東林黨魁錢謙益以南明重臣身份舉城投降時，曾告知清軍統帥豫親王多鐸道：「吳地民風柔弱，飛檄可定，毋須再煩兵鋒大舉。」意思是江南民眾不會激烈抵擋清軍。
事實也如錢謙益所言，清軍佔領南京後，派出使者招撫江南各地，南直隸各府縣大多納土投降，各地鄉紳還在城牆上大書「順民」二字，清軍由此順利控制了江南。清廷以為大局已定，下令多鐸等回師北京。偏偏在這個時候，攝政王多爾袞下了一道態度強硬的「剃髮令」，下令所有漢人必須剃髮：「文武軍民一律剃髮如滿族式樣，不從者治以軍法。」
「剃髮令」下達後，處處可見清軍兵勇帶著剃頭匠，挑著擔子巡行在城鎮鄉村，擔子上掛著「留頭不留髮，留髮不留頭」的粉牌，見人便捉，再強行剃髮，留金錢鼠尾辮。
中國以家族宗法為根本，因「身體髮膚，受之父母，不敢毀傷，孝之始也」，「衣冠束髮」是漢人的外在標誌，延續了幾千年。剃髮令一出，觸及了漢人士民的底線，「而中原之民，無不人人思挺螳臂，拒蛙斗」，風起雲湧的抗爭就此而起，原本已經降服的地區紛起反抗，江南大地頓時陷入血雨腥風之中。
清江陰知縣方亨到任後，第一件事便是令書吏書寫告示，令百姓剃髮。書吏寫到「留頭不留髮，留髮不留頭」一句時，義憤填膺，將筆扔到地上，道：「就死也罷！」當場辭官離去。消息很快傳遍全城，人們群情激憤，均不肯剃頭。
方亨大為恐慌，忙派人上報常州府，請求派兵來，「多殺樹威」。信使出城時被民眾截獲，江陰百姓遂自發組織起來，將方亨逮捕，推原任典史閻應元為首，以「大明中興」為旗號，正式反清。
閻應元入城後，盤點了全城戶口人數，挑選年輕力壯的男子組成民兵，分派到四門守城。
清軍很快得到消息，統帥多鐸根本沒有將江陰小城放在眼中，派出三百人馬前去鎮壓，結果三百人被閻應元率領的軍民盡數全殲。
多鐸大為憤怒，再派明降將劉良佐進攻江陰。劉良佐原為江北四鎮之一，曾被弘光皇帝封為廣昌伯，清軍南下時不戰而降。他麾下有數萬軍隊，儘是南明精銳，包圍江陰縣城後，卻是屢攻不利。劉良佐親自到城下勸降，閻應元擲地有聲地道：「有降將軍，無降典史！」
多鐸見劉良佐久攻江陰不下，又派恭順王孔有德「率所部兵協攻」，接著又派貝勒博洛和貝勒尼堪帶領滿洲兵攜帶紅衣大炮助攻。閻應元率領軍民在極度不利的狀況下扼守危城，堅持了八十天後，終被清軍紅衣大炮轟塌城東北角，城牆崩塌，城池由此而破。閻應元負傷後投湖自殺，被清軍及時從水中拖出，因不肯投降遇害。
清軍出於報複目的，大肆屠城，兩日後才「出榜安民」，此時，江陰城中百姓僅剩「大小五十三人」，將近七萬軍民死於清軍的血腥屠殺中。然在江南各地望風披靡之時，閻應元以微末小吏的身份，憑藉江陰百姓的支持，臨危不懼，力戰強敵近三月之久，實在是南明史上光彩奪目的一頁。時人有對聯讚揚江陰百姓的英勇犧牲精神：「八十日戴發效忠，表太祖十七朝人物；六萬人同心死義，存大明三百里江山。」
在江陰百姓抗清同時，嘉定也因抗拒剃髮而起兵。當地鄉紳侯峒曾帶領兒子侯玄演、侯玄潔，聯合進士黃淳耀及其弟黃淵耀號召民眾反清復明，於城上樹立白旗，寫著「嘉定恢剿義師」。
清吳淞總兵李成棟聞訊率五千精兵來攻。李成棟原是明將高傑部將，後投降清軍，其人驍勇善戰，部屬也多為精銳。而侯峒曾等人率領的只是臨時組織起來的農民，人數雖眾，卻沒有作戰經驗，稍一交鋒，便被擊潰。李成棟又以紅衣大炮轟城，很快就攻破嘉定，侯峒曾等人盡數遇害。
李成棟因親弟死於攻城之中，野蠻報復，下令屠城。清軍「家至戶到，小街僻巷，無不窮搜，亂草叢棘，必用長槍亂攪」，連一草一木也不放過。親歷者朱子素有《嘉定屠城略》記錄其事：「市民之中，懸樑者，投井者，投河者，血面者，斷肢者，被砍未死手足猶動者，骨肉狼藉。」
大屠殺持續了整整一天，有三萬多人遇害。之後，這支拖著大辮子的漢人軍隊，帶著搶掠的約三百船財物，志得意滿地離開了嘉定。
嘉定的劫難還沒有結束。李成棟撤退後，倖存者開始陸續回到城中。諸人見到如此慘狀，愈加仇恨清廷，遂在一名名叫朱瑛的義士領導下，重新集結了兩千多人，殺死了清廷委派的官吏。新縣令浦嶂僥倖逃脫後，奔去向李成棟求助，又引清兵殺回嘉定，見人就殺，再放火焚屍，嘉定又慘遭「二屠」。
二十天後，南明將軍吳之番率部攻入嘉定，擊潰了城中的清兵。不久，李成棟整軍反撲，第三次破城，不僅將吳之番及其部屬砍殺殆盡，還順帶屠殺了剛入嘉定避亂的兩萬民眾。嘉定再度血流成河，是為歷史上著名的「嘉定三屠」。
儘管江陰、嘉定等地的抗清均以慘敗而告終，但這一系列的自發抗清運動多少牽制了清軍的進軍，從而給南明其他抵抗力量的組建贏得了時間，儘管這也不一定是明朝的轉機，但至少人們懷抱了期望。