曾國藩雖不敢直接交結肅順，但他和湘軍集團通過肅順門客的牽線，仍與肅順有著不少間接或直接的交往，比如說左宗棠「昭雪案」、曾國藩推薦高心夔為肅順幕僚等，這些在後來的一些私人記載中都可以獲得蛛絲馬跡。
不過在辛酉政變後，朝廷為穩定政局、爭取人心起見，對與肅順有關係的一般黨羽都未予追究，高心夔、王闓運等肅府門客均得以全身而退，未受牽連或審問。與此同時，有關他們在肅順和湘軍之間牽線搭橋的詳細資料也都遭到了銷毀，以至於當年肅順與湘軍具體的交往細節，後人已無法完全弄清楚了。
換句話說，那拉氏、奕訢等人不是不能深究湘軍集團與肅順的關係，他們是不願意深究。
以往朝中專與湘軍作對的人也有不少，祁寯藻、彭蘊章就是其中比較突出的兩位。這兩位京師大佬一向都是自己不做事，專跟在別人後面挑毛病，並以此來獲取皇帝的歡心，他們在咸豐朝時曾不斷攻擊曾國藩和湘軍。
政變後，祁寯藻做了同治的老師，彭蘊章則還擔任著左都御史。彭蘊章故技重施，又想靠過去的老一套在新主子面前討巧。他寫了一個時事條陳，準備讓軍機處代奏，條陳的大意是說湘軍遍天下，曾國藩權太重，恐有尾大不掉之患，建議撤除湘軍和削去曾國藩的權力。不料軍機大臣們不但不肯為他代奏，還譏笑老頭子已經糊塗到看不清基本的政治形勢，連投機都不知道該怎麼投了。
御史就是靠上條陳吃飯的，至此彭蘊章不再能夠獲得重用，他自己也很無趣，未幾即以生病為由辭官回家了。彭蘊章為三朝元老，有名的政治不倒翁，他這一失手，讓百官都意識到，曾國藩和湘軍在朝廷心目中的地位已今非昔比，不是誰都能扳得倒的了。
辛酉政變畢竟只是權力之爭，對立兩派在許多政見上其實並無根本不同，他們都必須根據實際需要來做出自己的政治判斷。就在辛酉政變告一段落的時候，南方的太平軍和北方的捻軍仍方興未艾，朝廷曾經親信的武裝力量卻已所剩無幾：八旗綠營基本被太平軍摧毀，僧格林沁軍雖尚有一定戰鬥力，但他們也在上一年的對外戰爭中遭到沉重打擊，尚在恢複過程中。
在各軍紛紛潰滅的情況下，湘軍可謂一枝獨秀，僅僅通過上傳的捷報就可以看到，這支軍隊越戰越強，兵力越來越多，控制地區越來越廣，聲望也越來越高。處在這樣一個內外交困，嫡系軍事力量嚴重削弱的環境下，無論從哪一方面考慮，那拉氏都不能不繼續重用曾國藩和湘軍。軍機大臣們對此豈能不了解，如果他們真的代彭蘊章上那種不合時宜的條陳，不是自己找罵嗎？
那拉氏執政後一個月，即命曾國藩在兩江總督轄區外，再節制浙江。同治元年元旦，朝廷頒布了幾道賞賜殊榮的詔旨，被賞賜的漢員僅曾國藩一人，且旨中有「你是朕的心腹，請輔佐朕來完成大治」等語。十二天後，再發詔旨，稱：「每次該大臣（指曾國藩）的奏報送到，朕都會認真披閱，朕對他的一切規劃都感到滿意，總是言聽計從。」
詔旨中的皇帝不過是個名義，背後當然是那拉氏在主事。她在詔旨中說的話也絕非虛飾之辭，事實上，在這段時期內，她不僅在用兵方略上唯曾言是聽，就連任命大員，也會聽從曾的意見。
朝廷的破格重用與信賴，令一度憂心忡忡的湘軍集團歡欣鼓舞，但一貫冷靜而又明智的曾國藩並沒有因此而志得意滿、驕橫跋扈，相反表現得更為謙讓和謹慎。那拉氏讓他節制浙江，他再三辭謝不受，朝廷要他推薦巡撫人選，他更是力陳不可，說：「封疆將帥，乃朝廷舉措之大權，豈敢幹預。」
曾國藩的低調姿態，讓經歷政變之後的那拉氏對他極抱好感，專門傳旨要他「不要存有避嫌的想法，如果知道有誰能當重任，不妨用密折呈進，以備朝廷選擇和錄用」。
有了朝廷的這種認可和鼓勵，曾國藩才一面懇辭節制四省之任，一面推薦左宗棠督辦浙江軍務。