剛到伊犁的那段日子裡，林則徐明顯變得消沉起來。在給友人的書信中，談到「制夷」，他的回答竟然是「得了且了」，能結束就快點結束吧。
這不應該是林則徐的風格，可是他能夠怎麼辦呢？伊犁將軍布彥泰久聞大名，很器重他，然而關照方式也無非是給安排一個相對輕省些的活，把他派在糧餉處當差，此外就是「終日蕭閑，無所事事」。
林則徐有過獲赦的機會。民間士紳曾自發籌資，準備採取用錢贖罪的方式，把林則徐從新疆接回內地，但被林家父子婉言謝絕。
如果他願意，還可以變賣不多的家財，罄其所有，亦足以自贖，更不要說去花別人的錢了，後者是林則徐的道德品質所不能允許的。
他不想這樣屈辱地回到內地，既然辜負了皇帝和國家的期望，也許就應該活活受罪，他不再寄望於「生入玉關」了。
一天天過去了，邊塞「雪窖冰堂」的生活嚴重摧殘了林則徐的健康，以至於他幾乎沒有哪一天不生病，心情也時時處於抑鬱之中。
即使在自己最困頓的日子裡，林則徐也沒有忘記要造福當地。1844年夏季，他捐資承修了清代伊犁最大的水利灌溉工程阿齊烏蘇渠。這條水渠修成後，極大地改善了伊犁的農田灌溉狀況，當地稱之為「林公渠」。
在伊犁，從伊犁將軍到普通百姓，沒有人不尊敬這個光榮的囚徒，並皆以能夠得到林則徐的書法題詠為榮。有一段時間，人們在伊犁街頭爭相購買用於寫字的絹紙，以便找林則徐求字，最後導致絹紙都斷了貨，而林則徐的手跡墨寶則傳遍「冰天雪海」。
好人有好報，「林公渠」誕生半年後，林則徐的人生轉機開始出現了。1845年初，布彥泰鼓足勇氣，向道光保舉林則徐，沒想到道光破天荒地點了頭，允許讓林則徐負責查勘南疆的墾荒情況。
這是一個可虛可實的活兒，實際上可看作道光寬赦林則徐的一個過渡，布彥泰特地徵求林則徐的意見：「你是想遠一些，還是近一些？」
林則徐回答是遠一些。
遠一些，無疑會艱苦一些，但可以更好地了解邊遠地區百姓的生活情況，解決他們的困難。這一路上，林則徐一邊實地勘查地畝，一邊到農家訪貧問苦。他發現當地回民生活艱難，就提議把三萬七千餘頃墾田全部交給回民耕種。同時，他還發揮自己精於民生治理的長處，改進和修建了許多新型的坎兒井，又幫助棉花產區的老百姓製造紡車，後來二者被分別冠名為「林公井」和「林公車」。
林則徐行經兩萬餘里，幾乎踏遍了南疆的山山水水，使沿途百姓大獲其利，並對林則徐感激涕零，稱之為神人。
林則徐當然不是什麼神人，他只是凡人，但他是一個具有非凡的意志品質和人格的凡人。當他得以再次為這個國家服務時，所有的坎坷、無奈、委屈都成了過往。他只知道，他深愛著這個國家，所以無怨無悔：「苟利國家生死以，豈因禍福避趨之。」
重新出山後，林則徐歷任陝甘總督（代理）、陝西巡撫、雲貴總督，其政績仍像過往一樣顯著，被朝廷加以太子太保，賜花翎。
但是林則徐更多的心結，還在「制夷」上面。當時人們都以英吉利為慮，有後輩向林則徐請教方略，沒有想到林則徐出語驚人：「英吉利不難對付，以後將成為中國禍患的國家，恐怕是俄羅斯吧？」
大清國與俄羅斯的直接衝突，還要追溯到康熙年間的雅克薩之戰。那是有清一代，中國對外戰爭的一次重大勝利，之後俄羅斯就乖乖地縮了回去。這數十年來，從未聽說中俄邊境有過什麼衝突，所以聽者很是疑惑。
注意到對方驚訝的表情，林則徐嘆了口氣：「我老了，可能看不到這一天了，但你們會見到的。」
林則徐的預言不是空穴來風，憂慮也不是無緣無故。
英吉利固然厲害，屬於最強之「夷」，但林則徐也看出來了，這個最強之「夷」距離遙遠，只能通過水路入侵，而且他們主要是想通商做生意，尚無領土上的直接訴求。俄羅斯卻不一樣，這個陸上鄰國隨時可以呼哨一聲，從邊境線上殺奔過來。特別是在充軍伊犁期間，林則徐得以對俄國進行就近觀察和研究，這讓他不由得倒吸了一口涼氣。
俄羅斯軍隊的實力絕非從前的張格爾叛軍或浩罕軍隊可比，也遠超康熙時代，最主要的是這個國家攫取領土的野心很大，而反觀己方，由於鴉片戰爭的影響，守備力量逐漸向沿海傾斜，已導致新疆守備趨於鬆弛。
這個時候，林則徐已注意到內亂的不斷爆發。他擔心，如果朝廷的主力再用於平定內亂，將不會有多餘力量防守西北邊陲，到時俄羅斯將會乘虛而入，打中國一個冷不防。
林則徐害怕這一天的到來，他多麼期望年輕後輩中能產生挽狂瀾於既倒的英才啊：「誰能繼老夫之志乎？」