按照胡林翼的授意，官文密奏咸豐，請求皇帝授命曾國藩援川。官文暗負監督上游軍事之責，深受朝廷的信任和倚重，胡林翼以為假其之手一定能夠如願，想不到的是，皇帝只准了一半——同意讓曾國藩率兵援川，卻對川督一事隻字不提。
一種說法，是咸豐不願意曾國藩被地方督撫的職位所限制住，希望朝廷能掌握這樣一支機動性的勁旅，以便隨時調用。當然還有另外一種可能，即咸豐依舊像過去一樣，始終對曾國藩心存疑忌，不肯讓他兼有封疆大吏之權。
湘軍在江西是客軍，去了四川還是客軍，一樣都要被地方督撫卡脖子，去那裡幹嗎？接到朝廷命令，曾國藩立即表示他很難從命，拒絕的理由也相當充分：「臣以區區萬人入川，不要說主動進攻，就是單純防守，力量都不足，而且我們作為寄居他鄉的客軍，遇到傷亡也無法就地補充。」
發現咸豐只令曾國藩入川督軍，而不令其督川，胡林翼趕緊又說動官文上奏皇帝，留曾國藩一軍合力謀皖。咸豐正好已吃了曾國藩的軟釘子在前，便也順水推舟地重新下旨，讓曾部改援安徽。
在此期間，胡林翼重新回顧了讓他痛心疾首的三河戰役。他發現，李續賓兵敗與不熟悉安徽地形也有很大關聯，由於地形不熟，湘軍只能請當地人做嚮導，但嚮導常常故意指錯道路。與此同時，慣使「回馬槍」的陳玉成卻可以沿著偏僻道路，出其不意地抄襲湘軍後路，打他們一個冷不防。
前車之覆，後車之鑒。胡林翼帶著湖北布政使嚴樹森一起做這方面的功課，他們首先繪製出了湖北、江西、安徽三省地圖。在新繪的地圖上，各種山嶺溪流和捷徑小道都標註得非常詳細具體，包括從某地走到某地需要走幾里，從某村繞到某村可以近上幾里等等，地圖上都有說明。依靠相對翔實的地圖，官軍在與太平軍作戰時就可以率先搶佔要地，使自己處於主動地位。
這一製圖經驗隨後被胡林翼推而廣之，用於繪製其他各省乃至藩屬國的地圖，它們後來被統一稱為「胡文忠地圖」（文忠是胡林翼的謚號）。因為胡林翼製圖的主要目的是方便湘軍在長江流域的行軍作戰，所以「胡文忠地圖」里以長江各省的地圖為最精細。
在胡林翼看來，地圖是棋盤，用兵的謀略也即兵略是棋子。長江流域歷來為兵家必爭之地，打過的仗很多，胡林翼讓嚴樹森把史書中的有關篇章都找出來，配合著地圖，講清楚古人當時是怎樣用兵的，採取了什麼兵略，為什麼勝，為什麼敗。
按胡林翼所囑，嚴樹森花了功夫，基本把清以前的戰史都一網打盡，相關內容也被編輯成書，這就是由胡林翼親自作序的《讀史兵略紀要》。
1859年9月，曾國藩與胡林翼在黃州會晤，對進兵安徽進行籌劃。胡林翼特地將繪製好的數十張「胡文忠地圖」分發給有關人員，用以聽取意見。
最終，在原先三路謀皖計畫的基礎上，曾胡推出了一個四路謀皖的全新方案，但這一方案卻遭到了欽差大臣袁甲三等人的反對。
在與太平天國對峙期間，咸豐始終以保證京師安全為基本出發點，為此他除在南京城外建立江南大營外，還在長江以北建立了水陸兩個大營，其中，重點預防太平軍沿運河水路北上的是江北大營，預防太平軍沿陸路北上的是臨淮軍。
臨淮軍以安徽臨淮為指揮所駐地，故以此名，統領者即為袁甲三。袁甲三身任欽差大臣，軍權在握，但他沒有地方行政權，所部糧餉不繼，僅僅他自己被拖欠的薪俸即達七千餘兩，這導致臨淮軍戰鬥力薄弱，缺乏與太平軍、捻軍大規模對抗的能力。
湘軍如果分四路大舉東進，會不會壓迫皖北太平軍與淮北捻軍聯合北趨，從而危及河南、山東、直隸直至京師？到時候臨淮軍可頂不住啊！袁甲三對此非常擔心。河南巡撫瑛棨等也有此顧慮，他們聯名給朝廷上書，請求從曾胡中抽出一軍，取道豫皖兩省交界處，以防太平軍和捻軍向北進攻。為了讓曾國藩能夠同意抽兵北上，他們還承諾一定籌足北上湘軍的軍餉，絕不拖欠。