治平二年（1065）正月，蘇軾返京，與父親和弟弟一家團聚。旋奉詔命，差判登聞鼓院。
這登聞鼓院是諫官組織中的一個單位，隸屬於司諫和正言，掌管收受官民投遞的章奏表疏，不論是說朝政得失、公私利害，還是理雪冤濫等，皆許到鼓院來擊鼓進狀，如為告密或檢舉官吏，並許密封呈進。吏民如有冤屈，都可藉此申告，是北宋政制中一個很好的制度。
英宗皇帝自在藩邸，久已習聞蘇軾的文名，是時，便欲循唐朝的先例，特命召入翰林，知制誥。
宰相韓琦以為不可，對曰：「軾之才，遠大器也，他日自當為天下用。要在朝廷培養之，使天下之士，莫不畏慕降伏，皆欲朝廷進用，然後取而用之，則人人無復異辭矣。今驟用之，則天下之士，未必以為然，適足以累之也。」
英宗說：「且與修注，如何？」
琦對曰：「記注與制誥為鄰，未可遽授。不若於館閣中近上貼職與之，且請召試。」
英宗說：「未知其能否，則試之。如軾，有不能耶？」
韓琦仍然堅持蘇軾年少資淺，未經試用，不可驟與侍從之職，最後決定依照一般通例，召試學士院，且與館職。
殿陛間這番討論的言語，不免外傳，歐陽修還怕執政官中有與韓琦不睦者（暗指曾公亮），藉此挑撥是非，所以特地向蘇軾解說，蘇軾道：「韓公所以於某之意，乃古之所謂君子愛人以德者。」 對於韓琦此舉，倒是後來的史論家有很多批評，以為韓琦號為名相，但面對傑出異能的人才，仍計尋常尺寸，不能破格擢用，認為他太官僚化了。
二月，召試學士院。試兩篇論文，題一為《孔子從先進論》，一為《春秋定天下之邪正論》，軾復以最高分的「三等」入選，於治平三年（1066）二月乙酉，得以殿中丞直史館。
宋設三館——集賢院、史館與昭文館，掌管校讎典籍，管理圖書等事。館職首重文才，故試論文，一經入選，便為名流，其職位高者為修撰，次為直館，再次為校理，卑者曰校勘、檢討等。蘇軾作《夜值秘閣呈王敏甫》詩，一時也頗有些許富貴氣象：
蓬瀛宮闕隔埃氛，帝樂天香似許聞。
瓦弄寒暉鴛卧月，樓生晴靄鳳盤雲。
共誰交臂論今古，只有閑心對此君（藏書）。
大隱本來無境界，北山猿鶴謾移文。
蘇軾既已回京供職，老父得人隨侍，閑居南園已歷三年的蘇轍便開始活動，三月得為大名府推官。
但至五月二十八日，蘇軾忽又逢喪妻之痛。夫人王弗時僅二十七歲，只有一個兒子，還不滿七歲。他倆的婚姻生活只有十年，而這十年裡面，正是丈夫出外求取功名，家庭殘破，離合無常的艱難時期。她在家侍奉翁姑，勤儉謹肅，聲聞戚黨；到隨夫遊宦鳳翔，深知她的丈夫缺乏社會經驗，生性又大而化之，她就專心注意他在外面的每日行事，細心觀察與丈夫交往的朋友，以她精明的頭腦，幫他辨析人情事理，及時諫諍，避免上當。
王弗夫人的謹言慎行，正是蘇軾所最缺乏的修養。她的精明幹練，使蘇軾對她產生很多依賴，隱然做了丈夫的護身神，而今一旦喪逝，怎不令他痛慟。
父親也囑咐兒子道：媳婦從你於艱難，將來，你必須要將她葬在其姑之側。這在當時的家族觀念里，是一種崇尚與敬愛的表徵。所以蘇軾作《亡妻王氏墓志銘》說：「君得從先夫人於九泉，余不能。嗚呼哀哉！余永無所依怙。君雖沒，其有與為婦，何傷乎？嗚呼哀哉！」
蘇軾對夫人王弗的敬愛，也永遠不衰。後十年，熙寧八年（1075）的正月二十日，他在密州夢見夫人，猶是凄切難遣，作《江城子》詞：
十年生死兩茫茫。不思量，自難忘。千里孤墳，無處話凄涼。縱使相逢應不識，塵滿面，鬢如霜。
夜來幽夢忽還鄉。小軒窗，正梳妝。相顧無言，惟有淚千行。料得年年腸斷處，明月夜，短松岡。
六月初六，殯王夫人於京城之西，後來運柩回籍，葬於翁姑塋墓之西北八步。
