放逐蘇軾，不是神宗皇帝的本意，神宗漸悟蘇軾並沒有「譏訕君上」的意思，不過是執政們給異己者扣上去的一頂高帽子而已。然而宋朝傳統的台諫制度，皇帝有必須接納諫言的義務，而新政是國家的既定政策，也不容反對議論肆行流布，基於這兩個政治之現實的情勢，神宗不得不暫時犧牲蘇軾。
蘇軾得於百日內從御史台獄釋出，完全出自神宗的宸斷，責降處分又將他放在黃州，距離中原，並不甚遠。從整個事件的發展看，應該不會很久就有逐步起複的後命，然而這個階段，卻一拖四年有餘，這中間就必然有許多周折存在。
神宗非常欣賞蘇軾的文采，並且記得祖父仁宗皇帝得此英才時的喜悅；祖母光獻曹太后病榻上的遺言，更常常在他耳邊回蕩。蘇軾在黃州，神宗沒有遺忘過他，要等到一個適當的起複機會，才能按照程序，重新起用這位皇家重視的大臣。他的母親宣仁太后，於元祐間特地面諭蘇軾，將他從謫籍中重新起用，不次升擢的人，不是她，而是先帝（神宗）的遺意。又說：「先帝每誦卿文章，必嘆曰：奇才，奇才！但未及進用卿耳。」（《宋史》本傳）
蘇軾在知徐州任時，有一件「失察妖賊」的舊案，不曾了結，到他已貶黃州，才得聖旨「放罪」（免罪），蘇軾照例上《謝失察妖賊放罪表》。本來這種例行公事，日理萬機的皇帝可以不必看，大約因是蘇軾所寫，故亦取來一讀，當讀到「……況茲溝瀆之中，重遇雷霆之譴。無官可削，撫已知危。……」這幾句時，不禁笑道：「畏吃棒耶？」
雖是戲言，但也見得蘇軾雖被放逐，但是他的文字，仍被皇上所喜愛。
神宗是個英明有為的君王，為增進行政效率，幾年來反覆研討，計畫改定官制。
宋朝的行政組織，一直沿用五代舊制，以平章事為真宰相，大多是兩個席位，別設參知政事，稱執政官，則為宰相的副手。
現在，神宗決意改用唐朝的三省制。三省本置侍中、中書令、尚書令，分別統率群僚。但元豐當時，元老耆舊多因反對新法而去，而新政的首領王安石也已退休，剩著一批掛新政招牌，而以招攬政權為實的政客，實在不配當「真相」。所以新定官制，將侍中、中書令、尚書令這三個相位說是官高暫不除人，而以尚書令之副——左右僕射行宰相之事。左僕射兼門下侍郎，行侍中之責；右僕射兼中書侍郎，行中書令之職。廢參知政事，置門下、中書二侍郎、尚書左右丞，以代其位。
改定官制這樁大事，於元豐三年九月間定議。神宗自安石去位後，深感繼起無人，事事都不成功，非常煩惱，躊躇再三，決意起用司馬光，附帶起復甦軾。
一日，神宗召集宰輔，舉行御前會議。皇帝取出一幅先已準備好的「圖子」，交給時在相位的蔡確和王珪。
這「圖子」中，御史中丞執政位牌上，貼上「司馬光」名；中書舍人翰林學士位牌上，貼名「蘇軾」。另有幾個因議新政不合而離開中樞的舊臣，各有安置。
神宗皇帝隨即論曰：「這幾個人，前此立朝，議論雖有不同，然而都是各本所學，忠於朝廷的人，不可永遠廢棄。現在新官制將付實施，應該新舊人兩用。」
並且手指御史中丞銜位上，以堅決的口氣說：「這個位置，非司馬光不可。」
王珪、蔡確相顧失色，一時無辭可解，只得高聲應道：「領德音！」
蔡確退下殿來，兀自喃喃自語道：「這事如何使得。總要想個辦法，死馬當活馬醫才好。」
蔡確的詭計是，「皇上久欲收復靈武，倘然有辦法使西邊的軍事擴大，深入敵人巢穴，假使這事情成功，則皇上轉移注意西事，必不再召君實，君實也不會應詔」。
這是一個非常巧妙的陰謀，卻是誤國的詭計。神宗久苦西夏誅求無厭，不斷的騷擾和掠奪，使宋朝民窮財盡，國力日弱，久欲一振天威，以解救沉重的財政負擔，確保國家的疆圉。司馬光老成持重，決不會贊成發動邊釁，進行冒險的戰爭。所以說，只要迎合上意，挑起這場大火，神宗便不會召司馬光，司馬光也不會來了。
後來果然如此，蔡確授意知慶州俞充上了一個「平西夏策」，加上西夏內亂有機可乘的借口，第二年四月，神宗就詔熙河經制李憲等各路軍馬進討西夏了。司馬光未召，蘇軾等人也都被擱下來了。
