順治十七年（1660年），紫禁城中的順治皇帝偶然讀到江南士人金聖嘆的文章，忍不住稱讚道：「此是古文高手，莫以時文眼看他。」
金聖嘆聽到消息時，正在好友韓住貫華堂 中閱書，當即「感而泣下，因向北叩首」。還特意作詩道：「忽承帝里來知己，傳道臣名達聖人。合殿近臣聞最切，九天溫語朗如神。」又有「今日長安指日邊」「香爐北上是經筵」之句，表達出一種天真的幻想，希望能得到順治召見，在皇帝身邊做個「經筵」大臣。此時金氏決計想不到，一場殺身之禍即將到來。
金氏原姓張，名采，字若采，明亡後改姓金，名人瑞，字聖嘆，吳縣（今江蘇蘇州）人。其人能文善詩，孤高率性，倜儻不羈。授徒講學時，旁徵博引，諸子釋道，稗官野史，無所不包，議論大都發前人之未發，往往出語驚人，又好炫耀才學，極受當地士庶矚目，有人目之為「才子」，亦有人視其為「狂生」 。
金聖嘆自幼學佛，喜與僧人結交，有聯題佛經云：「流水今日；明月前身。」他擅長扶乩降靈，自稱天台宗祖師智顗弟子的轉世化身，託名「泐庵」法師，在江南名氣很大，曾至葉紹袁 、錢謙益、姚希孟、戴汝義等名人士大夫家中扶乩，不但寫出優美感人的篇章，還往往說中事主心思，由此受到葉紹袁等人的崇信追捧，尊稱其為「泐公」或「泐師」。錢謙益直言金聖嘆真的像是受到某種神靈支配。
入清以後，金聖嘆對清人屠殺江南百姓的暴行多有不滿，遂絕意仕途，閉門著述。然及他聽到順治皇帝「金口」稱讚其文章時，還是受寵若驚，感激涕零，於是出現了「向北叩首」的一幕。
金聖嘆期待的皇帝恩召沒有到來，反而先傳來了順治皇帝駕崩的消息。雖然滿清平定江南已有十餘年，但並不得人心，沒有多少人真正為皇帝的過世感到悲傷。甚至還有人幸災樂禍，如文壇盟主錢謙益在哀詔傳到江南後，不顧國喪之禮，公然宴飲作樂，還特意在所作詩作《後秋興之十》題注道：「辛丑二月初四日，夜宴述古堂，酒罷而作。」 然較之旁人，金聖嘆多了一份惋惜的傷痛，因為順治皇帝本有可能成為他的「明主」。此時的金氏萬萬想不到，一場大獄即將興起，而他亦將捲入其中。
清廷素怨江南多事，對蘇州、松江等地格外徵收重賦 。當時蘇州吳縣縣令任維初剛剛上任，即收到江蘇巡撫朱國治令牌，稱吳縣積欠賦稅嚴重，要求儘快上繳上年賦稅銀兩。任維初遂改三六九日追比為日日追比 ，還專門在縣衙堂上擺放了數十支大竹板，浸在尿桶中，打起人來，無不鮮血淋漓。不幾天，就有一人死在板子下。
任維初雖以嚴刑催征錢糧，然荒年歉收，賦稅又重，難以收齊。在這樣的困難局面下，任維初竟然還起了貪心，將常平倉 糧食取出，命衙役總管吳行之以高價轉手賣給百姓，所得錢財盡數收入自己腰包。至於倉糧短少之數，則分攤給全縣各戶徵收。此事不久即被人揭穿，一時間，民怨沸騰。
剛好這時順治皇帝駕崩，二月初一，哀詔下到江南。地方官員按照慣例在蘇州府院（今江蘇蘇州道前街會議中心）設置了靈堂、靈牌，江蘇巡撫朱國治、道台 王紀及府、縣等大小官員均要在靈牌前哭靈三日。
二月初四，義憤填膺的吳縣諸生（通過院試的秀才）決意當眾控告任維初的罪行，遂相約到文廟 哭廟 ，再去府院向江蘇巡撫朱國治參告縣令任維初。
生員倪用賓、薛爾張等人寫好揭帖後，想多取得一些人的支持，便拿著揭帖去雅園（在因果巷與閶邱坊間）找在鄉官宦顧予咸，請他指點。
顧予咸字小阮，一字以虛，號松交，出自「江南第一讀書人家」唯亭 顧氏，順治四年（1647年）中進士，歷知寧晉（今屬河北）、山陰（今屬浙江）、江陰。任知縣期間，曾以收買叛徒作耳目的辦法，撲滅了抗清義軍白衣義軍，由此被清廷「舉天下卓異第一」，後升任吏部考功司員外郎。這一次，顧氏是因病回家鄉蘇州休養，因其在當地名望很高，又在京師任職，所以生員自然而然地想到了他。
倪用賓、薛爾張等人去找顧予咸後，另一名生員丁瀾則去找蘇州府學教授程翼蒼 ，索取文廟鑰匙。
程翼蒼是順治九年（1652年）壬辰科老進士，正與到訪的金聖嘆閑談。丁瀾進來後，金聖嘆聽說哭廟一事，連聲道：「參得好，參得好。」程翼蒼也對任維初不滿，當即將文廟鑰匙交給了丁瀾。
