明朝滅亡後，明宗室在南方陸續建立了一些政權，包括弘光政權、隆武政權、魯王監國、紹武政權及永曆政權，五個政權加起來前後共歷十八年（1644—1662年），通稱為南明。
其中弘光、隆武和魯王三個政權均只維持了一年，紹武政權僅存四十一天。而永曆政權之所以存在了十六年，蓋因龍拏虎攫，總在黃河、長江兩流域，而西南之地向來和大局關係較淺 。限於篇幅，本節重點講述弘光政權，其他將會相關之處一帶而過。
甲申之變後，崇禎皇帝自盡，大明王朝覆滅，滿清輕而易舉入主北京，但淮河以南絕大部分地區仍然由明朝勢力控制。明朝為兩京制度，南京作為陪都，與北京一樣，設有一套政府機構，有獨立的六部和五軍都督機構，只不過諸司印信全都移至北京，沒有實權。
1644年初，當李自成率大順軍進逼北京時，在南京吏部任職的復社巨子陳子龍已預料到京師難保，說服江南巡撫鄭瑄秘密上書，建議崇禎皇帝送太子朱慈烺到南京，做好監國準備。同時，南京畿道御史祁彪佳 亦開始招募水軍，以拱衛江南。
有遠見的不獨陳子龍，翰林學士李明睿甚至當面向崇禎皇帝提出：朝廷正值「危急存亡之秋」，唯一明智的選擇，就是放棄危在旦夕的北京，遷都南京。崇禎皇帝臉色立變，遲疑了一會兒，才應道：「此事重，未可易言。」
李明睿便以南宋遷都臨安為例，講了一通道理。崇禎皇帝似乎有些動心，但因有其他大臣在場，又不便明言，遂令李明睿等人退出。
當晚，崇禎皇帝單獨召李明睿進宮，問及南遷的細節。李明睿稱當務之急是要招募一支護送皇帝南下的新軍，但朝廷拿不出這筆開支，除非皇帝動用自己的小金庫。李明睿大著膽子道：「內帑不可不發，萬一行至中途，賞賜不足，出處甚難。」
崇禎一聽說要自己掏腰包，便很不高興，於是這次秘密召見不歡而散。
然而當李自成的大順軍兵臨居庸關時，十五歲的太子朱慈烺都意識到北京保不住了，遷都之議再起，不過這次是明面上的，而且與李明睿之提議大有分別——
朝中以左都御史李邦華為首的大臣主張送太子朱慈烺南下，於南京監國，而崇禎皇帝該當留守北京，肩負守衛社稷之責。這其實是要求崇禎自我犧牲。崇禎迫於形勢，只得裝腔作勢地道：「國君死社稷，恆理也。」話一出口，又忍不住道，「言遷者，欲使朕抱頭鼠竄耶？」滿腔怨恨之意，溢之言表。
兵科給事中光時亨見皇帝不高興，立即挺身而出，抨擊主張南遷的李邦華和李明睿，言辭極為激烈。眾大臣揣摩聖意，亦掉轉風向，紛紛附和。
然而崇禎皇帝愈加憤怒，因為他的本意是想自己南下，令太子留守北京，不想這幫愚蠢的大臣會錯了意。於是，崇禎一面說「光時亨阻朕南行」，一面又指責李明睿結黨欺君，稱：「諸臣平日所言若何？今國家至此，無一忠臣義士為朝廷分憂，而謀乃若此！夫國君死社稷，乃古今之正，朕志已定，毋復多言。」
皇帝越說越氣，當場下令將李明睿處死。還是光時亨出面求情，崇禎才就此作罷，但「南遷之議寢矣」。
到了三月，時局愈加不利，崇禎不得不打出最後一張王牌——召吳三桂入關勤王。大臣們遂再次聯名上書，請送太子朱慈烺至南京，督率江南軍事。崇禎還來不及回答，光時亨便大聲質問道：「奉太子往南，諸臣意欲何為？將欲為唐肅宗靈武故事乎 ？」
言外之意，是暗示請送太子朱慈烺南遷的大臣在密謀擁立太子，逼迫崇禎退位。眾大臣惶然失色，「遂不敢言」，再無人敢提南遷之事。
崇禎既不同意遷都，也不遣太子及重臣去南京，這一決議對後來的局勢產生了深遠影響——滿清入主北京時，完整接管了大明中央政府，將一大批精英官吏收於麾下。後來滿清能迅速統一中國，站穩腳跟，也是得益於這批漢人官吏。
大順軍進逼京畿時，南北交通中斷，明廷消息亦無法發出。1644年四月初一，南京兵部尚書史可法發布「號召天下臣民起義勤王捐貲急事」檄，預備率兵渡江，北上勤王。不出幾日，便得到了崇禎皇帝已於三月十九日在煤山自盡的消息。當時人們還不敢相信，只以為是流言。直到四月十七日，大學士魏炤自北京逃出，證實了這一消息的真實性。
