在騰訊內部，有這樣一種說法：在管理一家大企業方面，馬化騰可能比不上楊元慶，但如果給他們同樣的資金去創業，馬的勝算則更大。簡言之，馬化騰有著非常敏銳的商業嗅覺，知道該學什麼，並懂得對學到的東西進行改進。在馬化騰看來，自己是偏技術和產品的，非常務實，在互聯網的大腕里，馬化騰和丁磊的風格是比較接近的。對戰略和產品的方向和度的把握還可以，但不善於管理和對外交流。
在面對計算機時，他如魚得水，開發出「股霸卡」就是一個例子。1994年，還在潤迅公司做軟體工程師的他看到電腦板卡市場火熱，便結合自己炒股的興趣，開發出「股霸卡」，一度在深圳的電子市場賣斷貨。同樣的邏輯，發生在QQ的誕生過程中。1998年年底，27歲的馬化騰創辦了騰訊，而3個月後他所推出的OICQ，正是其以往熱愛使用的ICQ的一個翻版。馬化騰的QQ(前身就是OICQ)從誕生那天起，就克服了成名已久的ICQ的一些弊端。
通過馬化騰早期的經歷，我們似乎可以窺見他日後商業思想的核心：審時度勢，該出手時就出手。2002年，馬化騰決心進入遊戲市場。那時候，網民在網吧玩遊戲的時間已經超過了玩QQ的時間。在馬化騰看來，這是一個無形資產上的威脅。騰訊選擇先進入棋牌類休閒遊戲，理由是棋牌類遊戲開發成本比較低，而且關聯度比較大，簡單且可以整合。最初，騰訊只是投入4個人進行了棋牌類遊戲的研發，結果卻獲得了意想不到的成功，很快就超越休閑類遊戲老大聯眾。
隨後，馬化騰代理了一款韓國大型網遊，但成績平平。理由也很簡單，大型網遊更像一部大片，成功與否與它本身的關係更大，而與你的平台和衍生的關係則很小。這次合作給騰訊的遊戲研發和運營隊伍上了一堂課。此後，騰訊開始自主研發網路遊戲，直到大型網遊《QQ幻想》誕生。
馬化騰在騰訊的業務線上採取了依靠自己人的方式，在公司的管理架構設置上，亦是如此。2006年，馬化騰開始從日常管理中抽身而出，有麥肯錫和高盛背景的空降兵劉熾平從馬化騰手中接過了總裁的位置。劉熾平早在2003年扶助騰訊上市的時候就跟馬化騰相熟，他是前高盛亞洲投資銀行部執行董事，也曾是騰訊上市的承銷顧問。2005年初馬化騰把劉熾平引入騰訊做首席戰略投資官，一年後任命其為總裁。2007年3月，劉熾平升任公司執行董事，成為協助馬化騰進行公司戰略部署和運營的最重要角色。同樣是任命總裁，陳天橋就是一聲令下，唐駿一步到位，之前兩個人只有數面之交。
目前，騰訊公司的高層中有許多空降兵。被微軟從西雅圖派回上海的熊明華，受到騰訊另一位創始人張志東的力邀，於2005年12月加入騰訊，與張志東共同分擔首席技術官一職。負責廣告和品牌推廣業務的劉勝義(曾擔任陽獅——Publicis中國的執行合伙人)、人力資源總監奚丹(來自中興)，無線業務的執行副總裁劉成敏(來自華為)，騰訊網總編輯陳菊紅(曾在《南方周末》、《南風窗》等媒體擔任高管及主編職務)等等均是空降到騰訊的高級人才。如此一來，馬化騰幾乎成了騰訊公司的「首席架構師」。《你所不知道的馬化騰》一文中把馬化騰的工作歸結為：外部看「騰訊未來做什麼」，內部看「人的問題」。馬化騰現在最大的功夫下在參與新業務線的孵化和跟蹤前沿上。每天晚上馬化騰都泡在網上，從各大門戶的科技頻道到Doechweb、aLab這些國內的IT社區，他都會去看看;國外新興的服務、有意思的產品，他都要下載下來用一下;新上市的網路遊戲，也要進去玩一玩。一旦發現什麼合適的創新，就想辦法移植到騰訊來。
除了工作，馬化騰幾乎沒有其他愛好，即使婚後他仍時常加班到深夜。他甚至是企業家中極少樂於表示自己不愛讀書的人：「管理方面的書，知道了也就夠了。不會因為你知道，企業就能變得怎麼樣，還是得看你做的事情。」馬化騰曾對媒體表述過他對讀書的態度。