「南北之爭」源自明朝。明朝末年，南方籍大臣和北方籍大臣黨爭十分嚴重，南方派系以江浙大臣為核心，北方派系則以山東籍高官為首。因南人多文采出眾者，故崇禎一朝中南人佔了上風。到清朝順治年間，局面則完全反轉了過來，以馮銓和劉正宗二人為例：
馮銓是順天涿州人，劉正宗是山東安丘人，均是北方派系，曾備受南方大臣打壓。明崇禎皇帝定逆案時，馮銓因曾依附諂事魏忠賢，被定為「魏忠賢黨」，罪列第二，終崇禎一朝，未能得志。
「百代興亡朝復暮，江風吹倒前朝樹」。入清後，馮銓、劉正宗二人均憑手段當上了清廷的高官。馮銓善於揣摩執政者心意，攝政王多爾袞對其十分滿意，令其入內院協理機務。劉正宗善寫五言古詩，又寫得一手好字，其書法號稱「秀妙無倫」，因文章、詩詞、歌賦出眾，成為順治皇帝的文墨摯友。順治皇帝每得著名書畫，必經劉正宗鑒別評定後才歸御府收藏。順治皇帝還常常將所得名人字畫和自己作的字畫及親筆題字賜給劉正宗，御府圖書題跋也多出自其手。
江山換了主人，大臣卻還有不少是前朝舊臣，「南北各親其親，各友其友」，馮銓和劉正宗成為北方派系大臣的首腦人物，南北之爭依舊在延續。不過清初的黨爭比明朝更要複雜，清廷不居中調和，反而借勢利用，將其當作打壓江南士人的工具。
馮銓及其黨羽山東淄川人氏孫之獬是北京城最早剃髮迎降的明臣，素為眾人所不恥。以陳名夏 、龔鼎孳 為首的南方官員彈劾馮銓是前朝閹黨餘孽，曾在天啟年間依附大宦官魏忠賢，這才得以爬到大學士之位。馮銓則反唇相譏，揭發龔鼎孳曾經投降過闖王李自成，「竟為北城御史」。
彼時攝政王多爾袞掌管朝政大權，當面問起龔鼎孳投降李自成一事是真是假，龔鼎孳竟然回答道：「豈止我龔鼎孳一人，何人不曾歸順？魏徵亦曾歸順唐太宗。」氣得多爾袞大罵說：「龔鼎孳自比魏徵，而以李賊比唐太宗，可謂無恥！」
當時漢人高官如洪承疇等均是南方人，馮銓一度處在下風，但多爾袞權衡利弊後，公開支持了馮銓一派，不過也未貶斥南方籍大臣，表面上對南北兩方的爭鬥採取了不偏不倚的態度，實則是支持馮銓。之所以如此，蓋因滿清以異族入主中原，對漢人士族十分警惕。多爾袞執政期間，一向對漢人大臣採取猜疑、壓制的態度。南北黨爭中，南方大臣陳名夏、龔鼎孳均是聲名遠播的才子，而馮銓則名聲很壞，多爾袞公然予以庇護，就是因為馮銓是最早剃髮留辮的漢人大臣之一，遠比陳名夏、龔鼎孳對滿清更為忠心耿耿。
順治七年（1650年），多爾袞死，清廷政治氣候陡變。順治皇帝親政，立即一改多爾袞的政策，對籠絡依靠漢人大臣表現出異乎尋常的熱情。
順治皇帝是滿清入關後第一位統治中原的皇帝，他幼年即位，受到母親孝庄太后的嚴格管教，而朝政大權長期為其叔攝政王多爾袞把持。順治皇帝成了擺設不說，還不得不有意縱情於嬉戲遊樂，以為韜晦之計，避免受到多爾袞的猜忌。在這樣險惡政治環境下長大的順治皇帝，心理極為扭曲壓抑。多爾袞病死後，他終於取得了大權，立即表現出暴躁刻薄的性格，開始恣意妄為，完全憑自己的意志決定許多事情，全然不為大臣的意見所左右。
順治九年（1652年）四月，順治皇帝在一道諭旨中宣布，為防止諸王大臣因循怠玩，允許滿漢官吏互相參劾對方的玩誤之處。
次年六月二十七日，順治又提出，內三院為機密重地，事務殷繁，應選舉賢能之人任職，並特別指明每院應設漢官大學士二員。到順治十一年（1654年），十七名大學士中只有兩名滿人，其餘都是漢人大臣，直接參与了制定政策、發布政令等國家大事的處理。
順治皇帝還突破了漢人大臣不得掌印的陳規。順治十二年（1655年）八月，都察院署承政事固山額真卓羅奉命出征，順治皇帝即命漢承政龔鼎孽掌管部院印信。之前，部院印務向來由滿人大臣掌管，正官公出時，則由次官代理，從未有漢人掌管印信，以致龔鼎孽接到任命後嚇得不輕，戰戰兢兢地上疏懇求撤去這一任命。但順治皇帝未予接受，堅持要龔鼎孽接管印信。
