，能夠發揮眉山蘇氏的政治抱負。所以眼見蘇轍同月除起居郎，入侍邇英；十一月又擢升中書舍人，這才是他最大的愉悅。
果然，升遷，在蘇軾不啻是一個新的災難的開頭。就職後主辦第一次「試館職」，首由洛學弟子藉機發難，隨後司馬門下的官僚集團也參加了，聯合攻擊起來。蘇軾的預慮沒有錯，樹大招風，是現實政治上必然會發生的風波。
「試館職」是學士院的職掌。進士候選館職，必須試而後用。英宗治平二年，蘇軾自鳳翔任滿還朝，也是通過館職試，才得「直史館」這個職務的。按照規定，應試的進士經大臣保薦，獲得省札通知，方具應試資格。然後，皇帝命太史局擇定日期，到考試前一天，內侍省還要差官一員充監門，鎖學士院 ，有如現在的入闈，在院內撰策題三道，送請皇上點定一題。至第二天清晨，才派員引導應試進士入院考試，參加考試的人可領在藏庫錢三十緡，充作餐費。試畢，恭錄策題，連同試卷，送呈皇帝御批等策。
這次考試的策問題，共擬三道。第一、第二兩題，是翰林承旨鄧溫伯撰的，第三道「師仁祖之忠厚，法神考之勵精」題，為蘇軾所擬。這三道題目由蘇軾親自繕正進呈，蒙御筆點定用第三道，恰為蘇軾所撰。
不料這道題目，卻發生了極大的風波。
這場風波，首先發難的是朱光庭。光庭，字公掞，偃師人，與蘇軾進士同年，是程頤的得意弟子，以司馬光之薦，於元豐八年為左正言，乞罷青苗法，論蔡確、章惇、韓縝等直言耿耿，故蘇軾作《次韻朱光庭初夏》詩：
朝罷人人識鄭崇，直聲如在履聲中。
卧聞疏響梧桐雨，獨詠微涼殿閣風。
…………
不料現在惡意抨擊他的，卻是這位老朋友。光庭現任左司諫，他割裂全題中的兩段：一是「今朝廷欲師仁祖之忠厚，而患百官有司不舉其職，或至於媮。欲法神考之勵精，而恐監司守令不識其意，流入於刻」。二是「昔漢文寬仁長者，至於朝廷之間，恥言人過而不聞其有怠廢不舉之病。宣帝綜核名實，至於文理之士，咸精其能，而不聞其有督責過甚之失」。
既從原題中割出這樣本不連貫的兩段，斷章取義，加以「箋注」，便可據以彈劾蘇軾為臣不忠，譏議先朝，控他有誹謗仁宗、神宗兩代先帝的大罪。光庭的結論說：
臣以為仁宗之深仁厚德，如天之為大，漢文不足以為也。神考之雄才大略，如神之不測，宣帝不足以為也。今學士院考試官不識大體，反以媮刻為議論，乞正考試官之罪。
章上，太后不相信蘇軾會有譏議先帝的意思，明白諫官們尋瑕摘疵，只是嫉妒而已，所以下詔：「蘇軾特放罪。」放罪即免罪之意。蘇軾認為他本無罪，不甘被人平白誣謗，十二月十八日上章自辯道：
臣之所謂媮與刻者，專指今日之百官有司及監司守令不能奉行，恐致此病，於二帝何與焉？至前論周公太公，後論文帝宣帝，皆為文引證之常，亦無比擬二帝之意。
他最後說：「這道策題是經御筆點定的，若有諷譏之意，豈能逃過聖鑒？」 這封辯狀遞上去後，詔又追命放罪。
其時蜀人呂陶為右司諫，頗為蘇軾不平，上疏糾彈朱光庭。他說：「蘇軾所撰策題，蓋設此問以觀其答，非謂仁宗不如漢文，神考不如漢宣。台諫當徇至公，不可假借事權，以報私隙。」
於是，他揭發此案的真實背景道：
議者謂軾嘗戲薄程頤，光庭乃其門人，故為報怨。夫欲加軾罪，何所不可？必指其策問以為訕謗，恐朋黨之弊自此起矣。
呂陶，字元鈞，蜀之成都人。蔣堂守蜀，親自到州學考課，呂陶時年十三，所作為蔣太守所激賞，譽為賈誼之文，故有神童之目。後來成進士，又中熙寧制科，元祐初召為諫官。
本來這件案子，尚屬簡單，不過是洛學弟子為他們的老師報一箭之仇而已。但在此時，忽然有個謠言說，朝廷以為朱光庭論罪不當，將逐去之，於是司馬門下那班正格的官僚，對蘇軾，不能不生恐懼心理，趁此機會，群起而攻。十二月二十七日，御史中丞傅堯俞疏論，二十八日侍御史王岩叟又繼起上奏，幫朱光庭說話，疏論蘇軾「以文帝有蔽，則仁宗不為無蔽；以宣帝有失，則神宗不為無失，雖不明言，其意在此」，乞正蘇軾應得之罪。這簡直是以訟師們慣用的伎倆，拿來羅織蘇軾。蘇軾認為洛學弟子以國家賦予的諫權，作為報復私怨的工具，實在可恥；而司馬門下的傅堯俞，是他多年好友，王岩叟是韓魏公的幕賓，淵源私交，兩皆深厚，現在卻為什麼也來趁火打劫，他不能理解，只覺得政治上的人情詭變，令他非常沮喪。
二年正月十七日，蘇軾再上辯札。十八日太皇太后召傅、王兩人入對，目的本在疏解，不料堯俞、岩叟在太后簾前，卻又再度強調蘇軾策題的不當。太皇太后憤怒了，面詰道：「這是朱光庭的私意