漠南蒙古包括內蒙古與套西蒙古二區。在清軍入關之前，內蒙古即已歸附清朝，範圍包括東起科爾沁、西到鄂爾多斯的地區，一共有二十四部四十九旗。其中科爾沁、郭爾羅斯、杜爾伯特、扎賚特等四部十旗合為哲里木盟，喀喇沁、土默特等二部五旗合為卓索圖盟，扎魯特、巴林、阿魯科爾沁、克什克騰、翁牛特、喀爾喀、奈曼、敖漢等八部十一旗合為昭烏達盟，烏珠穆沁、浩齊特、阿巴哈納爾、阿巴噶、蘇尼特等五部十旗合為錫林郭勒盟，喀爾喀、茂明安、烏喇特部落等四部六旗合為烏蘭察布盟，鄂爾多斯一部七旗為伊克昭盟。這六個盟直屬於清朝中央政府的理藩院。各旗設扎薩克，管理全旗的政務。還設置有熱河都統，駐防直隸承德府。
在上述六盟之外，又有歸化城土默特，由山西綏遠城將軍統轄。在宣府、大同邊外，還有察哈爾八旗，各設總管，隸屬於察哈爾都統，駐直隸張家口。
在河套西部的阿拉善厄魯特旗和額濟納土爾扈特旗，合稱為套西二旗，游牧於河套賀蘭山以西，各自為部，不設盟（參見《清烏里雅蘇台將軍轄區、內蒙古與套西蒙古示意圖》）。