宋沿隋唐的貢舉制度，設進士科以得常才，又設制科以待非常的人傑。士人出身進士，固已受人敬重，而制科得雋者，則更被人矜貴，莫不以國之大器待之。
制科又名制舉，唯待天子特詔才舉行的特試，須由大臣奏薦，受天子親自策問與拔擢，其隆重可見。仁宗一朝，有賢良方正極言盡諫科、博通墳典明於教化科、才識兼茂明於體用科、詳明吏理可使從政科、識洞韜略運籌幃幄科、軍謀宏遠材任邊寄科等，習稱「六科取士」。
制科之試，始於漢文帝之詔舉賢良。宋因前代成規，而制度更加嚴密，每屆對策者最多不過五人，取精用宏，目的即在拔擢非常的人才，而出身制科者，自有上承天子特達之知的榮寵，比常科進士更加一等。
嘉祐五年（1060）八月，仁宗皇帝詔求直言，禮部侍郎兼翰林侍讀學士歐陽修以才識兼茂薦蘇軾於朝，天章閣待制、知諫院楊畋（樂道）對蘇轍說：「聞子求舉直言，若必無人，畋願備數。」薦舉了蘇轍。
蘇軾說制科特考之難，有曰：「特於萬人之中，求其百全之美，又有不可測知之論，以觀其默識之能，無所不問之策，以效其博通之實。……猶使御史得以求其疵，諫官得以考其素，蓋其取人也如此之密。」為應付這項漫無範圍、無所不問的考試，他們必須有個清靜的地方讀書準備，因此於翌年（六年）正月，便從西岡移往京師麗景門外，汴河南岸之懷遠驛居住。
應考制科，須歷三個規定的程序：一是繳進辭業，二是秘閣六論，三是殿試策問。
應試人於大臣論薦奏可後，先自選錄所寫的策論五十首，分為十卷，檢同薦狀詣閣門或附遞投進，送兩省侍從「看詳」。經評定等次，選取文理優長者，擇日參加閣試。蘇軾因此有上兩制（中書舍人與翰林學士）丞相富弼、曾公亮書。
《上兩制書》說，軾本是草茅下士，現在列名為州縣小吏，而諸公則是可與人主揖讓周旋的人，貴賤的分際非常遼遠。然而軾所學者聖賢之道，所習者聖賢之言，所守者聖賢之分，故敢踽踽而來，仰不知明公之尊，俯不知其身之賤，不由紹介，不待辭讓，而直言當世之故，無所委曲者，以為貴賤之分，非所以施於此也。
他檢送富弼的是策論五十篇中的二十五篇，「貧不能盡寫而致其半，請觀其大略」。上曾公亮者，獻其文凡十篇，「惟所裁擇」。蘇軾志氣如虹，昂首於權勢之外的風度，在這些地方，非常生動地表現了出來。
兄弟倆當時的生活，實在非常清苦。若干年後，蘇軾和他的朋友劉攽（貢父）談起讀書懷遠驛時，每日三餐，飯桌上只有白飯、白蘿蔔和鹽三樣食物，戲稱之為「三白飯」。劉攽是個慣開玩笑的人，過了一段日子後，他忽折柬邀蘇，去他家吃「皛飯」。蘇軾已經忘記前事，認為貢父讀書多，所謂皛飯定然別有典故，到時興沖沖趕去赴約，待見到他家餐桌上只有白飯、白蘿蔔和一碟子食鹽時，才悟到已為貢父所戲，但仍欣然就食，吃得津津有味。
時光過得很快，在懷遠驛倏忽已逾半年，七八月間的天氣，白晝還是秋暑難擋，兄弟倆揮汗如雨，但是有個晚上，忽然颳起西風來，風聲非常凄厲，一陣陣落葉，穿窗入室，寒氣襲人，間又下起瀟瀟冷雨，更是一番凜然秋意。
蘇轍年輕時，有肺病，身體很單薄，起來要去找件夾衣穿，蘇軾正在讀韋蘇州（應物）集，剛讀到《與元常全真二生》詩，「那知風雨夜，復此對床眠」兩句，不禁觸景生情，意識到兄弟倆現在拚命準備考試，一旦做了官，各自宦遊四方，從此就要分離。眉山老家中，兩人無憂無慮，閑居讀書的那份悠然生活，就再也不容易有了。
兄弟倆就此討論起前途來。清貧人家的讀書子弟，怎麼推得開求仕謀生這條唯一的出路，只能希望及早從仕路上退出來，同回故鄉，才能對床而卧，共度風雨之夜，尋回他們的舊夢。
兄弟倆就在懷遠驛做了「風雨對床」的約定，此後四十年間，兩人都念念不忘這箇舊約，然而由於可悲的人生羈絆，終身不能實現。
嘉祐六年（1061）七月，詔以起居舍人知諫院司馬光、同知諫院楊畋、知制誥沈遘（文通）為秘閣考官。
凡舉制策者，於前納文卷經兩制看詳，列等次優以上，才得參加秘閣考試六篇論文。這次的考題是：一、王者不治夷狄論；二、劉愷、丁鴻孰賢論；三、禮義信足以成德論；四、形勢不如德論；五、禮以養人為本論；六、既醉備五福論。
