司馬光為門下侍郎，章惇知樞密院，幾個月間，兩府之間的關係，已經搞得非常不好。司馬光的脾氣，雖然不如王安石的「拗」，但也十分固執；而章惇則秉性豪強，從不讓人，共事未久，摩擦已經很深，幾已到了冰炭不能相容的地步。每遇口舌相爭的場合，司馬光是個恂恂儒者，拙於言辭，而章子厚則軀幹修偉，實大聲宏，再加口齒鋒利，咄咄逼人，弄得司馬光真已不堪他的百般虐侮。蘇軾與章惇多年老友，現在身當兩大之間，義不容辭，應該挺身出來，做這個調人。
於是往見章惇，對他侃侃言道：「司馬君實時望甚重。從前許靖因為虛名無實，為蜀主劉備所輕視。法正說：靖有虛名播於四海，若不禮遇，他人以為我們賤視賢者。劉備立即接受他的建議，以許靖為司徒。您想，許靖尚且不可輕侮，何況君實？」章惇認為蘇軾的話對，以後對司馬的態度，緩和了不少。
蘇軾抵京才半個月，朝廷降告命：遷起居舍人。蘇軾起於憂患未久，不願驟然躋登清禁重地，兩上章請辭，皆不許，他只得親往謁見宰相蔡確，懇切面辭。
蔡確說：「公迴翔已久，論資望，朝中無人更出公右。」
蘇軾堅決辭謝。
「今日誰當在公前者？」蔡確問。
「前與林希同在史館，他年齡比我長。」他舉林希來代替自己。
「林希真的應該在你之先嗎？」蔡確略作沉吟，搖頭不應。
蘇軾舉以自代的林希，字子中，福建人，與蘇軾、顧臨、胡宗愈等，都是開封府舉人試的同年。治平三年曾與蘇軾在史館共事，現在外任。蘇軾推他自代，雖未獲許，不過因此也被執政方面注意到了這個人，不久召回中樞，補了記注官。
宋制：起居郎、起居舍人謂之左右史，職掌宮廷記注和機要政務，俗謂「小侍從」。蘇軾既任起居舍人，元祐元年二月以七品服入侍延和殿，蒙恩改賜銀緋。
宋朝官員的服式，有嚴格的規定，文臣自入仕時起，著綠袍，滿二十年才賜換緋袍和銀魚袋，換穿緋袍後再過二十年，才能賜換紫袍、佩金魚袋。蘇軾入仕，如以仁宗嘉祐六年（1061）中制科授大理評事起計，至元祐元年（1086），為時則已二十五年，但因中經頓挫，所以直到此時才得換緋掛銀，並獲詔賜對衣、金帶、金鍍銀鞍轡馬。
司馬光執政後，一方面大刀闊斧地調整人事，一方面陸續廢止熙豐年間實施的新法。元豐八年七月罷保甲法，十一月罷方田法，十二月罷市易法、保馬法。元祐元年閏二月，被人反對得最激烈的青苗法，也告罷廢。
當司馬光、呂公著二人，積極推翻一切新政，徹底清除新政所生的積弊時，新政派的大將韓縝、蔡確和章惇，仍然高踞在原來的相位上，冷眼窺伺得失。蔡確既為公論之所不容，而章惇跋扈如故。
元祐元年二月間，司馬光上言：免役法有五害，請求恢複差役。章惇力加駁斥，上章累數千言，筆下一點不為司馬稍留餘地。這還不算，更在太后簾前與司馬光覿面爭論起來，態度非常豪橫，說得衝動，竟在殿上大聲咆哮道：「它日安能奉陪吃劍！」如此狂妄，太皇太后也按捺不住，大怒起來。於是劉摯奏言：「章惇佻薄險悍，諂事王安石，以邊事欺妄朝廷。再附呂惠卿，又為蔡確所引，橫議害政，請除惡務盡。」
當時，尚書左僕射蔡確已先罷政，出知陳州，旋改亳州，朝廷即以司馬光接替蔡確所遺的相位，仍兼門下侍郎原職，所以王岩叟更奏曰：「惇見陛下以司馬光做相，躁忿忌嫉，所以如此。」
章惇簾前爭論，惹怒太后後不久，因孫覺議論邊政，不合其意，他便公然罵道：「議者可斬。」對於任何一個上書言事的人，一律蔑視為「不逞之徒」，於是滿朝怨毒，群起而攻，並於同月罷官，以正議大夫知汝州。錢勰（穆夫）時為中書舍人，制行詞，有「怏怏非少主之臣，悻悻無大臣之節」句，非常尖刻。
但是，關於罷廢免役法，持反對意見者卻不僅是章惇一人。朝列中頭腦比較冷靜，不太意氣用事的人，也都認為從前施行的差役法，流弊很多。改行免役以來，已經十幾年，確比差役進步，法無新舊，以良為是，何必一定要恢複舊法。如與司馬光非常親密的范純仁，便婉轉勸他道：「為治之道，去其太甚者即可。差役一事，尤須仔細考慮，不然，徒為民病。」又道：「宰相的職責，在求人才，變法不必太急。願公虛心以延眾論，不必一定要謀自己出。謀自己出，則諂諛逢迎的小人，便得乘虛而入。」司馬光默不作聲，純仁無奈，只好退一步說：「假使相公決意要這樣做，不妨挑擇一路，先作試驗，看看恢複之後的利弊如何？」
