元祐元年（1086）四月癸巳，王安石薨於金陵。
是年閏二月司馬光拜相時，安石已經卧病在床。他的弟弟安禮帶了朝報來看他，安石在病床上展讀，他只慨然說了一句：「司馬十二作相矣。」別的什麼也沒說。
後來陸續聽到朝廷在頻頻廢止他所創建的新法，他也夷然不以為意，從不說話。直到聽到罷免役、復差役事時，他才愕然失聲道：「連這個也罷了。」停頓好久，又緩緩接著道：「此法終究是不該罷廢的。某與先帝反反覆復討論了兩年，才付諸實行，此中利害，講求無不曲盡，此法終不可罷。」
安石去世的噩耗傳至京師時，司馬光也在病中，他怕政治上的投機分子，乘勢詆毀這位國家元老，趕忙在病床上倚枕作書給呂公著說：
介甫文章節義，過人處甚多。但性不曉事而喜遂非，致忠直疏遠，讒佞輻輳，敗壤百度，以至於此。
今方矯其失，革其弊，不幸介甫謝世，反覆之徒，必詆毀百端。光意以為朝廷特宜優加厚禮，以振起浮薄之風。苟有所得，輒以上聞。不識晦叔以為何如？更不煩答以筆札，扆前力言，則全仗晦叔也。
朝廷追贈太傅，蘇軾撰敕，竭誠推美。如言：
將有非常之大事，必生希世之異人。使其名高一時，學貫千載，智足以達其道，辯足以行其言，瑰瑋之文足以藻飾萬物，卓絕之行足以風動四方。用能於期歲之間，靡然變天下之俗。
又稱其學術造詣曰：
少學孔孟，晚師瞿聃。網羅六藝之遺文，斷以己意；糠粃百家之陳跡，作新斯人。
稱朝廷對他的眷悼，則曰：
朕方臨御之初，哀疚罔極。乃眷三朝之老，邈在大江之南。究觀規模，想見風采。豈謂告終之問，在余諒暗之中。胡不百年，為之一涕。
安石薨逝之日，正是政治上極端的反對派當權之時，滿朝儘是當年被他排擠的人物，飾終論典，何嘗沒有人不想乘機打一場死老虎！幸而司馬光識得大體，蘇軾也善代王言，元祐朝士胸襟氣度的寬宏闊大，真不可及。
司馬溫公自與王荊公議政不合，退出中樞，居住洛陽，一十五年，邀約門人在獨樂園裡，專心著作《資治通鑒》，脫稿未久，就受宣仁太后的徵召還朝，時已六七高齡，身體一向不好，拜相後工作繁劇，於是百病叢生。但他上則感激太后倚任之重，下則凜懼人民望治之切，無法顧及自己的病體，日夜孜孜，唯恐不及。他的門人弟子舉諸葛亮「食少事繁，其能久乎」的故事來勸他，他則淡然說道：「死生，命也。」依然終日營營，不肯稍息。
太皇太后知道司馬光力疾從公的情形，立即下詔免他朝參，准在禁城中乘轎，三日一入省。司馬光認為「不敢當」，又說：「不見君，不可視事。」於是太后只好詔令：由他兒子司馬康扶掖入對。這樣的情形，何能持久，終於到了真正撐持不住的一天，他只好寫信給呂公著說：
光以身付醫，以家事付子，惟國事未有所託，今以屬公。
遺憾的是病體拖延已經太久，繼久疾之後，死亡便悄悄來到。
元祐元年（1086）九月初一，宋尚書左僕射司馬光薨於位，享年六十八歲。還朝主政，為時不過一年，距王荊公之薨於金陵，亦只差遲四個多月而已。
溫公薨日，皇帝方領大臣舉行明堂祀典，朝臣以致齋，不能趨奠，至禮成降赦畢，參與祀典的三省官亟欲趕往司馬相邸弔唁時，不料時任崇政殿說書的程頤，攔著眾官道：
「《論語》：子於是日哭，則不歌。豈可賀赦才了，便去弔喪。」這時候旁邊有人詰難道：「孔子說：『哭則不歌。』沒有說歌則不哭。」
蘇軾平常就很討厭這位拘泥古禮、不近人情的道學先生，這時再也按捺不住，便嘲笑程頤道：「此乃枉死市叔孫通所制的禮。」眾官大笑。
其時蘇軾已受任翰林學士，作了祭文，不顧程頤的反對，和兩制官一同前往祭奠。程頤看攔阻眾人不住，便去跟司馬家的孝子說：「不得受悼。」大家去碰了一個壁，很是生氣。
蘇軾又說：「可謂鏖糟陂里叔孫通。」
程頤為溫公主辦喪事，一切都遵古禮。用錦綢做囊，把遺體裝在囊中為斂。