這些年來，蘇氏的家運實在不好，死亡相繼，骨肉凋零，蘇洵《極樂院造六菩薩記》說：「自長女之夭，不四五年而丁母夫人之憂。……其後五年，而喪兄希白（蘇澹），又一年而長子（景先）死，又四年而幼姊亡，又五年而次女卒。至於丁亥之歲，先君（父蘇序）去世，又六年而失其幼女（嫁程之才之八娘），服未既，而有長姊之喪。悲憂慘愴之氣，鬱積而未散。」越四年，軾、轍兄弟又丁程太夫人之憂，所謂「三十年之間，而骨肉之親零落無幾」，這也是促使老蘇誓去遠遊四方的一個重要原因。
然而，曾不幾年，喪母之後，蘇軾又悼妻亡。距妻亡十一個月，治平三年（1066）之四月，老父忽又疾革，二十五日逝世，享年五十八歲。蘇洵所編禮書，甫經脫稿，由歐陽修領銜，與禮官李柬之、宋敏求、陳繹、李育、姚辟、蘇洵等聯名奏上，尚未得報；而私撰《易傳》，亦未完稿。臨終前，蘇洵遺囑兩件大事：「未完成的《易傳》，希望他們兩兄弟續寫成書；兄澹（希白）過世得早，子孫未立，要他們照顧；妹嫁杜氏，死而未葬，要軾負責葬事。」蘇軾涕泣受命。後於熙寧元年遵遺命為這個杜氏姑母塋葬於眉山，又當他官可蔭補親族時，奏請蔭補大伯父（蘇澹）的曾孫蘇彭，都決定於這個時候。
蘇洵逝世事，奏聞於朝，英宗詔賜銀一百兩，絹一百匹。蘇軾辭賜銀絹，為父求賜官爵。六月九日誥贈光祿寺丞，同時特飭有司備具船隻，載送靈柩歸蜀。
韓琦、歐陽修各致厚賻，均辭不受。
據歐陽修所撰墓誌，蘇洵的著述有《文集》二十卷、《謚法》三卷、又《易傳》未成。另見於其他著錄者則有《洪範圖論》《皇祐謚錄》（《宋史·藝文志》）及《批點孟子》二卷。
六月，兄弟扶護父親的靈櫬和王弗夫人柩，一舟兩棺，自汴入淮，溯江而上。
至江陵，初識他夙所敬佩、風骨嶙嶙的劉摯，其時他為江陵府的觀察推官；在途中又與史館的同事李師中相遇，其時師中方欲出守鳳翔，赴任中山。
兄弟護喪還鄉，遵禮在家守制。治平四年八月，合葬父母於武陽（彭山）縣安鎮（蟆頤）山之老翁泉；同時葬王弗夫人於其側。
家居無事，蘇軾在整理舊書中，發現父親疏寫數紙祖父（蘇序）的事迹，似乎是想要寫篇行狀而並未完稿的殘篇，於是決定代他父親了此心愿，撰《蘇廷評行狀》。然後又將這篇行狀抄錄副本，寫了信託人攜交曾鞏，求撰墓碣書。《曾南豐集》有《贈職方員外郎蘇君墓志銘》，即是軾所求文。
居喪期間，聽了許多道家的神秘故事，也看了不少名畫，他的族兄僧惟簡從成都來看他，以蘇轍所得的河朔蘭亭拓本交他帶回寺去刻石，並為作跋。蘇軾在鳳翔所購得的四扇吳道子畫四菩薩真跡的門板，這次也帶回家來，就代他父親施捨給惟簡的廟中，要惟簡造一大閣，專藏此畫，且繪蘇洵像於其上，以為永念。造這大閣預算需錢百萬，蘇軾認捐二十分之一。
熙寧元年（1068）七月除喪。十月，蘇軾續娶王弗夫人的堂妹王閏之為繼室。閏之夫人字季璋，青神縣王介（君錫）的幼女，其弟王箴（元直）於蘇軾前次母喪歸鄉時，兩人嘗同坐在庄門前吃瓜子炒豆者，現在則已長大，時從蘇軾問學。
十二月，軾、轍兄弟再度攜同家屬還京，將鄉中祖墳的修護照看，田宅的出納經紀，親戚家的酬酢等事，委託了老鄰居而又總角之交的楊五哥（濟甫），如遇大事，則要堂兄子安做主。
同鄉的父執輩王淮奇（慶源）、蔡褒（子華）、楊宗文（君素）來送行，蔡褒在他紗縠行的老宅中為種荔樹一棵，說待荔樹長大，望能見他回來。
但是蘇軾此去，過了二十二年，他還在杭州任上，不能還鄉，《寄蔡子華》詩，無限惆悵：
故人送我東來時，手栽荔子待我歸。
荔子已丹吾發白，猶作江南未歸客。