利瑪竇在傳教過程中，為了減少中西文化衝突，採取了一種權宜之計：認為祭祖只是表示子孫對長輩的孝道，奉侍一如生前，並沒有宗教的含義；祭孔與科舉考試相關，生員在考中後可到孔廟行禮，含有尊師之義，但教徒不得參加四季祭典。可是，利瑪竇的策略並沒有得到全部來華傳教士的同意，一些教士認為祭祖是民間迷信，是認同死者為神靈，反對利瑪竇等人的權宜之計，禁止教徒祭祖尊孔。兩派之間的爭論，從明末沿續到清初。遠在歐洲的教廷，也發出了好幾道相關的指令。但是，教廷的這些指令不但沒有解決中西文化衝突，進而在康熙年間發生了著名的「禮儀之爭」，最終導致禁止天主教在華傳布。
在傳教士內部兩派之間的論爭過程中，耶穌會士向康熙皇帝提出了「祭祖和敬孔是否具有宗教性質」的問題。被傳教士稱譽為「寬仁、明智與好奇」的康熙皇帝，在此前的1692（康熙三十一年）年3月22日下詔，諭令保護全國教堂，允許人民信仰自由。由此，傳教士可以在清朝版圖內公開自由傳教。但是，康熙也是一位謹慎的皇帝，他深知兩種文化衝突的潛在風險，因此，他特別告誡傳教士要小心傳教，不要讓地方官有反感而向上控告。針對耶穌會士提出的問題，他在1700年（康熙三十九年）11月30日正式回覆道：中國的祭祖敬孔禮儀，是一種對祖先表示崇敬的禮節，並無宗教性質。主要由非耶穌會士形成的反對派抓住這一事件，認為耶穌會士對教會內部問題不請求教廷解決，反而依賴教外皇帝的裁定，是一種離經叛道的行為。教皇克萊孟十一在1704年11月20日命聖職部發布七條禁約，規定不準以天或上帝稱天主，不許教堂里懸掛有「敬天」字樣的匾額，禁止基督徒祀孔、祭祖，禁止教徒留牌位在家。並派多羅主教前往中國宣布禁約。這些規定，引起了兩種文化之間的衝突，也在挑戰中國皇帝的權威。
康熙一開始對多羅是以禮相待。當他得知教皇要中國政府服從禁令，便叫多羅離京。隨即宣布諭旨，規定教士必須持有朝廷准予傳教的印票，並服從中國禮儀，否則不準在中國傳教。多羅一行於1707年1月25日在南京宣布教皇禁令，要求全體教士必須遵行。對於這種公開干涉清廷政策的行為，康熙得知後非常不滿，他在「禁約」上批示：「覽此告示，只可說得西洋人等小人，如何言得中國之大理。」並於同年3月17日在蘇州重申自己的主張：「諭眾西洋人，自今以後，若不遵利瑪竇的規矩，斷不準在中國住，必逐回去。」於是，康熙一面驅逐多羅，交由澳門總督看管；一面派教士艾若瑟、樊守義一行前往羅馬，與教皇進行溝通，澄清是非。
艾若瑟原名艾遜爵，1662年生於法國南部的尼斯，1695年到達中國澳門。此後在山西絳州傳教時，將當地人樊守義收為教士。1699年開始管理河南、陝西、山西三省教務。1702年來到北京，升任教務首領，深得康熙歡心。因此，當「禮儀之爭」發生後，康熙就想到了艾若瑟，派他和樊守義等人作為自己的使節，前往羅馬教廷進行解釋。
樊守義這一去就是十多年。
康熙四十六年（1707年）十二月底，樊守義、艾若瑟從澳門啟程，西南向航行。歷經兩個多月，到達巴打斐亞（今雅加達）。稍作休息後，就向西航行在茫茫印度洋上，歷經三個多月，經過非洲最南端的大狼山（好望角）。在附近補充給養後，於七月底、八月初抵達波爾多嘞爾國（一作波爾都爾國，葡萄牙國的同音異譯）。他們在葡萄牙首都等待了四個多月，繼而啟程，於康熙四十八年（1709年）二月到達教廷所在地羅馬。在覲見教皇克萊孟十一世時，艾若瑟向教皇詳細地報告了康熙皇帝對禮儀問題、傳教事務看法，要求教皇取消禁約。樊守義後來回憶道：「教皇聽後，屈臂含淚而言曰：朕絕未命多羅如此發言行事。」事情似乎是在朝著好的方向發展。但是，艾若瑟所呈送的文件中，沒有清廷的鈐章，引起了教皇的疑心，就下令艾若瑟留居在羅馬，不得外出，時間長達兩年又八個月。此後，艾若瑟在米蘭和都林又各生活了三年。1709年3月，教皇重申以前的禁令必須嚴格遵守。1715年3月，教皇明令禁止教士不得再就禮儀問題進行申訴。次年8月，禁令傳到廣東，各國教士只得遵守。
