「剃頭令」在江南激起滾滾洪流後，多爾袞也有所畏懼，急派明降臣洪承疇取代多鐸，形式上是漢人統管江南，力圖以此來撫慰江南。
洪承疇以招撫江南大學士身份抵達南京時，有人將黃道周所作對聯書寫在城外清涼山烏龍潭邊：「史冊流芳，雖未滅奴猶可法；洪恩浩蕩，未能報國反成仇。」聯中鑲嵌了史可法、洪承疇二人的名字，「成仇」即為「承疇」之諧音，可謂巧妙之極。
洪承疇以明重臣身份降清，又指引清軍入關，實對滿清問鼎中原立有不世之功，漢人均斥其無恥變節，就連洪母及親弟洪承畯也面責他不忠。烏龍潭的對聯，不過是千萬羞辱中極微不足道的一條罷了。而這副對聯的作者黃道周，後來也死在了洪承疇手上。
將史可法作為「開清第一功」洪承疇的比照，也表明史可法在世人心中的分量，即使在史氏死去數年後，其聲望依然不減，在民間有巨大的號召力。順治五年（1648年），宣城人朱國材稱史可法未死，以史可法名義號召民眾反清復明，巢縣生員祖謙培、無為州生員沈士簡等十餘人聽說後，均「頭巾藍衫」，前往謁見。
清廷聞知後，亦大為緊張，立即派人逮捕了史可法家眷。有明降將是揚州之戰前鋒，其人佩服史可法忠義，遂主動出面，稱是他親手殺死了史可法，又稱如果朝廷因有人冒充史可法反清而逮捕史氏家眷，反而給了冒名頂替者以口實。清廷覺得有理，這才釋放了史母等人。後朱國材亦起兵失敗，被無情鎮壓。
以血肉之軀奮起反抗的不獨有普通民眾，一些士人亦為反清復明而積極奔走，這其中，最有名的當數復社巨子陳子龍。清軍進佔南京後不久，陳子龍即與好友夏允彝在故鄉起事，並聯合了夏允彝門生江南副總兵、威虜伯吳志葵。義軍進攻蘇州時失敗，吳志葵不聽陳子龍勸阻，將二萬水師移營黃浦江，因水道狹隘，船隊被迫拉長，導致首尾不能相顧，僅支撐兩月，便被清軍擊敗，松江隨即陷落。夏允彝賦絕命詞，投河自盡。陳子龍因家中尚有祖母，於混亂中逃脫。
之後，陳子龍寫下於混亂中逃脫一詩：「行吟坐嘯獨悲秋，海霧江雲引暮愁。不信有天常似醉，最憐無地可埋憂。荒荒葵井多新鬼，寂寂瓜田識故侯。見說五湖供飲馬，滄浪何處著漁舟？」英雄末路的落寞，憂國傷時的悲傷，表現得淋漓盡致。
但陳子龍仍然是江南一帶抵抗力量中最有名的人物，不但清軍出動大批人力追捕他，就連遠在東南的隆武政權、魯王監國亦聞其大名，隆武授陳子龍兵部左侍郎、左都御史，魯王則授陳子龍兵部尚書，節制七省漕務。
陳子龍祖母去世後，他再度冒險返回故鄉，重新投入復興明朝的大業中。彼時清松江提督為吳勝兆，其人為遼東人，與清江寧巡撫 土國寶及總督軍務招撫江南經略使洪承疇均有矛盾。吳勝兆幕僚戴之俊與陳子龍是舊識，受陳子龍激發，暗中策動吳勝兆反正。事情進展得很順利，吳勝兆同意反清復明，在松江發動起義，魯王監國也準備派水師北伐，以策應松江。
清松江同知楊之易是著名東林黨人楊漣之子，本預聞其事，但在事發前兩天，忽然派人到南京向洪承疇告密。洪承疇立殺吳勝兆家眷，吳勝兆得知消息後，也殺死了楊之易等松江官員。然由於洪承疇已做好了應變準備，吳勝兆很快失敗，謀事者均被逮捕處死。
洪承疇知道江南民心不服，「謀乘此盡除三吳知名之士」，大肆牽連，陳子龍更是首當其衝，清江寧將軍巴山、操江都御史陳錦親自帶兵追捕。陳子龍輾轉逃亡，終於於崑山被捕。清兵將他押到巴山、陳錦面前，陳子龍此時還留著長發，陳錦問道：「何不剃髮？」陳子龍道：「吾唯留此發，以見先帝於地下也。」
清兵隨即將陳子龍押送南京。途經松江跨塘橋時，陳子龍乘守者不備，縱身投河，清兵將其撈起時，其人已經自溺身死。清兵遂割下了陳子龍首級，再拋屍河中。次日，陳子龍門生王沄、轎夫吳酉等在毛竹港找到陳氏遺體，具棺安葬於陳氏墳地。
陳子龍曾與名妓柳如是相戀，二人相愛及分手，柳如是又嫁東林黨魁錢謙益之故事，是彼時天下最熱門的話題。當陳子龍舉兵反清時，錢謙益已不顧柳如是阻攔，堅持投降了滿清。時人有詩云：「錢公出處好胸襟，山斗才名天下聞。國破從新朝北闕，官高依舊老東林。」錢泳《履園叢話》評論道：「虞山錢受翁，才名滿天下，而所欠唯一死，遂至罵名千載。」