司馬光為人，有強烈的自尊心和執拗的責任感，堅持已定的主張，不肯接受任何人的建議。范純仁出來嘆道：「憑這個樣子的態度，只是使人不再說話而已。我如只欲媚公以取容悅，不如少年時迎合王安石，早就既富且貴了。」
當王安石變差役為免役時，蘇氏弟兄都是激烈的反對論者。蘇轍當時曾說：「役人之不可不用鄉戶，猶官吏之不可不用士人。」蘇軾更曾堅持差役決不可變，但是後在地方上親經歷練，有了實際的體認，便完全改變了原來的觀點，認為王安石新法中，免役確是比差役進步的一個良法。
熙寧初年，蘇軾到底還只是一個得意太早的書生，缺乏實際的政務經驗，只因讀書較多，才氣充沛，率然放言高論，不免未盡事實。等他有了幾年地方政務的實際經驗，才明白從前所行的差役法，積弊很深。主要的原因是應差服役的老百姓，不懂官府衙門的規矩，遂被胥吏們顛倒捉弄，很多人因此破產亡家。原先認為「無可取代」的差役，事實上是便利胥吏為害百姓的惡法。
免役法比較簡單，按照老百姓的戶產高下，分等出錢雇役，頗合「有錢出錢，有力出力」的原則，可以斷絕胥吏勒索的機會，只須把該收的實費之外，另有許多濫加名目的苛雜嚴格禁革，這已經實行了十六年的辦法，沒有改回差役的必要。
司馬光盡罷熙豐新法，罷到差役法時，最不為朝列所同情。范純仁諍勸無效，蘇軾便賈勇往見，向司馬相公說道：
「相公所要施行的，都是上應天心、下合人望的事，唯有役法一節，不可輕議。差役免役，各有利害。免役之害，在於掊斂民財。在上的人聚斂，在下的老百姓便有錢荒之患。差役之害，在於民常在官，不得專力農事，而胥吏從中作奸。……兩害相權，輕重略等，現在要以彼易此，人民未必歡迎。……」
蘇軾很婉轉地說開了一個頭，還沒提出正面的意見，司馬光便愕然問道：「那麼，如你所說，計將安出？」
「法相因則事易成，事有漸則民不驚。」蘇軾先舉原則，然後以兵役作例來做說明：「三代之法，兵農合一，到秦時才分而為二；唐朝中葉，把府兵廢為長征卒，從此民不知兵，兵不知農，農人拿出谷帛來養兵，兵用性命來保衛老百姓的身家，天下稱便。我想，即使聖人復出，怕也不能變易。現行的免役法，與此相同。公欲驟罷免役，改行差役，恰如要罷傭兵而恢複民兵一樣，恐怕不很容易。……」
蘇軾稍稍停頓，看司馬光不開口，接續說道：
「先帝本意，按民戶大小出錢雇役，使老百姓可以專力農作，雖有貪吏滑胥，無所施其暴虐。坊場河渡，官自出賣，用這筆錢來僱用衙前，則人民可免倉庫、綱運等破家之患。此萬世之利，決不可變。
「不過，其中也有兩項弊端，一是把這筆錢移作別用，二是拿寬剩役錢來爭購坊場河渡，想賺不實在的漲價利益。這是王安石、呂惠卿的辦法，並非先帝本意。
「相公如能徹底消滅這兩項流弊，不必變法，則老百姓必然擁護相公，事亦易成。
「至於寬剩役錢，名為十中取二，事實上卻已加半徵收。相公如能把這額外的浮收全部豁免，同時准許老百姓用布帛穀米折納役錢，各從其便，那麼錢荒的毛病也就沒有了。……」
司馬光聽後，默不作聲，蘇軾只得訕訕說道：「若照這樣去做，天下稱便，相公尚有何求。如其認為現在還不是時候，那麼慢慢再斟酌，也不嫌遲。」
司馬光成見很深，仍無言語。
蘇軾後來調換話題，和他談熙寧年間曾經實施過的給田募役法，那是用官田及寬剩役錢買民田來募役人，大略如邊郡僱用弓箭手的辦法一樣。蘇軾說他曾在密州推行過，人民稱便。所以勸司馬光恢複先帝曾行的此一辦法，不過必須請發內帑，補足全國寬剩錢斛至三千萬貫石，用以推行此法於河北、河東、陝西三路。數年之後，三路役人，可以減少一大半，如此培養民力，可備邊境緩急之用。
司馬光聽了，尤不贊成。
這天談話沒有結果，但是蘇軾不肯死心，第二天直接找到政事堂去，再向司馬相公公開陳述他的反對意見。司馬光心裡不耐煩，臉上就不免忿然作色起來。蘇軾也很氣惱，反轉來詰責他的態度：
「從前韓魏公