在安徽捷報的反襯下，太平軍在江南的形勢卻更顯黯淡。
向榮病死於丹陽後，他的老部下和春接班，以欽差大臣的身份執掌江南大營。和春能力平平，軍事方面主要依賴於張國梁。張國梁原名張嘉祥，十八歲即為盜魁，在江湖上以有勇有謀、盜亦有道著稱，時人謂之「拯弱鋤強張嘉祥」。因為有著做盜魁的「黑歷史」，張國梁即便已被官府招安，也總有人看不慣他，想找機會進行暗算。還是代理廣西巡撫周天爵愛惜其才，保護備至，這才把他留了下來。
此後張國梁隨向榮轉戰數省，經歷了大小數百戰，仗越打越多，名氣也越打越大。他的軍事天分很高，雖然沒有讀過什麼兵書，但排兵布陣每每都與古兵法相合，也經常能夠做到以寡敵眾，以少勝多。
作為江南大營中不可或缺的大將，張國梁被清軍視為「東南半壁，倚如長城」。太平軍一向看不起綠營八旗，但唯獨不敢小看張國梁，江南大營第一次被太平軍擊破時，就是靠張國梁護佑，向榮才得以逃到了丹陽。
向榮病死後，新江南大營的主要亮點全都集中在張國梁身上。他先解金壇之圍，繼而連克鎮江、句容，其中鎮江已被太平軍佔領達五年之久。消息傳到京城，咸豐大喜，在詔書中嘉獎張國梁「謀勇超群」。
得到皇帝的嘉獎，張國梁更加起勁，在原有基礎上，他不斷增挖壕溝，擴建土牆，里三層外三層地對天京進行包圍和封鎖。在天京所面臨的幾次圍困中，以這一次為最嚴密，威脅也最大。人們看到，大隊的清軍戰船已經從上游封鎖了天京的水上交通，旗幟林立的陸上圍城部隊更是遍布城外的山崗、凹地以及幾乎所有村莊。
圍困使得天京城內的糧食供給越來越困難，洪秀全只能不斷抽調部隊增援安徽、江西和長江北岸，以保證糧道，這又使得城內兵力劇減，防守力量捉襟見肘。
為解天京之圍，受李秀成之邀，陳玉成緊急自安徽回援，兩人再次在江蘇區域實施聯合作戰。與此同時，天京城也迎來了另一位重要人物，1859年4月，洪秀全的族弟洪仁玕到達天京。
天京事變使洪秀全受到了很大刺激，他時時刻刻都害怕出現第二個楊秀清與韋昌輝，由此對所有外姓大臣都存有猜忌疑懼之心，遂封洪仁發為安王，洪仁達為福王，讓兩位王兄共同參與政事，以挾制石達開。洪仁發、洪仁達皆庸碌無能之輩，石達開豈甘於受二人挾制，他之所以出走天京，這是其中很重要的一個原因。
在石達開被逼出走後，為了給文武百官一個交代，洪秀全宣稱將永不封王，並被迫削去了洪仁發、洪仁達的王爵，但實際仍將朝政委之於自己的「皇親國戚」。
洪仁玕雖不是洪秀全的近親，但他是最早信教的洪氏族人，而且早期與洪秀全的關係就較為密切。金田起義後，洪仁玕在香港皈依基督教，還在教會擔任職務，對中西學問都有一定研究，自非洪仁發、洪仁達可比。對於他的到來，洪秀全感到滿心歡喜，當即便封其為干天福。
按太平天國後期官制，王以下為爵，爵有六等，干天福是第三等。應該說這已經是超規格任用了，但洪秀全覺得不夠，僅僅幾天後，又封洪仁玕為干天義加護京主將。
干天義是六等爵中的第一等。太平天國實行五軍主將制，陳玉成、李秀成、楊輔清、李世賢、韋俊分別是前、後、中、左、右五軍主將，洪仁玕被封為護京主將，意味著他已和這些戎馬多年、屢立戰功的高級將領同級。
還沒完，5月，洪秀全自食其言，打破永不封王的承諾，再封洪仁玕為干王和開朝精忠軍師，主理軍國大政。不僅如此，他還將洪仁玕的地位明確為與死去的南王馮雲山相當，也就是說即便已經出走的石達開回來，也只能位居洪仁玕之下，更不用說陳玉成、李秀成了。
太平天國是靠馬上打天下的政權，一般情況下，將士們的每一步升遷都需要用鮮血乃至生命去置換。洪仁玕初來乍到，一仗未打，沒有任何戰功，僅僅因為他是天王的族弟，就被授予如此顯要官職，自然會惹得眾人不滿。
當然，洪仁玕如果真的具備與其職位相匹配的才氣，時間一長，也能像諸葛亮出山那樣，逐漸得到大家的認可，問題是他又不具備這樣的條件和資質。
不錯，剛到天京的洪仁玕在見識、學識方面確有過人之處。在他起草的《資政新篇》中，不僅提出要學習引進西方先進的武器和設備，還主張系統地學習其法規、制度，比如建立法制、創辦銀行、修建鐵路、發行報紙以及廢除占卜和溺嬰陋習等。
《資政新篇》可謂是開天國風氣之先，很多方面甚至超過了素為人稱道的《海國圖志》。這讓它即使在敵方陣營中也贏得了較高評價，曾國藩的幕僚趙烈文讀到《資政新篇》後曾經驚呼：「此文頗有見識，作者對夷情非常熟悉，由此來看，似乎賊（太平軍）中也不是沒有能人啊！」
《資政新篇》得到洪秀全的親自批註。在發行報紙、傳播信息一條上，他批示道：「因為可能招來妖魔（清軍）乘機反間，此策現在還不能實行，等殺絕殘妖（殘餘清軍）後，再實施不遲。」除此之外，對其他所有改革措施，天王都表示贊同並允許推廣。
可惜的是，《資政新篇》和太平天國的另一文件《天朝田畝制度》命運相似，都不過是表面文章而已，除了額外增加了幾個新潮官銜外，在實踐中幾乎沒有得到任何推進。對此史家眾說紛紜，有人判斷是洪秀全並不真正認可，推動不力，有人分析是戰爭環境使然，內外都沒有實現的條件，還有人認為是因為洪仁玕在朝中缺乏權威，尤其是武將們對他不服所致。
應該說這些因素多多少少都存在，但洪仁玕自己也難辭其咎。與洪仁玕打過交道的英國人評價他「志向特高，但賦性特懶」，換言之，他或許能夠提出讓人眼前一亮的見解，但卻缺乏付諸實施的勇氣、能力和韌性。