震驚之後，南京大臣亦很快意識到，要延續明朝命運，需立即立一位新皇帝。而李自成佔領北京後，崇禎皇帝的三個兒子，包括太子朱慈烺在內，均落入大順軍之手。李自成敗出北京後，三位皇子均下落不明，極可能已為大順軍加害，大臣們遂將目光投向明宗室子弟。當時有不少明朝宗室為避戰亂而來到南京，如萬曆皇帝朱翊鈞之孫福王朱由崧、隆慶皇帝之孫潞王朱常淓等。於是，各方各派出於各自利益，再次上演明朝末年黨爭的一幕。
東林黨人兵部侍郎呂大器、禮部侍郎錢謙益和翰林院詹事姜曰廣支持立潞王朱常淓，認為其人賢明謹慎。鳳陽總督馬士英則擁立福王朱由崧。福王名聲很差，號稱「無知」「貪婪」「酗酒」「兇殘」「專橫」「好色」「不孝」，但與崇禎血緣最近。立賢派與立親派產生了激烈衝突，南京大臣大都捲入其中。然馬士英棋高一著，拉攏了握有兵權的高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清諸將領。南京廷臣集議時，「吏科給事中李沾探馬士英指，面折呂大器。馬士英亦自廬、鳳擁兵迎福王至江上。諸大臣乃不敢言」。福王之立，基本上就是一次軍事政變。
令人意外的是，本可左右大局的南京兵部尚書史可法始終置身事外。史可法是東林黨人左光斗弟子，本該支持錢謙益等人立潞王朱常淓，但他出於大局考慮，擔心舍親立疏會引起更大的風波，於是在這場賢親角逐中保持了沉默，最終默認了福王之立。
明崇禎十七年，清順治元年，公元1644年五月初三，馬士英等擁立明福王朱由崧監國於南京。自明成祖朱棣遷都北京後，南京宮殿雖然有皇族及大臣駐守，卻日漸趨冷。至崇禎年間，因歷代水患、風宅及大火，南京皇宮已相當破敗，三大殿蕩然無存，群臣勉強修繕了武英殿，迎朱由崧入住。五月十五日，朱由崧在在武英殿即位，年號「弘光」，是為弘光皇帝。
這位弘光皇帝果然不負其聲名，一登基便急不可待地沉溺於酒色，「帝深居禁中，唯漁幼女，飲大酒，雜伶官演戲為樂」，亦由此被人稱為「暗弱」的典型。
除了在蘇州、杭州、嘉興、紹興等地區大肆選美之外，弘光還派人四處捕捉癩蛤蟆，以剝取蟾酥製作春藥。內監們公然打出「奉旨捕蟾」的旗號，民間因而稱弘光為「蝦蟆天子」 。
弘光政權從一開始便是黨派鬥爭的產物，馬士英因擁戴有功，開始把持朝政，扶植親信阮大鋮。阮大鋮與東林、復社積有極深的宿怨 ，一上台大肆剷除異己，名士如侯方域、冒襄都曾遭其逮捕迫害，就連兵部尚書史可法亦被排擠出朝。時人有歌謠唱道：「長官多如羊，小吏賤似狗……可嘆江南錢，盡入馬家手。」
東林、復社人士為求自保，轉而求助於大將左良玉，左良玉世鎮武昌，擁有數十萬重兵。馬士英、阮大鋮則援引江北四鎮兵力作後盾。雙方針鋒相對，各自興風作浪，為爭奪權勢而出盡全力。弘光朝廷的內部紛爭，令這一小朝廷始終處於動蕩之中，根本無暇北顧。而滿清豫親王多鐸卻是馬不停蹄，攻破西安、擊敗勁敵李自成後，又立即分軍南下。
就在滿清大軍南下、形勢危急之際，鎮守武昌的左良玉竟發兵南下，聲稱要「清君側」「除馬阮」。主持朝政的馬士英不但不予以安撫，以共對強敵，反而公然提出：「寧可君臣皆死於大清，不可死於左良玉之手。」有人抗言道：「淮揚最急，應亟防禦。」馬士英怒道：「有議守淮者斬。」
朝議之後，由弘光皇帝下詔，令督師在外的史可法盡撤江防之兵，以拱衛南京、對抗左良玉。
這一內訌的最終結果是：左良玉於途中病死，其部為黃得功等人擊潰，殘部後投降清軍。史可法得知消息後，又率軍回師揚州。此時，滿清多鐸大軍已進至距離揚州二十里處下營，次日兵臨城下。史可法孤軍抵抗數日後，以身殉國。
揚州是清軍南下時遭遇頑強抵抗的第一座城池，為殺一儆百，滿清進行了瘋狂大報復，燒殺搶掠持續十天，「城中積屍如亂麻」，揚州軍民除少數破城前僥倖逃出者以外，餘人幾乎全部慘遭屠殺，是為歷史上著名的「揚州十日」。
史可法親信幕僚王秀楚為極少數倖存者之一，他根據親身經歷著有《揚州十日》記錄其事：「自四月二十五日起，至五月五日止，共十日，其間皆身所親歷，目所親睹，故漫記之如此，遠處風聞者不載也……諸婦女長索系頸，累累如貫珠，一步一跌，遍身泥土；滿地皆嬰兒，或襯馬蹄，或借人足，肝腦塗地，泣聲盈野。」
清兵殺人如麻，流血有聲，揚州頓成人間地獄。比地獄更難忘的場面，是百姓不知反抗、引