1856年9月1日，韋昌輝從江西趕回。他的到來，顯然出乎楊秀清意料之外：你打了敗仗，我正要打你屁股呢，你還敢自己冒出來？
楊秀清不讓開門，要韋昌輝打了勝仗再來見他。韋昌輝只好拉下臉來再三懇求，好說歹說楊秀清才鬆口放行。
這時候的楊秀清無論如何不會想到韋昌輝要來殺他。在一本清末筆記中，雖然也記載守軍最初不讓韋昌輝進城，但上面說韋昌輝是以「奉東王密書」為借口混進城的。
這種說法經不起推敲之處在於，天京曾被江南大營圍困多年，城防應該極其嚴密，加上太平軍本身軍紀嚴明，如果負責守城的楊秀清不答應或不知曉，很難相信韋昌輝可以靠編謊話過關，況且要是「東王密書」被當場拆穿，韋昌輝就無異於是搬起石頭砸了自個兒的腳了。
同樣是根據這本清末筆記的記述，韋昌輝進城後立刻對東王府發起攻擊，最後把躲在水閣下面的楊秀清給生生地拖了出來。
且不論楊秀清身經百戰，臨場表現是否真的會這麼㞞，只說韋昌輝攻擊東王府，天京守軍特別是遍布全城的所謂「東黨」（楊秀清的親信）不可能等閑視之，一定會群起援救。此類僵持戰若打下去，未必對韋昌輝和秦日綱有利。
事實是，雖然進了天京城，但韋昌輝也並不能馬上拿楊秀清怎樣，儘管他要這麼乾的心情十分迫切。
在韋昌輝之前，近在江蘇戰場的秦日綱已經入了城。此君能被洪秀全列入勤王名單，除了也曾受過楊秀清的打罵外，肯聽話，讓他幹什麼就幹什麼是重要原因，但也正因為他沒什麼政治頭腦，所以洪秀全又不太放心，不敢完全賦以重任。
洪秀全看中的還是韋昌輝，只有這個長期接觸官場厚黑面的小文人型將領，才足以完成使命。
韋昌輝先去天王府拜見洪秀全。這是按照規矩來，前線將領回天京莫不如此，楊秀清並不起疑。
當著眾人的面，洪秀全將韋昌輝假模假式地大罵了一通，讓他趕緊到東王府去向楊秀清請罪，私下裡卻交給韋昌輝一條他早就想好的計策。
韋昌輝按計而行。在見到楊秀清時，先不說戰敗的事，而是道喜，祝賀東王成為「萬歲」。
洪秀全可說是摸准了楊秀清的脈絡。東王本來憋著勁要給韋昌輝一頓板子，但「萬歲」正是他的癢處，巴不得別人提起和擁護，何況是韋昌輝這樣重量級的王侯。
楊秀清立刻轉怒為喜，還留韋昌輝吃飯。席間一個得意忘形，毫無芥蒂，一個正中下懷，居心叵測，喝酒的效果自然大為不同，到酒飯上到一半時，楊秀清已然完全解除了戒備。
見時機已到，韋昌輝出其不意地拔出佩刀，使足力氣一刀刺穿了楊秀清的心臟。
殺死楊秀清後，韋昌輝又威嚇住驚慌失措並正要上前圍攻的王府侍衛：「東王謀反，我受天王之命將其誅殺。」
隨即出示洪秀全的密詔。眾人一看，果然是天王的旨意，便再也不敢亂說亂動了。
接著，韋昌輝又和秦日綱一起，關閉城門，對「東黨」進行全城大搜殺。在「東黨」眼裡，韋昌輝和秦日綱帶來的人馬就是「北黨」，雙方一場混戰，「東黨」因失去了楊秀清這個主心骨，又缺乏防備，所以在交戰中不是「北黨」的對手，非亡即逃。
當時的天京城裡，還住著一些外國人。第二天拂曉，當他們出門時，發現街上到處都是屍體，其中大部分為楊秀清的部下親信，甚至是僕役和隨從。
「東黨」雖然被殺得四散，但其中很多人還是得以逃脫並藏匿起來。不久，他們得到消息，洪秀全只想除去楊秀清一人，因此責怪韋昌輝等人過度濫殺，已下令每人杖責五百，且在天王府公開受刑。與此同時，天王還邀請「東黨」前來參觀，以示不再殃及他人。
洪秀全的這番話其實正是「東黨」們想聽到的。楊秀清謀反不管真假，總是他個人的事，而且就這麼成天躲躲藏藏也不是個辦法，既然天王親自相召並豁免，豈有不去之理。
去了一看，果然一干人等都被按在天王府的大廳外面，馬上板子就要敲下去了。大家放了心，按照規定，把武器放在門外，一批批地在大廳裡面落座，準備觀看行刑。
他們不知道，即將被行刑的正是他們自己。