在多次解圍未果的情況下，天王洪秀全以不容置辯的態度，急切要求李秀成自領大軍來援，甚至派大員至蘇州坐催。
李秀成分析形勢，認為曾軍營壘很堅固，短期內要想予以攻陷非常困難，同時湘軍又主要通過長江運糧餉，太平軍無戰船之利，要從下游截糧道也不容易。他為此提出不如先取寧國、太平，從上游截斷湘軍的糧道。可是洪秀全卻以這一方案需時過長，而天京缺糧，刻不容緩為由，仍促其直接來援。
李秀成思前想後，決定統籌兼顧，把幾個方案和天王的要求放在一起進行處理。1862年8月6日，他召集楊輔清、黃文金等人在蘇州開會，會上確定將全軍分成三路，其中兩路在皖南，一攻寧國，一攻金柱關，其目的在於牽制曾國荃的援軍，並相機奪取長江要隘金柱關，從而威脅乃至切斷湘軍糧道，同時割斷曾國荃軍與大本營安慶之間的聯繫。李秀成自領主力部隊為第三路，負責圍攻曾軍，直接為天京解圍。
會議結束後，太平軍各部便為即將開始的大戰做準備。在此期間，江南突然暴發特大疫情，令他們的對手遭受到了比單純作戰更為沉重的打擊。
這次疫情並非沒有預兆。所謂「大兵之後，必有大疫」，長期而殘酷的戰爭令江南各地已經遍布死屍，江湖溪流甚至井水都受到嚴重污染，疫病於是便毫不留情地對人類發動了襲擊。
在疫病的大面積攻襲之下，湘軍各部無一能夠倖免。在皖南，霆軍染病者達萬人，每天都要死數十人，張運蘭等軍的百分之六七十官兵都病倒了。在浙江，楚軍病者過半。在天京，曾軍染病者亦逾萬人。
曾軍軍營內一片愁雲慘霧。湘軍部卒之間大部分是親戚關係，常見的情形是：哥哥剛剛病倒，弟弟就又染疾；有人早上還笑著和人打招呼，晚上就咽了氣；一人暴斃，數人送葬，結果在回來的路上，送葬者竟也有一半人倒斃；因為不斷有人病倒病死，十個營帳裡面每天都有至少五個不能正常開飯。
湘軍在整個江南的軍事都陷入了停滯。與此同時，曾國藩希望派去天京助陣的大將仍然沒有一個能夠成行，鮑超、張運蘭、楊岳斌等皆卧病不起，多隆阿繼續滯留於陝西，李續宜因母親去世已丁憂回籍，原部暫歸曾國藩節制。唯一能夠讓人稍感寬慰的，倒是曾國荃本人尚未病倒。
許多天過去了，疫情仍未有消散跡象，湘軍官兵互相傳染，「死者山積」，而藥物已盡，水師不得不將船開到皖鄂諸省去買葯。曾國藩憂懼不已，偏偏朝廷還在不斷催其進兵，內外壓力之大，幾乎將其擊垮。無奈之下，他逐漸萌生退意，遂上奏告以實情，坦承自己才能不濟，無力挽救厄運，請求朝廷另派得力大臣馳赴江南，會辦軍務。
朝臣中慣於指指點點，評你議他的人不少，但懂軍事，能打仗者卻是鳳毛麟角，更何況湘軍豈是局外人能指揮得動的？一見曾國藩有卸責之意，朝廷的態度馬上軟了下來。那拉氏、奕訢等以同治皇帝的名義下諭曾國藩，表示對他和湘軍完全信任，以後戰守均由其自主，不會再進行催促。
清廷的用人手段和技巧遠在太平天國領袖之上，這封入情入理的諭旨與天王洪秀全的那些氣急敗壞的詔書一比，可謂高下立判。曾國藩收到後大感寬慰，「讀之感激涕零」。
朝廷與曾國藩雖達成了諒解，但並不能使湘軍馬上擺脫尷尬被動的局面。得知湘軍營中疫病大作，有機可乘，李秀成加快了部隊集結速度。一俟集結完畢，他便立即下令按蘇州會議的決議案展開行動。
在蘇州會議上，李秀成曾呼籲諸王團結對敵：「如欲奮一戰而勝萬戰，先須聯眾心而作一心。」幾名具備作戰能力的王侯也都以實際行動做出了回應，輔王楊輔清一路進逼寧國，鮑超只得抱病迎戰，結果一路連敗。與此同時，護王陳坤書一路水陸並進，對金柱關、蕪湖一帶展開反攻。
這兩路都是為了策應天京城下對曾國荃軍的攻擊。1862年10月13日，李秀成自領的第三路從蘇州出發，他親率十三王計十萬人馬，號稱六十萬大軍，經溧水、秣陵關，直達天京城下。太平軍與湘軍的最後一次大會戰由此揭開帷幕，加上在外圍的楊輔清等部，太平軍投入會戰的實際兵力達到了三十萬人以上。