肅順護送咸豐靈柩剛到密雲，就被連夜抓捕，也一同押送至宗人府。三人面面相覷，肅順瞪圓眼睛怒罵載垣、端華：「如果你們早點聽我的，何至有今日！」肅順此言事出有因，原來他早已定下除去那拉氏之計，可惜沒有被載垣、端華採納。
載垣、端華垂頭喪氣，他們先是異口同聲：「事已至此，還有什麼可說的呢。」接著載垣也責怪起了端華：「要不是因為聽信了你的話，我怎麼會蒙受現在這樣的罪名？」
其實在這場宮斗大戲中，哥兒仨誰也不見得比誰高明到哪裡去。肅順要除那拉氏，不過是二人積怨最深罷了，並沒有高屋建瓴地謀劃全局的意識。要知道他們八大臣得罪的可不光是那拉氏，還有鈕祜祿氏呢！問題的關鍵不在這裡，問題的關鍵是他們太過於輕視對手，倘若他們能夠看到恭親王的作用和能量，提前與之結納或交好，結局或許完全不同。
1861年11月8日，載垣、端華被賜令自盡，肅順處斬，杜翰、焦祐瀛等五人發往軍台效力。之後政變者又順藤摸瓜，處理了一批與肅順關係密切的所謂「肅黨」。
因為這一年是辛酉年，所以史書將此次宮廷政變稱為「辛酉政變」，政變成功掃清了垂簾聽政道路上的一切障礙。11月11日，載淳在北京即位登基。之前他實際上已經稱皇帝了，載垣等人還擬了年號，叫作「祺祥」，如今載垣等成了罪人，自然他們擬的年號也就不能用了，遂被改為「同治」。
不久，在同治皇帝的名義下，兩宮太后正式實行垂簾聽政。原先鈕祜祿氏稱母后皇太后，那拉氏稱聖母皇太后，那拉氏不喜歡這種稱號，就與鈕祜祿氏商議，分別改為慈安皇太后、慈禧皇太后，自此詔書上便以慈安、慈禧並稱。因為慈安的居所在東，慈禧的居所在西，俗稱東太后、西太后。
兩宮太后各有長處。西太后「優於才」，無論是批閱奏章、裁決政務，還是召見臣下談話，都能抓住要點，切中肯綮。東太后見到大臣就好像不太會說話了，聲音低沉而又含混，每次收到奏疏，也都需要西太后給她講授誦讀，看起來她直接理政的能力確實不是很強。不過這只是一方面，另一方面是東太后「優於德」，善於抓大放小，她有時可能一個月都不會決斷一件事，但一旦涉及大誅賞、大舉措之類的軍國大事以及重要的用人方案，一定會及時果斷地予以拍板，而且處理結果往往令人心服口服。當時外界對其評價很高，乃至「東宮偶行一事，天下莫不額手稱頌」。
恭親王奕訢在辛酉政變中厥功至偉，兩宮太后論功行賞，封其為議政王，掌管軍機處及總理衙門。奕訢、文祥與肅順一樣都是能幹實事的人，不過他們作為洋務派，更側重於師夷長技，相比之下，肅順雖然主張重用曾國藩和湘軍，但在洋務方面仍偏於保守，這是他不及奕訢、文祥的地方。
同治初年，兩宮太后的相互牽制、優勢互補，奕訢、文祥的與時俱進、勵精圖治，使得中央政府內部不僅迅速趨於穩定，而且還形成了一股積極有效的向上勢頭，這也是所謂「同治中興」現象能夠出現的一個重要原因。
肅順掌權時，對湘軍格外看顧，他一倒台，會不會牽連到曾國藩及其湘軍呢？得知京城發生政變，一批與肅順交好的大吏已被劃入「肅黨」，得到了革職永不敘用的處分，曾國藩在日記中用了「悚畏」兩個字來概括自己的心情，說明他本人對此不無擔憂和恐懼。
不過事實證明曾國藩是多慮了。肅順被處決後，為了清查「肅黨」，那拉氏下令查抄肅府，從中搜出一箱書信，不過裡面並沒有找到關於曾國藩的一個字。這表示曾國藩不但不是肅順的黨羽，並且還有意與之疏遠。
不得不說，曾國藩與肅順這類人的最大區別，就在於學而且有術。他熟讀史書，深知朝廷對臣下結黨有多麼忌諱，所以在朝為官多年，遇到這種事都是繞著走。以前穆彰阿曾是跟肅順地位相仿的權臣，以穆彰阿為中心有一個「穆黨」，曾國藩是穆彰阿的門生，如果他願意，完全可以順理成章地加入「穆黨」，結果他沒有，也因而避免了一場是非。後來曾國藩做了疆臣，而疆臣若與在朝權臣相互呼應，則更是皇家大忌，所以無論肅順對曾國藩表示出多少好感，他都是敬而遠之，盡量不與其發生私底下的直接聯繫。
聯想到肅順得勢走紅時，許多官員主動向其示好或靠攏，那拉氏感嘆之餘，將曾國藩褒獎為「第一正人」。