宋朝的諫官制度，與唐代不同。唐代的諫官，隸於門下省，轄屬宰相，所以常為宰相執言，諫諍的對象是皇帝。宋初，為防大臣專擅，產生侵主的權臣，所以定製諫官皆由皇帝親自選擢，不得由宰相薦舉，於是台諫的地位，就超然獨立，越出執政之外，同時畀以重權，不但有權糾繩大臣，並且可以隨時彈劾執政。
朝廷更許諫臣「風聞言事」，說錯話可以不負言責，這固然是皇帝欲依諫官為耳目口舌，鼓勵言論的方法，但使台諫的權勢，變成毫無統馭的野馬。蘇軾從前上皇帝書中，就曾說過：「言及乘輿，則天子改容；事關廊廟，則宰相待罪。」不料今日，竟然身被其禍。
在這樣的制度之下，台諫官的人選，就非常重要，必須個個都是公忠體國之士，否則，如輕付小人以凌駕執政的地位和權力，他如濫用權力，則後果就不堪設想了。
神宗確然是個勇於有為的英王，後世史家批評他尚義而好名，本來這也不是大缺點，問題出在他只知要維護尊重輿論的立場，而不深察言事官黨爭的私心和奔競利祿的私慾。他接受了台諫們的「控」狀，還以為不過找蘇軾來問個明白而已，並不覺得事情有那麼嚴重，後來才覺察到台諫們是有計畫的結夥陷害，而蘇軾實陷冤誣，再圖救贖，但這場出死入生的文字獄，卻已如火如荼地燒了起來。
以李定為首的這些台諫官，他們之所以要興起這場詩獄，目的在打擊保守派的潛在勢力，摧毀他們重登政壇的機會，藉以鞏固王安石去位後，力量已顯薄弱的新政派的既得政權，是非常明白的事情。
當時的情況是，專政十餘年的王安石已經黯然離京，呂惠卿陰謀敗露，一時決難再起；帝以吳充為相，不過地位中立；王珪是個鄉愿式的老官僚，雖然竭誠擁護新政，依附安石，但其政治上的聲望地位，實不足以領導群倫，能力上也不太能夠配合急求事功的皇帝。他們雖然接下了荊公所遺的重擔，但卻顯得十分吃力。
另一方面，天下所矚目的「真相」，卻在洛陽，受苦受難的老百姓所仰望的及時雨，是婦孺皆知的司馬光。
萬一有一天，神宗覺得無人能為國家做事，念頭一轉，真讓司馬復出的話，以他那種只一不二的脾氣，這批由王安石選拔出來的「新進」，連現有的祿位都不保了，還有什麼政治前途可言？
何況王珪僥倖登上相位，急需幹部，所以李定等人就攘臂而起，願為打手。
但是司馬光遠居洛陽，閉戶著書，絕口不談國事，沒有辦法議論他；而王安石公開指責過蘇軾是司馬光反對新政的幕後智囊人物，更有沈括那道「譏訕朝政」的老藥方，可以故技重演，退求其次，殺雞儆猴。於是，倒霉的蘇軾，禍從天降，就做了新舊政爭中的「代罪羔羊」。
他們又以集體圍剿的方式，使尚義而好名的神宗無法回護。
元豐二年（1079）六月二十七日，由權監察御史里行的何正臣首先發難，上札論蘇軾到湖州任謝上表中，有「知其愚不適時，難以追陪新進；察其老不生事，或能牧養小民」，指為「愚弄朝廷，妄自尊大」。又說：「一有水旱之災，盜賊之變，軾必倡言歸咎新法，喜動顏色。軾所為譏諷文字，傳於人者甚眾。今獨取鏤版而鬻於市者進呈。」
繼起者，亦為監察御史里行的舒亶，進札子說：「臣伏見知湖州蘇軾進謝上表，有譏切時事之言。流俗翕然，爭相傳誦，忠義之士，無不憤惋。」
這一段冒頭，顯與何正臣互為呼應，其下正文，則獨選可以附會為「謗訕君上」的文字，以激怒神宗，陷蘇軾於「大不敬」的殺頭之罪，用心非常狠毒，文略曰：
陛下發錢以本業貧民，則曰「贏得兒童語音好，一年強半在城中」；陛下明法以課試郡吏，則曰「讀書萬卷不讀律，致君堯舜知無術」；陛下興水利，則曰「東海若知明主意，應教斥鹵變桑田」；陛下謹鹽禁，則曰「豈是聞韶忘解味，爾來三月食無鹽」。其他觸物即事，應口所言，無一不以譏諷為主。小則鏤版，大則刻石，傳布中外，自以為能。其尤甚者，至遠引衰漢梁竇專朝之士，雜取小說燕蝠爭晨昏之語，旁屬大臣，而緣以指斥乘輿，蓋可謂大不恭矣。
伏望付軾有司，論如大不恭，以戒天下之為人臣子者，不勝忠憤懇切之至。
