基督教在中國的傳播，唐代的景教為第一次，元代的也里可溫教為第二次，明朝中葉天主教傳入為第三次。
在明朝來華的傳教士中，為天主教在華傳播奠定基礎的是利瑪竇。利瑪竇1552年生於義大利，名瑪泰奧·利奇（Matteo Ricci），19歲時加入耶穌會，次年進入耶穌會士辦的羅馬學院，接受神職教育。明萬曆十年（1582年），他奉教會之命由印度來到由葡萄牙人租占的澳門，接受中國文化的各種訓練。耶穌會士即耶穌會傳教士。耶穌會是基督教內部與新教勢力相抗衡並以扶助羅馬教皇為宗旨的一個傳教組織。從利瑪竇來華，至1783年（清乾隆四十八年）羅馬教皇宣布解散耶穌會，耶穌會士在華活動長達200年，經歷了明末清初的變革。
萬曆十一年（1583年）九月，利瑪竇和另一位傳教士羅明堅從澳門來到廣州，他們送給當地官員一幅世界地圖和一些西方新式器物，使廣州人耳目一新。感到在廣州傳教有困難，他們就來到西江下游的肇慶，得到知府王泮的禮遇和支持，傳教活動得以開展。萬曆十三年（1585年），利瑪竇在西江邊上興建了我國第一座天主教堂——仙花寺，並在教堂內設立了一個圖書儀器室，展出西方圖書和天文儀器、世界地圖等。利瑪竇用粵語講解，使參觀者大開眼界。他帶來的世界地圖，使人們第一次看到世界是如此之大，國家是如此之多，相信者、懷疑者各有其眾。後來應王泮的要求，利瑪竇將這幅地圖翻譯成中文，並且把中國放在地圖中央，命名為《山海輿地全圖》。這是世界上第一幅中文世界地圖。利瑪竇在肇慶除了傳教外，還和羅明堅一起編纂了我國第一部中西文字典——《葡華字典》，首創用拉丁字母注漢字語音。為了便於和中國人打交道，他自稱「利瑪竇」。萬曆十七年（1589年），由於肇慶士紳的反對，利瑪竇前往北江流域的韶州傳教。他在韶州建立起第二所天主教堂，將我國儒家經典《四書》譯成拉丁文，使我國傳統文化傳播到歐洲。在這裡傳教六年後，利瑪竇前往北京。此時，正值中國與日本在朝鮮打仗，利瑪竇到達南京後，只得返回南昌。
萬曆二十五年（1597年），利瑪竇被提升為耶穌會中國傳教區會長，不再受澳門支委會的管轄，並要求他前往北京晉見皇帝，以圖傳教事業能得到皇帝的批准。次年，在南京禮部尚書王忠銘的幫助下，利瑪竇進入北京。這時，朝鮮戰事仍在進行，北京氣氛很緊張，對外國人防備較深。在北京居留兩個月後，因無望晉見萬曆皇帝，利瑪竇只得返回南京。
利瑪竇回到南京後，大量結交士大夫，並與徐光啟相識。萬曆二十九年（1601年）初，利瑪竇第二次進入北京。在太監的安排下，利瑪竇向萬曆皇帝進貢天主圖像一幅、天主母圖像兩幅、《天主經》一本、十字架一座、報時自鳴鐘兩架、《萬國圖志》一冊、西洋琴一張等。同時上了一道奏章，表示願以自己天文歷算的特長為明朝效力，但隻字不提傳教。利瑪竇在北京定居後，雖然有機會多次進宮，但都沒有見到萬曆皇帝。
雖然沒有機會見到皇帝，利瑪竇在北京結交了大批官宦和文人，通過介紹科學知識，進行天主教的傳播。禮部尚書徐光啟、太僕寺卿李之藻向他學習西方科學技術知識，協助翻譯西方科學著作，而且成為虔誠的天主教徒。萬曆三十三年（1605年），就有超過200名的在京人士入教。萬曆三十八年（1610年），59歲的利瑪竇因病去世。萬曆皇帝批准將阜城門外二里溝滕公柵欄的20畝地基作為利瑪竇墓地。次年舉行葬禮時，萬曆皇帝派員致祭。
基督宗教（當時來華的耶穌會士翻譯為天主教）在明朝中後期第三次傳入中國，能否像魏晉時期的佛教一樣，在中國進行廣泛傳播，很大程度上取決於天主教對中國傳統文化的態度。明清兩代，儒家學說已經成為社會主流文化，祭祖尊孔早已是中國傳統文化的核心，傳統禮儀得到社會各界層的高度認同。天主教教義反對偶像崇拜，便與中國傳統文化產生了嚴重對立。利瑪竇為了便利傳教，減少文化衝突，採取了一種變通的傳教策略，大致有以下數點：一是爭取士大夫的同情和支持，因為士大夫在中國社會中起著重要的作用；二是採用適合中國習俗的傳教方式，允許中國士大夫祭祖和祭孔；三是以科學和技術吸引中國士大夫，然後再傳布教義；四是反對武力傳教。也就是在政治上要擁護中國皇帝和官僚階層的統治；在學術上要有高水平；在生活上要靈活適應中國的風土人情。