變化是從太平軍一方首先開始的。讓太平軍改變的不是某個將帥的主觀意志，而是戰場上的嚴峻形勢，換句話說，一旦他們意識到與敵人勢均力敵，無法進行碾壓，就會思考戰爭手段的改進。
裝備洋槍洋炮最具立竿見影的效果，同時對於長期在東南沿海活動的太平軍而言，武器也並不難獲得。雖然西方國家限制武器出口，但商人重利，上海、香港等地都有許多與太平軍做軍火交易的軍火商和走私者，有時甚至部分駐華英軍因經費不足，也會偷偷將部隊的軍火與裝備賣給太平軍。
1859年底，胡林翼向朝廷奏報，太平軍楊輔清等部「施放洋槍，子落如雨」。這是太平軍在戰場上使用洋槍的最早記載，說明太平軍已經放棄原有的落後觀念，開始逐步裝備洋槍，而當曾國藩指揮所部進攻徽州時，駐守徽州的太平軍大部分使用的都是新式洋槍。
對付拿著刀箭長矛和鳥槍、抬槍的湘軍，新式洋槍優勢盡顯，湘軍兩攻徽州均以慘敗告終，湘軍士氣受到沉重打擊，太平軍則氣勢大長。
看到短時間內攻克徽州、景德鎮無望，糧路不知何時才能打通，大家全都慌了。曾國藩的幕友們多為文人，更是議論紛紛，對曾國藩進言說祁門處於萬山叢中，一旦被太平軍攻入，實為絕地，不如退至東流。
東流瀕臨長江，可兼顧南北兩岸，換句話說皖南這裡頂不住，還可以逃到皖北去。曾國藩卻拒絕撤往東流或移營別處：「我初次進兵，倘若遇險即退，以後的事還能寄予希望嗎？我可以斷定，只要我離開祁門一步，就可能死無葬身之地！」
他發誓要與祁門共存亡。眾人說「滌帥（曾國藩）」你任重道遠，決不應該殉身於祁門。曾國藩聽了笑道：「何根雲（何桂清字根雲）去常州時，大約左右亦如此說。」
太平軍進軍蘇常時，與前兩江總督何桂清交好的浙江巡撫王有齡曾去信給他，讓他不要離開所駐節的常州，因為何桂清身為守土有責的封疆大吏，「一舉足則人心瓦解」。可是何桂清貪生怕死，仍然選擇棄城而逃，事後不僅弄到身敗名裂，也終究未能保住自家性命。
曾國藩話里的弦外之音是：你們非要勸我撤出祁門，莫非是要我走何桂清的老路？
此言一出，眾皆默然，無言以對。
這時有人倒羨慕起了李鴻章，瞧瞧人家，走的都是時候！幕友程尚齋有氣無力地對曾國藩的老友歐陽兆熊說：「死在一堆如何？」幕友們一聽都心領神會，大家暗暗地將行李置於舟中，準備一旦情況危急，就趕緊坐船逃命。
曾國藩對這一切都看在眼裡，但他依舊神色不變，每天除了處理公務外，還下下棋，寫寫字，堅定從容的樣子簡直讓部下幕僚們不敢相信。
其實那個時候的曾國藩比誰都更灰心，比誰都更絕望。在聽聞徽州兵敗的當天晚上，他「浩然長嘆，不知天意如何」，第二天白天一件事都幹不了，晚上還噩夢連連。
在曾國藩的軍事生涯中，有三次經歷最讓他喪魂落魄，除了湘軍剛剛出山時的靖港之戰、水師潰敗的鄱陽湖之戰外，就數這次的祁門之戰了，而祁門之戰給曾國藩造成的打擊，又超過了前面兩次。在給曾國潢、曾國荃的信中，他忍不住失聲驚呼「萬難支持」「旦夕不測」。
在一種絕望心情的支配下，曾國藩給家裡寄去了兩千餘字的遺囑，遺囑中自怨自艾：「行軍本非余所長，兵貴奇而余太平，兵貴詐而余太直，豈能辦此滔天之賊？」他覺得從軍之路太過艱辛凄慘，因此還囑咐兒子們一心讀書，以後不可從軍，也不要做官。
另一方面，曾國藩非常清楚自己的職責和使命，他是一方統帥，在敵軍進逼之際，哪怕內心再灰心再絕望，在部下和士卒面前，也必須表現出堅忍和鎮定，也必須「打脫牙齒和血吞」。這就是《挺經》的真諦！
一天，曾國藩忽然傳下令來：「賊（太平軍）勢如此，有打算暫時離開的，支給三個月薪水，事平後仍可以來營，我不會介意。」眾人心思被點破，不禁既感動又慚愧，誰還好意思再議論逃離的事？祁門大營的人心反而安定下來。
就在曾國藩幾乎要坐以待斃的時候，左宗棠捲圖重來。左宗棠在指揮軍事上有一個突出的優點，即對軍事地理學造詣很深。清初顧祖禹寫過一部《讀史方輿紀要》，被稱為軍事地理學上的「千古絕作」，左宗棠十八歲時就讀過這部大作，其他地理名著也讀了不少，因此他打仗很注重藉助地形。景德鎮一戰後，楚軍敗退至樂平，樂平城久已坍廢，但左宗棠利用此地背山面河的有利地形，不僅使本部在休整中恢複了戰力，而且連續多次擊敗李世賢所屬的部隊。
正向祁門進軍的李世賢戰略眼光欠缺，聞聽所部敗於樂平，他居然放棄了可直搗祁門的大好機會，掉轉頭向樂平發動全力猛攻。左宗棠依舊在地形上做文章，他在樂平城東南掘外壕十餘里，引水塞堰，並設下伏兵。李世賢一來就中了埋伏，李部號稱十萬，卻被六七千人的楚軍殺得大敗，這是左宗棠自寶慶保衛戰後創造的又一經典戰例，楚軍也由此知名，成為湘軍中的一支勁旅。
樂平之戰把一度威風凜凜的李世賢給打回了原形，他被迫向東撤退。左宗棠乘勢收復景德鎮等地，在重新恢複祁門糧道的基礎上，進一步鞏固了祁門後路。曾國藩大喜過望，在家書中說：「凡祁門之後路，一律肅清，余方欣欣有喜色，以為可安枕而卧。」