表面上看起來，自順治皇帝掌權，漢官的地位顯著提高了，但起初不過是少年皇帝刻意要表現得與他所痛恨的多爾袞不同，之後則是為了統治的需要。在年輕皇帝的骨子裡，對漢人大臣的戒備和警惕並未比多爾袞減輕多少。順治登上皇帝之位並不是必然，而是多方政治勢力複雜鬥爭和相互妥協的結果。他幼年即位後，都是其叔多爾袞在殿堂上發號施令。其母孝庄太后有男人的雄才大略，為了避免兒子受到多爾袞猜忌，多次教育順治皇帝要韜光養晦，這樣環境下長大的皇帝，心理壓抑，脾氣暴躁，性好猜忌，後來一旦掌權，則任性得一發不可收。他喜歡漢人服飾，喜歡漢人文學，也大力提拔漢人文士，但這並不代表他就此信任漢人。
然漢人大臣自以為得到皇帝寵幸，看不透此節。南方籍大臣陳名夏設法勾結部分滿人貴族，專權至令朝野側目。由於陳名夏、龔鼎孽等人在朝中得勢，馮銓、劉正宗等北方派系大臣自然沒有好日子過了，尤其是馮銓，基本上是在南方大臣的不斷參劾中度日，彈劾馮銓竟然成了南北黨爭的中心內容。北方派系大臣對此極不甘心，時刻想予以反擊。而靠諂媚侍奉當權者起家的馮銓，在政治風向上的把握，其實要遠遠強於風頭正勁的陳名夏等人。
順治十一年（1654年），劉正宗突然發難，彈劾南方派系首腦人物陳名夏，起源便是一套明朝的衣冠——
順治皇帝喜歡漢式服裝，經常在宮中穿戴明朝皇冠、皇袍，並對鏡沾沾自喜，認為比滿服強多了。當年二月，順治皇帝一時興起，將明朝朝服公然從內廷拿到內院，向群臣展示。有大臣為了迎合皇帝，連聲說好，順治皇帝也是一臉笑容，看上去很是滿意。
陳名夏一時感慨，對內翰林國史院大學士寧完我道：「只須留頭髮、復衣冠，天下即太平矣！」
寧完我在努爾哈赤時便已經歸降滿清，聞言立即勾結陳名夏政敵北方系大臣，與劉正宗同時發難，參劾陳名夏「結黨懷奸，情事叵測」，主要罪狀有「倡復冠服，塗改詔旨，結黨行私，循情納賄，縱子肆虐」等。其中最核心的是陳名夏把「留頭髮，復衣冠」作為「第一要緊事」，聲言是「天下太平」的關鍵，是以寬衣博帶為名，行變清朝為明朝、「計弱我國」之實。
彼時正值南明張名振率水師活動於長江下游和入海口，甚至一度進逼南京，江南局勢十分緊張。寧完我、劉正宗如此一番彈劾，陳名夏立時便有了反清復明的重大嫌疑。順治皇帝十分重視，命令內三院、九卿、科道、詹事等官在午門外會同對陳名夏逐條審問，從重定罪。陳名夏在受審中據理反駁，刑部右給事中劉余謨、御史陳秉彝在旁為之竭力辯護，雙方爭執不下。
在午門樓上暗中觀察的順治皇帝見此情景大為惱火，立即召見劉余謨、陳秉彝二人，大加訓斥，並立即解職。最終，陳名夏被定罪，以弓弦絞殺於午門內的靈官寺，終年五十四歲。時人因而感慨說：「溧陽千磨百鑠而不死，死之以弓弦。」
陳名夏被殺的引子是順治皇帝喜歡明朝衣冠，被殺的原因是南方大臣黨爭失敗，這不過是表面現象——
當時，南方戰火紛紛，南明李定國正攻打廣東，張名振活動於長江水域，沿海一帶的鄭成功也蠢蠢欲動，幾方打算聯合起來抗清作戰，此即為前面提及的錢謙益所策劃的「楸枰三局」。
在這樣的局勢下，陳名夏看到順治皇帝喜歡明朝衣冠後，隨口說了句「留頭髮，復衣冠，天下即太平」，便立即勾起了順治皇帝深藏於心的警覺，殺機大現。實際上，陳名夏之死是順治皇帝猜疑漢人大臣的一次公然展露。而在漢人大臣中，因南方陷落較晚，尤其是滿清在江南遭到了激烈的抵抗，一手炮製了「揚州十日」「嘉定三屠」等諸多慘劇，深遭江南士民懷恨，因而較之北方大臣，滿清朝廷對南方大臣更不放心。這就是為什麼在清初多次南北黨爭中，北方派屹立不倒、南方派多遭慘敗的根源。
搞垮陳名夏後，馮銓、劉正宗等北方大臣為了進一步剷除異己，紛紛出動，以陳名夏「親戚」「黨羽」的罪名彈劾了四十一名南方籍大臣，進一步火上澆油。一時間，南方大臣感覺大禍臨頭，人心惶惶。順治皇帝為了穩定局勢，不得不親自出面警告馮銓，馮銓這才不敢再興風作浪，這場大風波由此平息。
在此之前，順治皇帝一再向天下人表白自己是以寬治政，還常常嘆息昔日明太祖朱元璋誅戮大臣太為過分，但自陳名夏案發生後，他又得出了為政太寬「亦不可」的結論，並於五月以「任意結黨營私」的罪名，將陳名夏的好友陳之遴 發往盛京。不過順治皇帝愛其才華，不久即復職。
陳名夏之死只是一個序幕，清廷從未對江南真正放心過，隨後又有江南丁酉科場案，牽連了一大批