宋永祺案事關重大，直接牽連到李秀成，當然瞞不了天王洪秀全。如果真要依法辦事，宋永祺免不了要滿門抄斬，就算李秀成也脫不了干係，輕者囚禁審問，重者斬首示眾。可是從洪秀全到滿朝文武，都知道李秀成對天京防守意味著什麼，哪裡敢動他分毫。
李秀成牽連宋案的事沒人提了，就好像從沒發生過一樣，對宋永祺的處分也從滿門抄斬降為對其個人予以正法。李秀成為了救出宋永祺，暗地拿銀兩對莫仕暌進行賄賂。莫仕暌遂利用自己的職權免除宋永祺死刑，予以從輕發落。
當年李秀成被天王猜忌，身為監軍的莫仕暌曾主動站出來為他仗義執言，也算是天國政權中難得的直臣，如今卻也隨波逐流，做起了收受賄賂、徇私枉法的事，天國政治之腐敗與不可救藥於此可見一斑。
莫仕暌徇私的前提，是其實已得到了天王洪秀全的默許，所謂「奏旨輕辦」。這個時候的洪秀全既不敢也無心處分李秀成及其親屬，自從傳旨「食甜露」之後，他就一直卧病在床，其間病情曾有所好轉，但很快又加重了。
洪秀全致病的原因不詳，李秀成認為他是吃了有毒的「甜露」也就是野草，且不肯讓醫生開藥方之故，這反映出洪秀全對待眼下困境的態度：好就好，不好就拉倒，反正都已無能為力。
洪秀全在創立拜上帝會後，天國高層有三個人掌握著「通靈」的能力，除洪秀全本人自許為上帝耶和華的兒子、耶穌的弟弟外，楊秀清、蕭朝貴分別負責傳達天父和天兄的信息。
在天國最初的那些時光里，每逢危難或重要時刻，天父、天兄都會下凡給他的信徒們帶來鼓勵，信徒們也個個精神飽滿、鬥志昂揚，即便遇到重重困難甚至犧牲也百折不撓。
永安突圍是太平天國戰史上的關鍵性戰役，當時太平軍後勤不繼，士氣不高。為了鼓舞士氣，蕭朝貴假裝神靈附身，手執寶劍，跳到桌子上與「妖魔」大戰，沒想到跳著跳著，一不小心從椅子上摔下，跌傷了頸椎，乃至接連幾個月都無法起身。躺在病床上，他仍不忘激勵眾人，說：「越受苦，越威風。」
可惜的是，後來天父天兄的信息以及神靈附身卻被越來越多地用在了爭權奪利上。天京事變前，楊秀清之所以被誅，秦日綱、陳承鎔起到了重要作用。秦、陳原先都是楊秀清的親信，但因為抗議楊辦事不公，楊秀清便借天父下凡進行報復，以天父的口吻指責他們企圖叛變：「秦日綱幫妖，陳承鎔幫妖，放火燒朕城了矣！未有救矣！」
如此嚴重的罪名，砍秦日綱、陳承鎔的頭都是輕的，秦、陳二人走投無路，只得依附於洪秀全和韋昌輝，從而釀成天京血案，楊秀清自己反倒人頭落地。
「放火燒朕城了矣！未有救矣！」天父這一聲憤怒而又絕望的嘶喊，彷彿又回蕩在了天王府的上空，只不過即將毀於一旦的，不再是天父的城池，而恰恰就是人間的這座天國之城。
1864年5月30日，洪秀全下發詔令，稱：「朕即上天堂，向天父天兄領到天兵，保固天京。」事後，這一詔令被解讀為他在借宗教安撫人心的同時，已下定了自殺的決心。
距詔令下達僅隔兩天，洪秀全忽然很感慨地問了左右一個問題：「自古以來，有肯做敵人俘虜的帝王嗎？」這個問題其實他並不需要別人回答，因為他自己已經準備好了答案——當天，洪秀全即一命嗚呼。
關於洪秀全的死因，流傳著兩種說法，一為自殺說，依據來自於天王府一位參與掩埋洪秀全屍骸的黃姓宮女，另外李秀成在供狀中也隱隱約約地透露了這一信息。一為病故說，干王洪仁玕說洪秀全之死是一次「拖了二十多天的病」，洪秀全長子幼天王洪天貴福則說父親是「被病拖垮了」。
洪仁玕、洪天貴福均非親眼看到，所說得自於傳聞。事實上，即便他們親眼看到了洪秀全是自殺，也會諱言為病故（李秀成也是在後來的供狀中才加以說明），因為在此危急關頭，如果有天王因絕望而自殺的消息傳出，無疑將對太平軍堅守天京的意志造成毀滅性打擊。
天王死後的葬事處理似乎也說明了這一點。李秀成等諸王秘不發喪，只派那名黃姓宮女用黃綢屍布將洪秀全的屍骸裹起，安葬於御林苑東邊的一座山上。
6月6日，在城內一片喧嚷，傳言官軍即將入城的情況下，眾人才扶幼天王洪天貴福登基。新天王年僅十六歲，毫無治國或從政經驗，遂決定由干王洪仁玕掌管朝政，封李秀成為大元帥，執掌兵權。用洪天貴福的話來說：「朝事都是干王掌管，兵權都是忠王掌管，所下詔旨，都是他們做現成了叫我寫的。」
由於洪仁玕尚在湖州，所以軍政大權基本都掌握於李秀成一人之手，然而不管城內的軍政事務究竟由誰主持，都已經無法動搖大局。