得知金部得手，多隆阿立刻發揮出作為前敵總指揮的職能和作用，他集結鮑超等九千人馬，分三路向太平軍發起反攻，金國琛也乘機率部下山夾擊。
1860年2月17日，湘軍借東南風縱火，一時烈焰四起，狂風怒號，粵捻聯軍的百餘座營壘被全部焚毀。從太湖戰役打響之日起，粵捻聯軍已陣亡兩萬餘人，加上腹背受敵，陳玉成只得退出太湖戰場。
在援軍敗退的情況下，太湖城根本無法獨守，太湖守軍很快也隨援軍一部棄城而去。
多鮑好強爭勝既是缺點，也是優點。胡林翼在要求鮑超必須服從多隆阿調度的同時，一人給一支部隊，讓他們獨當一面，用事實和戰功來證明自己。在整個太湖戰役中，多鮑全都拿出了平生所能，原先曾國藩所顧慮的問題反而成了他們克敵制勝的一大動力。
鮑超在突圍戰中固然光彩照人，多隆阿也不示弱，他率部猛追太平軍，一直追到了潛山城外。2月19日，太平軍欲乘湘軍立足未穩出城襲擊，不料潛山知縣葉兆元早已窺視在側，在多隆阿的邀約下，立即督率團勇對太平軍的後路進行堵截。太平軍陣腳大亂，四下潰退，潛山又被多隆阿收入囊中。
正如胡林翼戰前所計畫和預料的那樣，湘軍能夠一鼓作氣，連克二城，其功效都在擊破太平軍的援兵之上，援兵既破，城池自得。
至此，太湖戰役結束。湘軍奪取了安慶外圍的三個重鎮，其主力也得以從容進入預定戰場，主動性大大增強，而太平軍則損城折兵，優勢大減。形勢如此之好，何不以得勝之師直搗安慶？
曾國藩原先百般謹慎小心，這時也有了一蹴而就的衝動。可是胡林翼反而又沉靜下來，他的意見是抓緊時間進行休整，然後待機而動。
曾胡在決策上再次出現了嚴重分歧和爭執。曾國藩直言：「不乘狗逆（對陳玉成的貶稱）踉蹌之際進窺安慶、廬州，頗為失策。」他還批評胡林翼「主意不甚堅定」，乃至認為胡在軍事上「多謀少斷」。
胡林翼能夠用來說服曾國藩的，依然還是三河之敗的教訓：攻克三鎮又怎麼樣，當初李續賓一口氣連克四城，還不是一敗塗地，前功盡棄？
的確，作為安慶戰役的第一階段，太湖戰役雖然取得完勝，但湘軍也有較大傷亡，人馬由五萬變成了四萬，而且官兵都很疲憊，在這種情況下若急於擴大戰果，難保不步李續賓的後塵。
曾胡在共同指揮安慶戰役的過程中雖然常有爭論，有時還有些不愉快，但兩人都心地坦蕩，為公不為私，所以很快就能達成諒解。這次也是如此，一番信使往返，經過充分交流，曾國藩最終聽從了胡林翼的意見，不再急於進兵。
胡林翼早已打定主意，接下來要麼不打，要打就一定要打贏，為此他提出了能夠使己方立於不敗之地的三個條件。
首先是要精兵。胡林翼、曾國藩一面「斂兵據險」，繼續招募和訓練士兵，對部隊進行補充，一面下令獎勵各級將佐。主要將領也都紛紛得以休息和調整，其中鮑超回四川探親，多隆阿請假養傷，李續宜、曾國荃遲至三月以後才陸續從湖南來到皖北戰場。
其次要做到糧足，胡林翼甚至把主要精力都放在了籌餉上，以保證湘軍主力部隊的後勤供應。與此同時，他在皖北戰場上實施堅壁清野，儘可能把稻穀糧食都集中在湘軍所據守的堡寨，以便使得野無餘糧，太平軍無法久駐於鄉村。
此外，在太湖戰役中，潛山知縣葉兆元立了大功。如果不是他及時提供相關地圖和情報，讓胡林翼想到設奇兵於天堂寨，太湖戰役恐怕難以實現翻盤，其後他更是帶著團練直接加入了攻克潛山的作戰。從葉兆元身上，胡林翼看到了這些地方官及其團練的作用，休整期間，除了確保兵精糧足，他還積極與皖鄂豫邊的各州縣官進行聯絡，通過縣官們組織團練、民兵修築堡寨，並準備在太平軍可能出入的道路上進行騷擾。
胡林翼「言戰三條件」實施得極有成效，湘軍士氣高漲，戰鬥意志旺盛，這為他們決戰下一階段創造了有利條件。