蘇軾實在看不過去，便指著錦囊道：「還欠一物，當寫信物一角，送上閻羅大王。」
伊川程子是個道貌岸然的人，面色淡黃，目有稜角，顴骨微收，一臉結實剛勁的神氣，短短的白須在頰上如欲飛動，剛方莊重，凜然不可侵犯。 蘇軾卻那樣笑謔了他，這不但傷害了程頤的尊嚴，而且開罪了視程頤為聖人的一班洛學弟子，遺下後來無窮的後患。
程頤是司馬光、呂公著兩人會同薦舉的河南處士。他十五六歲時，與其兄程顥從周濂溪學，為承襲宋學的代表人物，人稱「二程子」，居學術界的領導地位。英宗、神宗兩朝，大臣屢次推薦，他都拒不出任。元祐初，他因少年皇帝的教育，關係國家未來隆替，所以，以五十之年才出山來，要以成就君德為己任。初詔為西京國子監教授，力辭不就，元年二月再召為秘書省校書郎，入對稱旨，改崇政殿說書。宋制：經筵講官，地位高者為侍講、侍讀，秩卑資淺者為說書。程頤起於處士，故敘官僅得「說書」，他也不以為意。只是照他理想，動輒誦說三代古禮，言則必稱堯舜孔孟，這迂夫子的樣子在官場中卻很惹人厭惡。蘇軾和他同樣不適於做官，但卻相反，處處以精神自由為重的人，心裡非常鄙薄程頤的矯揉造作，視之為偽君子；程頤看蘇軾，則是一個浮薄文人，彼此都很瞧不起對方。
程頤在經筵為皇帝講書，中間有段休息時間，移坐殿旁小軒。哲宗當時還是一個十一歲的孩子，閑著，靠在窗檻上，隨手摺了一條柳枝來玩。這本是平常小事，不料程頤便拉長了臉告誡起來，說什麼時當春和，萬物發生，不可無故折柳，致傷天地和氣等，嚕嚕囌蘇一大套，說得少年皇帝很不高興，把那條柳枝恨恨地擲在地上。司馬光聽得這個報告，便很感慨地對門人批評道：「使人主不願親近儒生，正因為有這等樣人的緣故。」
其實，一般人都有同樣的觀念，所謂道學家，上焉者自立崖岸，高不可攀；下焉者，冬烘猥瑣，不過供人訕笑。程頤的作風，遠不如他的老哥程顥通達，他那種僵硬頑固的態度，即使同是研治天人性命之學的洛學泰斗邵雍（康節），也認為伊川已經鑽入牛角尖里，救拔甚不容易。
相傳，邵康節病亟將歿，程頤趕去向他問「道」，康節笑道：「正叔，你這人可謂生在姜樹頭上，將來亦必死於姜樹上。」
「此話怎解？」程頤沒能聽懂。康節張開兩手示意，他還是不解。康節說：「面前路徑須令寬，路窄時，自身且無著處，何能使別人行？」
然而，他自立朝以來，所言所行，卻仍然是最狹窄的路徑，生薑樹頭的三代古禮。
程門弟子認為蘇軾侮辱了老師，就誣言蘇軾欲主辦溫公的喪事，為程頤所得，因此生了妒嫉之心。這是卑劣的人身攻擊，蘇軾也不必以主辦丞相的喪事來增高自己的身價。另有一種批評：
「子瞻，溫公門下士也，聞其捐館，不見有慘切之容，悼惜之語，而輕浮謔笑，無異平時。」
不論蘇軾對程頤的謔笑，原系極端鄙薄的變形發泄，然而，身臨喪家，態度總欠莊敬，這還不失是一種合理的批評。
司馬光飾終之典，非常隆重，太皇太后和皇上都親臨弔奠，同時輟朝三日誌哀。贈太師溫國公，予謚「文正」，襚以一品禮服，賜龍腦水銀棺斂，賻贈銀三千兩，絹四千匹，派員護喪，歸葬於他的故鄉——陝州夏縣之涑水鄉。
司馬既逝，朝中大事裨倚右相呂公著，再以呂大防為中書侍郎，劉摯為尚書右丞，輔佐公著。
呂大防，字微仲，原籍汲郡，生長在京兆藍田，是個樸實厚重的北方人。身長七尺，眉目英秀，說話聲若洪鐘，每日朝會，在殿廷趨蹌進退，威儀翼翼，神宗往往目送其退。
大防為人，態度嚴肅，過市，從不左顧右盼，平時家居，終日如對賓客。在執政中，不免有人以私事干請，他便正身危坐，只聽不答，不論多久，絕對不發一言，所以，他有個綽號叫「鐵蛤蜊」。
蘇軾與大防向來交好。後來，蘇轍在朝，與大防合作得更是非常密切，劉摯則成為逆派的領袖，與蘇氏兄弟完全對立了。