馬國柱，順治四年（1647年）——順治十一年（1654年）在任。最早稱江南江西河南總督，後改江南江西總督。
馬鳴佩，順治十一年（1654年）——順治十三年（1656年）在任。
郎廷佐，順治十三年（1656年）——康熙七年（1668年）在任。最早以江南江西總督上任，後改稱江南總督，康熙四年（1665年）改稱兩江總督。
麻勒吉，滿人，康熙七年（1668年）——康熙十二年（1673年）在任。
阿席熙，滿人，康熙十二年（1673年）——康熙二十年（1681年）在任。
于成龍，康熙二十年（1681年）——康熙二十三年（1684年）在任，死於任上。
王新命，康熙二十三年（1684年）——康熙二十六年（1687年）在任，由江蘇巡撫遷。
董訥，康熙二十六年（1687年）——康熙二十七年（1688年）在任。
傅拉塔，滿人，康熙二十七年（1688年）——康熙三十三年（1694年）在任，死於任上。
范承動，康熙三十三年（1694年）——康熙三十七年（1698年）在任。
張鵬翮，康熙三十七年（1698年）——康熙三十九年（1700年）在任。
阿山，滿人，康熙三十九年（1700年）——康熙四十五年（1706年）在任。
邵穆布，滿人，康熙四十五年（1706年）——康熙四十八年（1709年）在任。
噶禮，滿人，康熙四十八年（1709年）——康熙五十一年（1712年）在任。
郎廷極，康熙五十一年（1712年）——康熙五十一年（1712年）在任。
赫壽，滿人，康熙五十一年（1712年）——康熙五十六年（1717年）在任。
長鼐，滿人，康熙五十六年（1717年）——康熙六十一年（1722年）在任。
查弼納，滿人，康熙六十一年（1722年）——雍正四年（1726年）在任。