元祐元年三月，以吏部侍郎李常為戶部尚書；以中書舍人胡宗愈為給事中；以蘇軾接替胡宗愈的遺缺，特詔：免試為中書舍人。
宋朝的政制，以二府——中書省和樞密院及計省三司使為中樞政治的中心，直接隸屬於皇帝。樞密院主管天下軍馬，計省三司使掌理全國財政，除此以外的一切庶政，全部集中於中書省，而中書省又設于禁中。所以中書舍人的職責非常重要，宋朝官制大抵沿襲盛唐，《唐百官志》：
中書舍人參議表章，百官奏議、考課皆預裁焉。
宋代亦然。凡事先經給事中書讀，並經中書舍人書行者，才將原本留省，錄黃過尚書省給札施行。不過唐制只有給事中始得封駁，而宋朝則中書舍人認為不可行時，亦可不書而執奏，稱為「繳駁」，實際上，具有除軍馬財經外的全國政務之審核的權力，所以宋有俗諺說：「不到中書不是官。」
蘇軾在還朝三四個月的時間內，扶搖直上，一再升遷，這事即使他本人勇於自用，不怕權高責重，但也不能不凜於官場中樹大招風的忌諱，所以頗為踧踖不安，立即具狀懇辭，有曰：
起知登州，到任五日而召以省郎，半月而擢為右史。……今又冒榮直授，躐等驟遷，非唯其人既難以處，不試而用，尤非所安。
中書舍人這一職務，不但是宰相的屬官，而且例兼「知制誥」，代擬王言。所以按照宋朝的定製，「知制誥」必先考試而後任命。宋朝開國百餘年來，免試任命者，只有陳堯佐、楊億、歐陽修三人而已，現在蘇軾也得特旨免試而用，使他十分不安，同時更畏懼政治圈子裡的時忌。
但是他辭不掉，只得拜表就任，仍改賜章服。上表謝曰：「右史記言，已塵高選；西垣視草，復玷近班。皆儒者之至榮，豈平生之所望。」
中書舍人這職務，最難的是寫作「外製」。自唐至宋，有個慣例，中書舍人承受詞頭後，就須在省中起草付吏，一直到寫成告命，從不耽擱到第二天。擔任這個工作的人，自非具有「捷才」不可。 蘇軾縱然筆快，但文件太多，仍是苦事。到後來白天來不及寫時，也只好開夜車把「詞頭」留到燈下來寫，常常寫到半夜才睡。這時期，曾布（子宣）托他作篇塔記，他複信訴苦道：
塔記非敢慢，蓋供職數日，職事如麻，歸即為詞頭所迫，卒以夜半乃息。五更復起，實未有餘暇。乞限一月，所敢食言者有如河。願公一笑而恕之。
四月，以呂公著為尚書右僕射兼中書侍郎。詔起元老文彥博平章軍國重事，班列宰相之上，以輔助多病的司馬光。
新任御史呂陶上章彈劾司農少卿范子淵，元豐時提舉河工，靡費巨萬，而所築護堤崩塌，溺死無算，堤工卒無所成，乞行廢放。多少年來，中樞實施錯誤的治河方法，浪費國帑，犧牲民命，是蘇軾一再激烈反對的政策之一，看了呂陶的彈章，對於這種漠視人民生命財產的官僚，激起了如火的憤怒。他揮筆作《范子淵改知峽州敕》，有曰：
汝以有限之財，興必不可成之役；驅無辜之民，置諸必死之地。橫費之財，猶可以力補；而既死之民，不可以復生。
痛快淋漓，成為傳誦一時的名言。
蘇轍初任右司諫，以為自王安石變法以來，台諫官過分囂張，朝士們「一言被及」，馬上就逐出中樞，政風因此大敗。他倡言朝廷應加約束，使台諫們亦知自律。
蘇轍開始行動，首上《乞選用執政狀》，同時彈劾左右二相，指左僕射蔡確出身獄吏，「𪫺佞刻薄」；論右僕射韓縝，「識暗性暴，才疏行污」；再論張璪、李清臣、安燾，說他們都是斗筲之人，「持祿固位，安能有為」。
凡七狀攻下右相韓縝，五月，再上狀《乞誅竄呂惠卿》，指他詭變多端，見利忘義。
朝命呂惠卿降官光祿卿，分司南京，蘇州居住。大多數朝臣認為這樣處分太輕，蘇轍、王岩叟、朱光庭、王覿、劉摯等交章痛劾，蘇轍且把呂惠卿舉發王安石私書的醜事，也揭發出來，對這種卑鄙的小人行徑，施以無情的撻伐。
於是，呂惠卿再行責降為建寧軍節度副使，建州安置。詞頭始下中書，據說，按照輪值次序，此供該由劉攽（貢父）草制。
蘇軾大嚷道：「貢父平生做劊子手，今日才得斬人。」
貢父知道蘇軾有一肚皮積憤，非吐不快，所以推說身體不舒服，乘間溜走，蘇軾就把這件公事接過手來，痛快淋漓地曆數呂惠卿的罪惡。 撰「責詞」曰：