秘閣試六論規制非常嚴格，甚難通過，當時的士人目為「過閣」，意指難如過關。六論每篇不得少於五百字，須一天一夜內寫成。風檐寸晷，時間緊迫，一般考生但求充分發揮意見，無法考究文辭工拙，所以向來皆不起草，文章都不能工。蘇軾為文，意思充沛，下筆如流泉汩汩湧出，不能自已，因此，他獨可從容起稿，及時完篇，而文義粲然。當時的人，都認為這是很難得見的天才。
秘閣六論及格後的八月二十五日，仁宗皇帝御崇政殿，親試「賢良方正直言極諫」策問。策題長達五百餘字，規定對策字數應在三千字以上，當日內完成。蘇軾舉條而對，文長五千五百餘字，本於深厚學養，濟之以一腔忠誠，痛快淋漓地極論國是，寫得甚是得意。所以登科後，他慷慨自言道：「敢以微軀，自今為許國之始。」
這次制科，四人中錄取三人：著作佐郎王介、福昌縣主簿蘇軾、澠池縣主簿蘇轍。
制策取士，特別鄭重，考官定等之後，言官（包括御史和諫官）例得複核。
評核的結果，蘇軾得第三等，王介得第四等。科制分五等，宋朝自有制策之試以後，第一第二兩等，皆是虛設，從來無人得過，普通都以第四等中選。蘇軾以前，只有吳正肅公（育）一人，曾入三等，蘇軾是自有制科以來獲此最高評等的第二人。
蘇轍對策，極言盡諫，語甚切直，司馬光非常推許，定為三等，但卻發生了爭議。覆考官胡宿以為此卷出言不遜，堅持不可。司馬光與范鎮商量，范鎮主張降等錄取，另一覆考官蔡襄說：「吾三司使也，司會之言，吾愧之而不敢怨。」只是推卸，而胡宿力主黜落。事情不得解決，鬧到皇帝那裡，帝詔：「差官複位。」複位的結果，也主張黜落蘇轍。是科，彌封卷號，蘇軾為「臣」字，蘇轍為「𣭆」字。司馬光奏曰：
……臣竊以國家置此六科，本欲取材識高遠之士，固不以文辭華靡、記誦雜博為賢。所試文辭，臣不敢言，但見其指陳朝廷得失，無所顧慮，於四人之中，最為切直。今若以此不蒙甄收，則臣恐天下之人皆以為朝廷虛設直言極諫之科。而𣭆以直言被黜，從此四方以言為諱，其於聖主寬明之德，虧損不細。臣區區所憂，正在於此，非為臣已考為高等，苟欲遂非取勝而已也。
伏望陛下察臣愚心，特收𣭆入等，使天下之人皆曰：「𣭆所對事目，雖有漏落，陛下特以其切直收之。」豈不美哉！
奏上，執政將「𣭆」號對策卷進呈御覽，仁宗看了之後，諭曰：「此卷，其言切直，不可棄也。」乃降一等收錄。所以，蘇轍終於收入第四等。薦官楊畋見皇上時面奏：「蘇轍，臣所薦也。陛下赦其狂直而收之，盛德事也。乞宣付史館。」仁宗欣然從之。
光獻曹後後來說，那一天仁宗策試賢良後，歸宮，面有喜色，對曹後說：「吾今日又為子孫得太平宰相兩人。」意指軾、轍。
制科入等後調官，蘇軾除大理評事，蘇轍為試秘書省校書郎。
自此風聲所布，一旦之間，三蘇父子文名，震動京師，流傳四方，蘇氏文章，遂為天下第一。士人競以蘇文為師法，很多人來訪求傳抄新作，也有很多人來要求從老蘇問學，孫鼛（叔靜）兄弟就於此時拜在老蘇門下。
據說，老蘇發憤苦讀之初，偶得《戰國策》一書，讀之大喜，視為枕中鴻寶，秘不示人，甚至不讓兒子們看見。一天被蘇軾偷來看了，哪知他也很喜歡書中那種縱橫雄辯的文字，所以後自為文，就帶有非常濃重的縱橫家風格。
王安石為翰林院知制誥，他是個篤實的經學家，很不喜歡蘇軾文章中的策士氣息，曾對呂公著、韓維說：「如果我是考官，就不取他。」
王、蘇二人性格的不合，始見於此時。
蘇軾在京師宜秋門旁買了一棟住宅，號曰「南園」，奉老蘇及全家徙寓於此。與蜀中楊濟甫書，說及此宅：
都下春色已盛，所居廳前，有小花圃，課童種菜，亦稍有佳趣。傍宜秋門，高槐古柳，一似山居，頗便野性也。
詩又云：「荒園無數畝，草木動成林。」則此住宅，屋宇雖不甚大，而花木繁茂，宅基又在宜秋門旁的高槐古柳之中，九陌紅塵里，不失為一所幽雅的詩人之居。蘇轍曾將園中草木，一一題詠，則可見到堂前有蘆，砌下有竹，堂後有石榴樹，隙地有井，可以汲水澆花，另外還有雙柏及一座葡萄架，深處更有幽室，室前雜植萱花、葵花、牽牛花之類的草花。
老蘇又在庭前開鑿一口方池，