蘇軾在御史台獄，被關在「知雜南廡」一個獨居的囚房裡。這囚房，非常狹窄而且陰暗，據他自己記述（《曉至巴河口迎子由》詩），住在裡面，一舉手，一投足，就會碰上陰濕粗硬的牆壁，仰起頭來，屋頂上開的一個天窗，還不到一片席子大，整個囚房，就像一口百尺深井。這個名滿天下的詩人，就蜷縮在這個不見天日的井底，死生莫卜，「人為刀俎，我為魚肉」，等待別人宰割。
要人坐罪，需有證據，要興大獄，需先掌握豐富的資料，所以御史台人，在這方面，做了甚多努力。何正臣隨狀繳進了坊間出售的木版印本，舒亶所繳進的是「印行四冊」，另又檢會送到題名「元豐續添蘇子瞻學士錢塘集全冊」，這三種都是市上的通行刊本。其餘，散落在有關人士手上，尚未刊印的，一定還有很多，不能遺漏，所以御史台復行文州郡，收取境內蘇軾所遺詩文，如詩集自注說：「仆頃以詩得罪，有司移（文）杭取境內所留詩，杭州供數百首，謂之詩帳。」即是一例。
如此大力搜索，然後一條一條取來勘問，堂下的罪人，自然有避諱的，也有遺忘的，就三番四覆地尋根究底，逼得你非承認他們的曲解，否則就沒個完結。
蘇軾八月十八入獄，二十日開始問案，蘇軾初供：「除《山村五絕》外，其餘文字，並無干涉時事。」
勘狀指責他「虛稱別無譏諷嘲詠詩賦」。於是御史台就移文有關地方的政府機構，向各關係人問證。在如此嚴厲的情況下，還有何人敢於隱諱，即使片言只紙，也都一一繳納。茲就勘狀中所說的，舉二事為例。
關於王詵部分，據說蘇軾曾將「開運鹽河詩」寄與王詵，起初隱諱不答，於是他們就委任其他人員向王詵問證，王詵不敢隱瞞，就將此詩繳出，為此一詩，蘇軾於九月二十三至二十七日間，被足足問了五天，「方具實招」。
如寄黃庭堅詩、書信及祭文同文，問官根據目錄查詢，認為蘇軾口供，「其間有隱諱未盡」，就行文北京留守司向黃庭堅取問、根驗，弄到蘇軾手書原件，當堂叫蘇軾自認，然後軾方「盡行供認」。詩中蘇軾自比為道旁苦李，以無用自全。祭文中「道之難行，哀我無徒。豈無友朋，逝莫告予」。都被勘證是謗訕朝政的證據。
蘇軾在杭州時，八月十五觀錢塘潮，在安濟亭上題有一詩：「吳兒生長狎濤淵，冒利輕生不自憐。東海若知明主意，應教斥鹵變桑田。」他們取到了，蘇軾在台供稱是說鹽法為害，而他們則判認為譏諷皇上好興水利，而事不可成。唯有指他「謗訕君上」，才能將他陷入「大逆不道」的死罪中去。狀稱「逐次隱諱不說情實」，足足問了兩天，「再勘方招」。
勘查「司馬光獨樂園」詩，指蘇軾前供，「不合虛稱無有譏諷，再勘方招」。而御史老爺認定：四海蒼生希望司馬執政、陶冶天下，即是譏諷現在執政者，不得其人；又說司馬光反對新法，與蘇軾意思相合，所以他說新法不便，朝廷終當起用司馬，希望不要如此喑啞不言，要如以前一樣起來攻擊。這段解釋，煞費苦心，充滿強烈的挑撥性，不但要使蘇軾坐罪，且欲激怒皇上和宰輔，把司馬光也拉扯出來。
如「送范鎮往西京」詩「小人真暗事，閑退豈公難」，說蘇軾意在諷刺今時小人，以小才而享大位，暗於事理，以進為榮，以退為辱。又說「言深聽者寒」是讚揚范鎮昔日反對新法的激烈言論，使聽者恐懼，蓄意鼓勵反動，這也是想把范鎮一起拉出來的一個伏筆。
像這樣一條一條的勘問筆錄，都輯錄在南宋人編印的《烏台詩案》一書中，其第一部分舉名條錄者，有王詵、王鞏、李清臣、章傳、周邠、蘇轍六人，共六項，其餘雜舉三十餘條，多不勝舉，詳見《施注蘇詩》每詩的注中。
以蘇軾寫作的豐富，像這樣一字一句、追根究底地勘問，為日不足，繼以夜審，只差當時還沒有的探照燈外，簡直就是「疲勞審問」，任你銅筋鐵骨，到頭來只有一概招認，蘇軾能不精神崩潰，還幸是天賦獨厚！
而且，這批忠貞無比的台官們，技不止此，你若不認，他們還要大聲辱罵，甚至扑打，用來逼供。這是蘇頌傳說下來的。其時，蘇子容為開封府尹，治陳世儒獄，言官們誣為寬縱，是年秋，亦自濠州逮赴台獄，嘗自賦詩十四篇，詩前有序曰：
子瞻先已被系，予晝居三院東閣，而子瞻在知雜南廡，才隔一垣。
所以聲息盡聞，整夜聽到隔牆拷問逼供的吵鬧，詩曰：「遙憐北戶吳興（湖州）守，詬辱通宵不忍聞。」
硬的不肯就範，還有軟的「誘供」，同時人的孫升傳說：
子瞻得罪時，有朝士賣一詩策，內有使墨君事者，遂下獄。李定、何正臣劾其事，以指斥論，謂蘇曰：「學士素有名節，何不與他招了。」軾曰：「軾為人臣，不敢萌此心，卻未知何人造此意。」
在此酷虐的勘問階段，李定是奉詔的主審之一，以為像蘇軾這樣的人物，今也落入我手，不禁氣焰萬丈，飛揚跋扈起來，盈廷朝士，都不敢問及此案，也沒有人敢和他說話。李奉世告訴王鞏道：有一天，李定在崇政殿的殿門外，大伙兒一起等候早朝，李定忽然跟同列的官員道：「蘇軾確是奇才！」
別人不知其意何在，不敢搭腔，他自言自語道：「一二十年前所作詩文，引經援史，隨問隨答，無一字差錯，此非奇才而何？」
語畢，他獨自嘆息久之，空氣非常凝重，眾皆默不作聲。