這一期間陳玉成正與李秀成合兵征戰江南，儘管他在安慶四鎮都派了兵進行駐守，但由於留下的兵力不敷使用，各鎮駐守力量均顯單薄，石牌守軍就只有數千人，這就為湘軍攻城提供了極好的機會和條件。
1859年9月24日，半夜四更天，在鮑超堵截太湖外圍太平軍的前提下，多隆阿督率各軍分撲石牌城東南北各門，並於次日上午攻陷城池。
石牌城上城下均密布炮眼，城外還有六道拱衛木城和三道深壕，若是雙方打相持戰，多隆阿可能還要費點勁，他能如此輕鬆得手，說到底還是陳玉成未能親自在皖北主持戰守事宜，守軍疏於防範之故。
石牌乃安慶門戶，石牌既下，就輪到了太湖、潛山、樅陽。後者大致構成一個半圓，為安慶提供外圍屏障，曾胡決心在打破這道屏障後再進圖安慶。
得知湘軍攻陷石牌，陳玉成頗為震驚。安慶是他的根據地，他的家眷都在安慶城內，豈能不救，當下他趕緊把江南一頭交給李秀成，自率大軍西上赴援。如同曾胡之前所預料的，這個時候陳玉成根本就顧不上北進——南京、安慶既是太平軍立足的根基，但也同時成了他們的兩大包袱。
11—12月間，曾國藩、胡林翼先後移師宿松、英山，對即將開始的太湖之戰進行指揮。隨他們征戰皖北的將領官銜都不低，這麼多高級將領聚在一起參加同一場戰役，如何協調是個大問題。
唐朝安史之亂時，郭子儀率九節度使包圍叛軍所在的相州，卻因內部不團結而反被叛軍擊潰。這是清以前發生的事，最近的例子也不少：1851年，烏蘭泰與向榮不合，致使官軍包圍永安失敗，太平軍得以衝出廣西；1852年，太平軍圍攻長沙，赴援的領兵大員包括軍機大臣一人，總督兩人，巡撫三人，提督三人，總兵十一到十二人，這麼多人擠成一堆也沒能把太平軍怎樣，甚至可以說還沒有江忠源一個人頂用。
胡林翼怕就怕類似的事情發生在湘軍身上，他致信曾國藩：「事權不一，兵家所忌。」在寫給官文的信中，也表達了同樣的意思：「軍事以統一事權為第一要義。」
胡林翼在組織指揮安慶戰役期間，對調和將帥、團結內部、統一事權非常在意，他也在其中起到了別人難以替代的作用。相對於胡林翼，曾國藩個人性格的稜角則比較分明，為人處世也不夠圓潤，喜歡誰，不喜歡誰，有時會放在臉上，或者表現在行動中。例如，他不太喜歡某幾個湘軍小統領，結果卻讓人家都感覺了出來，於是他就很難再直接調遣那幾個統領。
曾國藩擺不平的人事，胡林翼全都能搞定，曾國藩自愧不如，承認：「江楚皖豫諸將帥，唯潤帥（胡林翼）能調和一氣，聯合一家。」
從本質上來講，參加安慶戰役的軍隊雖然都可以算成湘軍，但原來的統屬關係並不相同，按照曾國藩的說法，是江楚皖豫都有，號令很不一致。這樣的話，就必須任命一個前敵總指揮（當時叫總統），用以更好地統一事權。
讓誰當前敵總指揮呢？胡林翼駐於英山後方，還要負責糧餉調運，自然不能直接到前線去廝殺。曾國藩也一樣，必須留在大本營運籌帷幄。三河戰役後，都興阿曾臨時負責指揮皖北戰場，但他因患足疾，經朝廷批准已離開了前線。
剩下來最有資格和能力的大將，非多鮑莫屬。都興阿臨走時曾推薦多隆阿代替他的位置，胡林翼也認為多隆阿最合適，遂決定將這一任命奏報朝廷。
曾胡的大營相距兩百多里，兩人雖不能常見面，但每天都要互通信件，以交流彼此的看法。對胡林翼的提議，曾國藩表示反對。
在胡林翼所提拔的鄂軍將領中，多隆阿與鮑超以「多龍鮑虎」並稱，然而兩人又都是爭強好勝的脾氣，平時誰也不服誰。得知上面在考慮前敵總指揮的人選，兩人一個向胡林翼提出老母有病要省親，一個告病請假，都拿出了打死也不肯歸對方隸制的勁頭。曾國藩擔心，多隆阿若是擔任前敵總指揮，會立刻造成多鮑的決裂，乃至貽害全局。
除此之外，多隆阿愛爭權，都興阿在任時他甚至連這位上司都排擠。有一種說法，都興阿離開前線並非真的是因為足疾，而是被多隆阿給擠對走的！作為佐證之一，都興阿不久就又率騎兵到江北打仗去了，確實沒看出「足疾」對他帶兵打仗有很大的影響。
如此驕橫的一個人，若是讓他做了前敵總指揮，如何能夠服眾？曾國藩一天之內給胡林翼寫去三四封信，極力言明利害，勸其慎重考慮：「讓鮑歸多節制，是非常不適宜的。鮑戰功卓著，又不肯屈居人下，就算是讓他在迪庵（李續賓字迪庵）下面聽令，他還不答應，何況多公（多隆阿）？如果你一定要這樣做，就怕反而激怒他，生出異心。」
為了這件事，胡林翼日夜憂慮，寢食難安，最終經過一番權衡，終於痛下決心：「打仗最重要的是統一指揮，絕不能分權，就選多禮堂（多隆阿字禮堂）了！」
他通過官文奏報朝廷，很快就把任命多隆阿的事情給辦了下來。