蘇轍《龍川別志》記述此事甚詳，所下的結論則是：「自是西師入討，夷夏被害，死者無算，新州之命（蔡確流放新州），則此報也。」
至元豐四年（1081）十月間，改定官制即將頒布施行，神宗召集執政重臣至天章閣，商議「官制除目」的大事。先由執政進呈三省印，神宗說：「從前是由金鑄的，現在御寶金鑄，這可用鍍金的。」繼由執政進呈預先擬好的「除目」（任官名單），請求核定。
這次會議中書檢正官王震（王鞏的六侄）和吳雍均被召與會，擔任紀錄。神宗看了執政所擬的「除目」，諭曰：
「三省密院官，暫時擱一下。」
於是從吏部以下討論起，議到太常少卿，帝曰：
「這一職位，必須慎擇妥人。」以前執政屢有推薦，都不合上意，所以帝諭如此。續議禮部郎中，神宗說：
「此南宮舍人，非其他曹官可比，可除劉摯。」
論到著作郎，神宗說：「此非蘇軾不可。」
眾人無言，過了一會兒，神宗打破沉默道：
「想到了，太常少卿可除范純仁。」
議畢，皇帝面色嚴重地宣諭道：
「朕與高遵裕約定，當於某日下靈武，等他捷報到來，必須大事慶賞，其時官制可行，除目可下。」
同時告誡在場諸人，絕對保密：「外人如有知此消息，定是卿等幾人所泄漏，都須負責。」又命執政嚴戒王震、吳雍守秘。
高遵裕是環慶經略，他在慶州打敗了西夏，又與劉昌祚合兵在距靈州百里之地，對來襲的虜軍，打過一次勝仗，一路所向無敵，直薄靈州，報稱指日可下，所以神宗有此期待。
不料高遵裕靈武之師，久圍不下，反被西夏人決黃河之水直灌營地，十幾萬大軍生還者不到萬人，幾乎是全軍覆滅，高遵裕與神宗相約的捷報和神宗預備的慶賞，皆成虛願。
元豐五年（1082），議修國史，神宗諭示：「國史大事，可命蘇軾主編。」王珪面有難色，神宗只得說：「如蘇軾不恰當，姑且用曾鞏一試。」
曾鞏編成《太祖總論》，進呈，不合上意。六年，曾南豐丁憂返籍，不久也去世了。
派蘇軾修國史，既被王珪阻攔了，神宗又降旨要起復甦軾以本官知江州。蔡確和中書侍郎張璪受命，王震當詞頭。公事送到門下省，尚書左僕射兼門下侍郎的王珪奏以為不可。明日改承議郎，知江州太平觀。官僚要反對一件事，先是推，推不掉就拖，一拖再拖，「命格不下」了。
有人很憤慨地說，這都是王禹玉（珪字）出的力。 這樣推諉拖托，時間過得很快，蘇軾被謫黃州，已經四年了。至元豐七年（1084）春，神宗不再與執政的宰輔商量，徑以「皇帝手札」，量移蘇軾汝州。
用「皇帝手札」是萬不得已。這種特殊文件，一曰手詔，常為非常的恩典，如特赦；一曰御札，則為皇帝決意要辦的事，一種率直的指示，故不用四六句。這兩種特別的文件，一經頒下，臣下只能奉行，不得再議。神宗若不深惡執政的惡意阻撓，也決不輕易打破常制，動用「皇帝手札」。
「量移」為該恩原赦，量移近里州軍之意，算不得是起複，這也是神宗顧慮蘇軾為當前的執政大臣們所力拒，復官反而容易滋生事端，不如留待到了河南，看情形再說。
起複的第一步，以「皇帝手札」那樣特殊的措施，才告成功。元豐七年（1084）四月，告下黃州，特授蘇軾檢校尚書水部員外郎、汝州團練副使，本州安置。一切都無改變，不過從偏遠的黃州移到京畿附近的汝州而已。告詞有曰：
蘇軾黜居思咎，閱歲滋深；人才實難，不忍終棄。……
這幾句話使蘇軾低徊雒誦，頓生知遇非常的感激，作《謝量移汝州表》，也竭盡哀慕之意。如曰：
旋從冊府，出領郡符。既無片善可紀於絲毫，而以重罪當膏於斧鉞。雖蒙恩貸，有愧平生。隻影自憐，命寄江湖之上；驚魂未定，夢遊縲紲之中。憔悴非人，章狂失志。妻孥之所竊笑，親友至於絕交。疾病連年，人皆相傳為已死；饑寒並日，臣亦自厭其餘生。……
這份謝表，呈達皇帝御前，神宗讀後，顧謂侍臣道：「蘇軾堪稱奇才！」
但還有人在帝前媒孽道：「觀軾表中，猶有怨望之語，如說兄弟並列於賢科，以及驚魂未定，夢遊縲紲等語，自以為因詩詞被譴，實非其罪，毫無悔悟之意。」
神宗愣了一下，徑曰：「朕已灼知蘇軾衷心，實無他腸。」言者語塞。
上述皇帝告詞中有「人才實難，不忍終棄」這