丁瀾取到鑰匙後，與倪用賓會合，邀集了一百多人，齊至文廟，鳴鐘擊鼓，對著孔子的牌位放聲痛哭。哭畢，諸生按照計畫向蘇州府院進發。沿路多有相隨者，竟至千餘人。
到了府台衙門，倪用賓等人進呈參帖，要求驅逐吳縣縣令任維初。江蘇巡撫朱國治見生員聚集在衙門之外，群情激憤，且看熱鬧的民眾越來越多，擔心事情鬧大，忙下令逮人。兵丁湧出，當場抓住了倪用賓、沈大來、顧偉業、張韓，來獻琪、丁觀生、朱時若、朱章培、周江、徐玠、葉琪十一人，餘人四散而逃。
這十一人中，丁觀生是生員丁瀾堂兄，朱時若是沈大來妹婿，均是跟來看熱鬧的，屬於無辜受累。其餘九人，則是隨同倪用賓的生員。
道台王紀負責審理此案。王紀聽說生員初衷只是為揭發吳縣縣令任維初的罪行，遂招來吳縣衙役總管吳行之，詢問私賣倉糧情況。吳行之招出了實情，稱賣糧一事受命於縣令任維初。
王紀問任維初道：「為什麼要在徵收錢糧時糶賣倉糧？」
任維初竟堂而皇之地回答道：「犯官到縣止二月，無從得銀，而撫憲 索饋甚急，故不得已而糶糧耳。」意思是，全因巡撫朱國治催糧催錢甚急，才不得不如此。
朱國治見任維初毫不避諱地牽扯出自己，忙出面庇護，為任維初開脫罪責，稱賣糧是為清廷徵集兵餉急用，並偽造了一系列文書、口供，掩飾了任維初盜賣官糧一事。
同日，蘇州府學教授程翼蒼聽說自己的學生被官府拘拿，急忙寫了參本，列出縣令任維初催糧嚴酷、杖斃人命、私賣倉糧、中飽私囊等罪狀，著人連夜送給巡撫朱國治。
程翼蒼的本意，只是想營救生員，但他料不到的是，正是他這份參本，促使朱國治下定了要將眾生員置於死地的決心。
二月初五，眾官員哭靈完畢。朱國治召集眾官員道：「本想從輕發落任縣令一事，不料眾生員鳴鐘擊鼓，震驚先帝之靈。而今又有陳教授參任縣令，只得呈報朝廷懲處，諸位以為如何？」
眾官員不敢有異議，朱國治遂以震驚先帝、聚眾倡亂、情同謀反的罪名，將蘇州諸生上告朝廷。
順治十八年（1661年）二月十一日，朱國治奏疏抵達中樞。當時康熙皇帝年幼，由顧命大臣鰲拜輔政。適逢江蘇金壇有義士反清，重鎮鎮江發生失竊機密案，清廷對哭廟案極為重視，立即派出滿人大臣刑部侍郎葉尼、理事官英孥、春沙、海勒布前往江蘇會審。
老謀深算的朱國治知道事情因吳縣縣令任維初而起，蘇州民眾盡知真相，擔心在蘇州會審將激起民變，遂刻意將會審地點安排在江寧。
四月初，倪用賓等十一人被吳縣捕廳押送至江寧，一路吃盡了官差苦頭。吳縣縣令任維初與蘇州府學教授程翼蒼，亦被傳喚至江寧候審。
四月初八，會審正式開始，葉尼等四位欽差居中而坐，兩江總督郎廷佐、江蘇巡撫朱國治分坐兩邊。
郎廷佐與程翼蒼有舊，有意為其開脫，一見到其人上堂，便問道：「你是吳縣教官嗎？」
程翼蒼一怔，答道：「不是，是蘇州府教官。」
郎廷佐立即道：「我以為是吳縣教官呢，既是蘇州府教官，這事跟你沒有關係，快些出去。」
朱國治忙派人攔住程翼蒼，告道：「總督大人只是叫你出去，四位欽差大人還沒有發落，後日審訊，你還要再來，不得有誤。」
四月初十第二次會審，程翼蒼再次入堂。郎廷佐很是意外，問道：「你不是蘇州府教官嗎，我叫你回去，為何不回去？」
程翼蒼不敢說是朱國治阻攔，只答道：「在此聽候。」
郎廷佐多少有些會意過來，便笑著對欽差葉尼道：「天下竟有這種書獃子！」又轉過頭來，厲聲呵斥道：「這是什麼地方，要你在此聽候嗎？還不快走！」
朱國治心中不甘，卻因位居總督郎廷佐之下，不便當眾忤逆上級。葉尼等滿人官員也不知究竟，程翼蒼由此退出，隨即返回蘇州。
葉尼隨後提審倪用賓等十一人，諸生均訴說到文廟鳴鐘擊鼓緣由，是要參告吳縣縣令任維初私賣倉糧。
因清廷點名要將哭廟、金壇謀反、鎮江失竊機密三案同查，哭廟已與謀反性質等同，葉尼早已有先入為主之印象，立即一拍驚堂木，喝道：「要你們招供謀反事由，為何以任維初賣糧作答？」下令將十一人各杖三十，又動了夾棍酷刑。
生員們禁不住拷打，陸續招出薛爾張、姚剛、唐堯治、馮郅、