呂惠卿以斗筲之才，穿窬之智，諂事宰輔，同升廟堂。樂禍貪功，好兵喜殺。以聚斂為仁義，以法律為詩書。首建青苗，次行助役、均輸之政，自同商賈；手實之禍，下及雞豚。苛可蠹國害民，率皆攘臂稱首。
先皇帝求賢如不及，從善若轉圜。始以帝堯之仁，姑試伯鯀；終焉孔子之聖，不信宰予。發其宿奸，謫之輔郡；尚疑改過，稍畀重權。復陳罔上之言，繼有碭山之貶。反覆教戒，噁心不悛；躁輕矯誣，德音猶在。
始與知己，共為欺君。喜則摩足以相歡，怒則反目以相噬。連起大獄，發其私書。黨與交攻，幾半天下。奸贓狼藉，橫被江東。
至其復用之年，始創西戎之隙。妄出新意，變亂舊章。力引狂生之謀，馴至永樂之禍。興言及此，流涕何追。迨予踐祚之初，首發安邊之詔。假我號令，成汝詐謀。不圖渙汗之文，止為款賊之具。迷國不道，從古罕聞。尚寬兩觀之誅，薄示三危之竄。國有常典，朕不敢私。
蘇軾這篇責詞，固然寫得大為快意，而讀者也覺得「利如並剪」，天下傳誦。但就個人的利害而言，則其後果，無異於在自己前途上，遍插荊棘，從此以後，終生都在荊棘叢中行路了。只有像蘇軾這樣的人才會做如此傻事，官僚決不肯為。
蘇軾為諫官，勇猛更如出山之虎，一鼓作氣，掃蕩群奸。他對王覿說：「張璪天資邪佞，易以為奸，宜除去。」連章攻擊，至七月，張璪遂遭罷斥。張璪於詩獄案時，為知諫院兼侍御史知雜事，同時受命與李定、何正臣、舒亶共為雜治該案的四凶之一。
再說李定，本已降責：「李定備位侍從，終不言母為誰氏，強顏匿志，冒榮自欺。落龍圖閣直學士，守本官分司南京，許於揚州居住。」蘇軾不服，繳進詞頭，與同官范百祿狀奏曰：
臣等看詳李定所犯，朝廷勘會得實，而使無母不孝之人，猶得以通議大夫分司南京，即是朝廷亦許如此等類得據高位，傷敗風教，為害不淺。所有告命，臣等未敢撰詞。
於是，再被謫放滁州。這件事，很易被人誤會是蘇軾報復詩獄的仇怨，實則未必盡然。宋是盛倡以孝道治天下的時代，蘇軾深沐儒學教化，對於悖倫常者，疾視如仇，是其基本觀念，並非只對李定如此。同時有旨貶謫虐母的張誠一提舉江州太平觀案，蘇軾一樣反對，認為像這種「惡逆不道之人，雖肆諸市朝，猶不為過」，不肯撰告。反之，如程遵彥事母至孝，他便據此狀請擢用。這都是「孝治之極，天下順之」的時代里，一種維護倫理道德的行動，並不完全出於私人的恩怨。
七八月間，司馬光告病在假，范純仁因為國庫空虛，支應匱乏，奏請再立常平錢穀給斂出息辦法，俾沾國用。
其實，這辦法即是恢複已廢的青苗法，不過換個名目，遮人耳目而已。章上，台諫劉奏、上官均、王覿、蘇轍交章反對。
司馬光在病中，未經詳細考較，也曾札奏贊成純仁此議，至案下中書省，蘇軾即上《乞不給散青苗錢斛狀》，揭穿純仁「偷天換日」的把戲，略曰：
熙寧之法，本不許抑配，而其害至此，今雖復禁其抑配，其害故在也。農民之家，量入為出，縮衣節食，雖貧亦足。若令分外得錢，則費用自廣，何所不至。許人情願，未免設法罔民，使快一時非理之用，而不慮後日催納之患。
他舉述當年從政地方，親眼目睹的經驗說，不肖官吏，每趁放款時期，必令酒務設鼓樂倡優，或關朴賣酒牌子，誘惑借到青苗貸款的農家子弟，前來玩樂，那些農民不明利害，常有將貸款花光，徒手而歸者，作為非理之用的事證。又曰：「每放青苗，酒課暴增。臣所親見，二十年間，因欠青苗至賣田宅、鬻妻女、投水自縊者，不可勝數。」所以他請求不要再貸放青苗錢，盤剝老百姓，留下的舊欠，也請准於每屆豐熟收成時，分五年歸還，他們這許多年來，付出的利息已經很多，所以，對於四等以下貧戶，應該一律放免。
其時，台諫們也一再上章乞罷此議，事情鬧大，司馬光才注意到事不可行，力疾請對，在太后簾前奏道：「是何姦邪，勸陛下復行此事？」
范純仁也在殿上，心想這個建議是經你同意札奏的，現在卻說這樣的話，心裡很是憤怒，但在天子之前，執笏卻立，不敢說話。太皇太后從議，詔復常平舊法，青苗錢更不支俵。
司馬光當朝，凡是王安石、呂惠卿所建立的新法，無不剷除務盡，對於熙寧年間執行新法的大臣，也抱著徹底清除的成見。程頤對他說：