蘇軾被逮赴獄，蘇轍即上書皇帝，乞納在身官以贖兄罪，通篇文字，非常謹慎，但情實融會，很能使人感動，真是《欒城集》中上乘之作。其大要曰：
……臣竊思念，軾居家在官，無大過惡。惟是賦性愚直，好談古今得失，前後上章論事，其言不一。陛下聖德廣大，不加譴責。軾狂狷寡慮，竊恃天地包含之恩，不自抑畏。頃年通判杭州及知密州日，每遇物托興，作為歌詩，語或輕發，向者曾經臣僚繳進，陛下置而不問。軾感荷恩貸，自此深自悔咎，不敢復有所為，但其舊詩，已自傳播，不可救止。
軾之將就逮也，使謂臣曰：軾早衰多病，必死於牢獄，死固分也。然所恨者，少抱有為之志，而遇不世出之主，雖齟齬於當年，終欲效尺寸於晚節。今遇此禍，雖欲改過自新，洗心以事明主，其道無由。況立朝最孤，左右親近，必無為言者。惟兄弟之親，試求哀於陛下而已。
臣不勝手足之情，欲乞納在身官，以贖兄軾，但得免下獄死，為幸。
在京的朋友，以吏部侍郎致仕的范鎮，得訊最早，御史台也知道他和蘇軾之間關係非常親密，以為必可從他那裡得到許多資料，首先向他索取往來文字。來勢洶洶，急如星火，景仁不顧一切，上書皇帝論救，他家子弟怕這老人會被連累，竭力勸止，他都不肯，可惜書稿沒有留傳。
以太子少師致仕的張方平，於蘇軾被解送過南都後，也立即上疏皇帝，雖「僭越上言，自甘鼎鉞」，也要老不忘國，論救蘇軾，其辭略曰：
……早嘗識其為人，起自遠方孤生，遭遇聖明之世。然其文學，實天下之奇才。向舉制策高等，而猶碌碌無以異於流輩。陛下振拔，特加眷獎，由是材譽益著。軾自謂見知明主，亦慨然有報上之心。但其性資疏率，缺於審重，出位多言，以速尤悔。頃年以來，聞軾屢有封章，特為陛下優容，四方聞之，莫不感嘆聖明寬大之德。而尤軾狂易輕發之性，今其得罪，必緣故態。但陛下於天下生靈，如天覆地載，無不化育，於一蘇軾，豈所好惡。……
今軾但以文辭為罪，非大過惡，臣恐付之狴牢，罪有不測。惟陛下聖度，免其禁系，以全始終之賜。雖重加譴謫，敢不甘心。……
方平撰寫此疏，原欲附在京遞的公文中一併進呈，而府官不敢承受，就叫他的兒子張恕親赴京城向登聞鼓院投進。不料這位相公，愚而且懦，到得鼓院門前，徘徊瞻顧，畏縮不前，終於未曾呈進。後來，馬永卿傳其事曰：
子弟固欲其佳，然不佳者亦未必無用處。元豐二年東坡下御史獄，天下之士痛之，環視而不敢救。張安道在南京，憤然上疏，欲附南京遞，府官不敢受，乃遣其子恕持至登聞鼓院投進。恕素愚懦，徘徊不敢投。東坡出獄，見其副本，因吐舌色動久之。問其故，東坡不答。後子由亦見之云：宜吾兄之吐舌也，此事正得張恕力。或問其故，子由曰：獨不見鄭崇之救蓋寬饒乎？其疏有云：上無許史之屬，下無金張之託，此語正是激宣帝怒耳，且寬饒正以犯許史輩有此禍，今乃再訐之，是益其怒也。且東坡何罪，獨以名太高，與朝廷爭勝耳。今安道之疏乃云：其文學實天下之奇才也，獨不激人主之怒乎？但一時急欲救之，故為此言耳。
仆（永卿）曰：然則，是時救東坡，宜為何說？先生（安世）曰：但言本朝未嘗殺士大夫，今乃開端，則是殺士大夫自陛下始。神宗好名而畏義，疑可以止之。
當時的情勢是言官代表輿論，媒孽於下，皇上要做個尊重輿論的明主，不敢置之不理，只好詔令勘問。案獄既興，就險不可測，凡與蘇軾平日交好的朋友，個個都懷著「株連入案」的恐懼。除了退休的范鎮、張方平外，誰還敢出頭講話？但是，公道自在人心，士大夫中到底還有「仗義執言」的少數，當朝的左相吳充，即是其一。
據傳，有一天，吳充問皇上說：「魏武帝何如人？」