歷史習慣用道德尺度來丈量，似乎錢謙益必須自盡殉難才是利國利民。死亡只是有過的不再存在，人死其實十分簡單，複雜的是為什麼而死。對錢謙益而言，「死天下事易，成天下事難」，他亦用行動證明了這一點。
順治四年（1647年），義士黃毓祺組織船隻千艘，起兵舟山海上，謀復常州。錢謙益、柳如是冒著生命危險，至海上犒師。適逢颶風大作，戰船大多被摧毀，黃毓祺亦險些溺死，事遂不成。錢謙益有《後秋興》記錄此事道：「閨閣心懸海字旗，每於方尋系歡悲。乍聞南國車攻日，正是西窗對局時。」
不久，黃毓祺被清軍搜獲，死於南京獄中。清廷查知錢謙益與黃毓祺有聯繫，下令逮捕他。正在病中的柳如是「蹶然而起，冒死從行」，跟隨丈夫來到南京。此女自十餘歲成名起，便令天下男子折服，拜倒於其石榴裙下的風流名士不計其數，此時已嫁為人婦，氣度、手腕依然不容小覷。柳如是全力奔走後，耄耋之年的錢謙益從大獄中昂然走了出來，還得以全身而退。
黃毓祺案後，錢謙益在蘇州拙政園居住了一段時間，隨即返回家鄉常熟，表面在黃毓祺絳雲樓以藏書檢校著述，暗中仍與西南和東南海上反清復明勢力聯絡。
順治六年（1649年），錢謙益寫信給門生永曆朝留守桂林大學士瞿式耜，稱中原根本在江南，中興基業之關鍵，是順江而下，奪取江南。江南歷為財賦重區，人才薈萃，若能先行收復江南，根本已固，財賦漸充，則可取得扭轉戰局的先機。為此，錢謙益靜心策划了一個號稱「楸枰三局」的行動計畫——
此計畫的核心，是聯絡西南永曆、東南魯王監國軍隊以及福建鄭成功三方，共同出兵，以主力會師於長江，一舉收復江南。
這本是一個相當高遠的戰略計畫，瞿式耜曾當面向永曆皇帝稱讚錢謙益道：「蓋謙益身在虜中，未嘗須臾不念本朝，規劃形勢，了如指掌，綽有成算。」
結果卻完全令人失望。除了明將定西侯張名振統率的魯王監國軍隊乘海舟三次進入長江，第一次進抵鎮江、瓜洲，第二次進至儀征，第三次直逼南京外，西南及福建的抗清主力均未出動，西南永曆政權兩位實權人物孫可望與李定國忽起內訌，幾釀成大變。而福建鄭成功本是大海盜之子，雖與錢謙益有師生之誼，卻私心極重，只想守住自己的地盤，保存實力。他甚至失約於西寧王李定國，致使李定國孤軍奮戰，被清兵擊敗。
至順治十五年（1658年），羽翼已成的鄭成功終於同意錢謙益的請求，統率水陸軍十七萬，與浙東張煌言會師，大舉北伐。然天公不作美，水師進入長江前，於羊山海域遭遇颶風，損失慘重，鄭成功不得不暫時退回廈門。
次年，鄭成功再次率軍北伐，會師張煌言部後，順利進入長江。一路上清兵不堪一擊，望風瓦解。在內地反清志士的引導和幫助下，鄭成功軍很快攻破瓜洲，並攻克了長江的重要門戶鎮江及其所屬諸縣。
六月二十六日，鄭成功部前鋒已至南京。七月十二日，鄭成功親自率領十餘萬大軍，連營八十三處，將南京團團圍困。一時間，戰艦蔽江，聲勢驚人。
消息傳到北京，順治皇帝嚇得六神無主，打算退位逃回關外，色厲內荏的本性暴露無遺。被母親孝庄太后指著鼻子一番痛罵後，歇斯底里的順治皇帝一怒之下拔劍砍碎御座，下令要御駕親征。孝庄太后急忙派眾大臣諫阻，順治皇帝這才沒有再鬧。
十分可惜的是，鄭成功圍住南京後，自以為破城只在旦夕，沒有積極進取，而是釋戈開宴，縱情娛樂，致使戰機延誤，戰事拖延了一月之久。
而困守南京的清兩江總督 郎廷佐一面假意向鄭成功表示要投降，暗中卻積極備戰。七月二十三日，鄭軍將士上下張樂歌舞，飲酒卸甲，為鄭成功慶祝生日。郎廷佐趁機派軍出擊，大敗鄭軍。鄭軍潰退，鄭成功立腳不穩，倉促退出長江，返回廈門。
至此，南明敗局已定。密切關注時局的錢謙益又憶及當年「楸枰三局」，有詩道：「腐儒未諳楸枰譜，三局深慚厪帝思。」流露出無盡的悵惘和遺憾 。
鄭成功敗出江南後，江南士民再一次受到滿清的荼毒。清廷出動人馬，在揚州、鎮江、蘇州、紹興等地大肆逮捕曾經擁護和支持鄭成功的人，數千人受到了牽連。這就是清初歷史上十分有名的「通海案」。
被逮捕的江南士紳，情節嚴重的被斬首，如清蘇松常鎮提督馬進寶曾多次與鄭成功私通信息，被處死。又如浙江慈溪儒士魏耕在鄭