教皇在羅馬將艾若瑟等人扣留不準回國，康熙在北京苦等數年沒有回信。其他傳教士帶來的信息又真假難辨，康熙對這些消息已經不敢相信，他只信任艾若瑟：「朕差往羅瑪府的艾若瑟回時，朕方信，信而後定奪。」於是康熙想出了兩個辦法，一是請俄羅斯人帶信去；二是在康熙五十五年（1716年）九月，用滿文、中文、拉丁文寫了一封公開信，木刻印刷，蓋有廣東巡撫的關防，習稱「紅票」。當時，這種「紅票」共印了150張，分發給各天主堂內的西洋人，前來廣州、澳門經商的體面商人，由他們帶往歐洲，轉達教廷。1717年4月，面對教皇的最新禁令，康熙做出了自己的決定，命令禮部禁止天主教在華傳教。1720年，康熙更是明確批示：以後不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。
康熙五十七年（1718年），清廷的信息終於傳到羅馬，教皇這才允許艾若瑟可以回到中國，並且一再要求艾若瑟以「健康欠佳」為由，向康熙解釋為什麼去了這麼長時間。同時另派一位使臣嘉樂前往中國進行解釋。艾若瑟得命後，隨即起身赴葡萄牙。葡萄牙國王為此專門指派了一艘船隻，以便快捷地送艾若瑟、樊守義等人到達中國。葡萄牙國王還特別準備了七箱禮物送給中國皇帝。康熙五十八年（1719年）三月，艾若瑟、樊守義等人啟程東還。康熙五十九年（1720年）二月，船隻過了好望角，艾若瑟病逝。六月十三日，樊守義回到廣州。兩廣總督當即派人護送前往北京。八月二十八日，到達北京。當時康熙正在熱河行宮避暑。樊守義又於九月初五日趕到熱河，於九月十一日叩見康熙。康熙垂問良久。
教皇的使臣——嘉樂一行，於康熙五十九年九月到達澳門，隨即北上。1721年3月，康熙接見嘉樂。11月，嘉樂又在保留禁約的基礎上，提出八項寬免，以挽回頹勢。嘉樂的方案，引起在華教士的爭論。這種干涉中國傳統禮儀的行為，遭到康熙的嚴厲指責。教皇本篤十四則在1742年6月下令取消八項寬免。而在中國方面，雍正元年十二月（1724年1月）正式下令各省傳教士在半年內離境。由於羅馬教廷始終將傳教權掌控於西方傳教士之手，更堅定了雍正禁教的決心：「教友惟認識爾等（指司鐸巴多明等人），一旦邊境有事，百姓惟爾等之命是從。雖現在不必顧慮及此，然苟千萬戰艘，來我海岸，則禍患大矣。」乾隆、嘉慶、道光三朝，也頒布過各項限禁天主教傳教的命令。
禮儀之爭，從最初天主教傳教士內部不同派別之間的矛盾，進而演變為干涉中國傳統文化的政治行為，遭到中國皇帝的禁止，是必然的結果。天主教在華傳播因此而進入低潮。直到1939年12月8日，羅馬教廷方面才撤銷此項禁令，中國的天主教徒從此可以名正言順地尊孔祭祖。
樊守義在熱河覲見康熙後，長住北京。當時，到過西歐，又回到北京的中國人，可能就只有樊守義一人。次年（康熙六十年，1721年）夏天，王公貴族們在暑熱難消之際，紛紛邀請樊守義前去聊聊大西洋的風土人情。談得多了，樊守義就想到寫一篇遊記——《身見錄》。但是，《身見錄》完稿後，並沒有一位王公貴族願意資助刊刻。乾隆十八年（1753年），樊守義去世。他的《身見錄》一文原稿，則被帶往羅馬，被夾在一本叫作《名理探》的書內，靜靜地躺在圖書館的書架上。一直到1937年，正在歐洲留學的閻宗臨先生，無意中發現了這篇作於200多年前的遊記。1941年，這篇現存最早的中國人撰寫的西歐遊記，才與廣大國人重新見面。這篇遊記，雖然篇幅略顯單薄，記事不夠詳盡，回憶或有錯誤，但這畢竟是康熙年間中國人在西歐生活、學習的觀感。
樊守義到達的第一個歐洲國家是葡萄牙。在樊守義的眼裡，這是一個風景壯麗、物產富饒的國家。「余登岸居耶穌會院，修士乍見，殷勤如故，即送安頓銀器俱。全視風景，壯麗可觀，允稱富國，無物不備。地多泉穴，其房俱三四層不一，而公侯王府，更極崇美。若天主堂、聖母堂、聖人堂純用石造，奇峻特異，雕飾供器，悉以金銀。修道院頗多，而每院修道者凡數百，並設學校，分小學四品，中學二品，大學三品。且有養濟院數處，甚廣大，更多富貴園囿」。這些描寫，與鴉片戰爭後首批走出國門者的記載，是何其相似。當時的葡萄牙國王若望五世，對這位中國教士也很熱情，多次接見：到達葡京的「第三日，國王召見，其宮殿之崇美，目所（未）睹也」。宮廷內西洋式的美輪美奐，更是讓曾經在北京見過大場面的樊守義過目不忘：「異日復見王，命朝內游，見紅帳復牆，或錦或綉，若繪畫然。復以磁器掩下截，玻璃窗、花氈墊、金