皇上曰：「何足道。」
「陛下動以堯舜為法，薄魏武，固其宜也。然魏武猜忌如此，猶能容禰衡，陛下以堯舜為法，而不能容一蘇軾，何也？」
神宗驚曰：「朕無他意，止欲召他對獄，考核是非而已，行將放出也。」
吳充這番話，說得非常有技巧。名士，代表一個國家知識文化的巔峰，倘如皇帝連一個高級知識分子的放言高論也不能容忍，竟至濫使政治權力而殺士的話，則後世的批評將是如何，不言可喻。這頂帽子比「尊重輿論」還要大，難怪神宗要大吃一驚了。
王安石的幾個弟弟，都是很有學問的。安禮，字和甫，為人非常豪爽，也稍有點玩世不恭，從來不怕什麼。蘇軾禍作時，他為值舍人院同修起居注官，日與皇上接近，李定就怕他說話，先曾警告他道：「蘇軾那麼銳利地譏議新法，反對的是你家大哥，你可別說話。」安禮根本不理睬他，一日，對神宗非常率直地進諫道：
「自古大度之君，不以言語罪人。蘇軾以才自奮，以為爵祿可以立取，但自來碌碌如此，心裡不免觖望。今一旦致於理，恐後世謂陛下不能容才。」
帝曰：「朕本來不欲深譴，將為卿赦之。但去，勿泄漏此言，軾方賈怨於眾，恐言官們要為此加害於你。」
此外，蘇軾的最大救星，是神宗的祖母——光獻太皇太后曹氏。
蘇軾陷獄之初，太皇太后已在病中，接連幾日，看到皇上神色頗不愉快的樣子，便問：「官家何事數日不懌？」
「更張數事，皆未能就緒。有蘇軾者輒加謗訕，甚至形於文字。」
「莫非就是軾、轍兄弟？吾嘗記仁宗皇帝當年策試完畢後，回到宮來，喜道：朕今日為子孫得太平宰相二人，雖我老矣，已不及用，朕將留遺後人。」
太皇太后問這二人現在何處，皇上對以蘇軾現方系獄，曹太后說：「以作詩系獄，得非受了小人中傷。攈至於詩，其過甚微，吾已病矣，不可再有冤濫，致傷中和。」說著，這病中的老太太流下淚來。
神宗天性純孝，事兩宮，晨昏定省，必恭必謹。聽了太皇太后的話，心中一震，一邊恭答道：「謹受教。」一邊也流下淚來。
十月間，太皇太后的病勢已很沉重，神宗要大赦天下為太皇太后求壽，太后說：「不須赦天下兇惡，但放了蘇軾就夠了。」
十月十五日，皇上以太皇太后「服藥」，降詔：「死罪囚流以下，一律開釋。」
在獄中的蘇軾聽得這個消息，恍如黑室中透進一線曙光，作詩曰：「漢宮自種三生福，楚客還招九死魂。」但是，即使真能生出獄門，「縱有鋤犁及田畝，已無面目見丘園」，仍是不知如何是好。
十月二十日，太皇太后光獻曹氏崩逝，蘇軾以罪人不許服喪，「欲哭則不敢，欲泣則不可」，故作輓詞兩首，其第二章自維身世，非常沉痛。如曰：
未報山陵國士知，繞林松柏已猗猗。
一聲慟哭猶無所，萬世酬恩更有時。
夢裡天衢隘雲仗，人間雨淚變彤帷。
關雎卷耳平生事，白首纍臣正坐詩。
勘問已畢，蘇軾在獄中，日對四壁枯坐，偶得望見鐵窗外雜植的榆樹、槐樹和竹、柏，默默苦吟，以遣時日。詠榆曰：「誰言霜雪苦，生意殊未足。坐待春風至，飛英覆空屋。」詠竹曰：「蕭然風雪意，百折不可辱。風霽竹已回，猗猗散青玉。」詩中對於身受的冤酷，毫無怨怒之意，認為只要立身堅強正直，任何摧殘打擊，都會過去，他是那麼堅忍不拔地坐待春風之至。唯有高槐樹上哀鳴的寒鴉，不免給他帶來驚心的凄楚，詠槐詩曰：「棲鴉寒不去，哀叫飢啄雪。破巢帶空枝，疏影掛殘月。豈無兩翅羽，伴我此愁絕。」
牢獄，固然有生命被強制停滯的悲哀，但是貧窮本身卻是更大的罪惡，破巢之下，一家老幼的饑寒，茫茫來日，不堪設想。夜間，聽著樹上的飢鴉，聲聲聒噪，心寒的蘇軾，不禁毛骨悚然起來。