以上兩件，神宗批交中書複議。
舒亶，字信道，慈溪人，治平二年進士，初為縣尉，坐手殺人罪，已被停廢多年。張商英為御史，言其才可用，始得改官。
舒亶得張商英的推薦，始從廢籍中鑽出頭來，重入仕途，辦了蘇軾詩獄案後，他就得意起來，接了張璪知諫院的後任。其時，商英為中書檢正，給他寫了一封信，並將他的女婿王溈之的課業，送請察看，總不外是私人之間請託的小事。誰知他翻臉無情，立即上章舉發，曰：「商英官居宰屬，而臣職在言路，事涉干請，不敢隱默，將各件繳進。」商英因此降為館閣校勘，監江寧酒。
舒亶之為不折不扣的小人，其為士大夫所不齒，非僅蘇軾一案。
其間，有個國子博士李宜之，初得提舉淮東常平，他也來插上一手。無他，一個默默無聞的小官，若能參加一件扳倒名人的大事，足使自己增重。奏狀說：
昨任提舉淮東常平，過宿州靈壁鎮，有張碩秀才稱：蘇軾與本家撰《靈壁張氏園亭記》，內稱「古之君子，不必仕，不必不仕。必仕則忘其身，必不仕則忘其君」。是教天下之人，必無進之心，以亂取士之法。無尊君之義，虧大忠之節，顯涉譏諷，乞賜根勘。
緊接著是權御史中丞李定的壓軸戲，七月二日上札言蘇軾有可廢之罪四，略曰：
知湖州蘇軾，初無學術，濫得時名，偶中異科，遂叨儒館，有可廢之罪四：軾先騰沮毀之論，陛下稍置之不問，容其改過，軾怙終不悔，其惡已著，此一可廢也。古人教而不從，然後誅之，蓋吾之所以俟之者盡，然後戮辱隨焉，陛下所以俟軾者可謂盡矣，而傲悖之語，日聞中外，此二可廢也。軾所為文辭，雖不中理，亦足以鼓動流俗，所謂言偽而辨，當官侮慢，不循陛下之法，操心頑愎，不服陛下之化，所謂行偽而堅，先王之法當誅，此三可廢也。軾讀史傳，豈不知事君有禮，訕上有誅，肆其憤心，公為詆訾，而又應制舉，對策即已有厭弊更法之意，陛下修明政事，怨不用己，遂一切毀之以為非是，此四可廢也。而尚容於職位，傷教亂俗，莫甚於此。伏望斷自天衷，特行典憲，取進止。
李定這件札子，句句緊扣著蘇軾怨望和謗訕的對象都是皇帝陛下，極富挑撥性，神宗當時也不免被激怒了，要勘問一個明白，遂下旨道：「送御史台根勘聞奏。」
李定，是王安石一手提拔出來的新政派，初欲引為諫官，被中書舍人封還詞頭，後又被人檢舉不服生母仇氏之喪，台諫給舍，紛紛論其不孝，司馬光詆之為「禽獸不如」。此事原不重大，但竟掀起政海風波，無他，借李定以攻擊王安石，他做了黨爭的箭靶而已。
蘇軾與李定初無個人嫌怨，有人以為軾作賀朱壽昌得母詩，有「感君離合我酸心，此事今無古或聞」句，是暗諷李定，今為報復。其實，以當時朝士作詩稱美壽昌者之多，豈僅蘇軾一人，即此一言，亦非「必欲置之死地」的深仇，而今李定如此狠毒，無他，以蘇軾為黨爭的箭靶，意在司馬光而已。
御史台奉到聖旨後，請求皇上選官參治，詔派「知諫院張璪、御史中丞李定推治以聞」。
這張璪，原名張琥，與蘇軾是進士同年。軾任鳳翔簽判時，張已先在鳳翔為法曹，曾為同事，當他離職時，蘇軾還作過一篇《稼說》贈行，與共勖勉。
誰知這位同年，素性姦邪，往往以危機陷人。這些年來，在京城十分活躍，初奉王安石，旋附呂惠卿，又與舒亶深交，數興大獄。軾案發生時，他已位居知諫院兼侍御史知雜事，甚得右相王珪的倚重。奉派這個差使，正是他表功的機會，遂與李定聯手，雜治獄案，必欲置蘇軾於死地了。
他因王珪的竭力援引，元豐四五年間，就當上了參知政事、中書侍郎，儼然執政矣，其後跟著朝局轉變，黨章惇，諂蔡確，無往不利。王文誥說：「數人之性不同，而璪能探情變節，左右從順，各得其歡心。」以這樣一個奇才，掌握典憲大權，蘇軾的性命，豈不危乎殆哉！
李定奏請先罷蘇軾知湖州的現職，並請差員「追攝」（追捕），神宗批令：「御史台選牒朝臣一員，乘驛馬追攝。」又責不管別緻疏虞狀。罷湖州的朝旨，令差去官齎往。
於是，就派了太常博士皇甫僎（遵）馳驛趕往湖州，逮捕蘇軾到案。