清政府在雍正十一年（1733年）設立定邊左副將軍（即烏里雅蘇台將軍），統轄漠北喀爾喀蒙古四部及科布多（今吉爾格朗圖）、唐努烏梁海地方，駐烏里雅蘇台（今扎布哈朗特），通稱外蒙古。
在蒙古族游牧地區，清政府採取隨俗而治的方法，仿照滿族的八旗制度並加以改造後，實行盟旗制度。旗的長官稱為札薩克，掌管一旗之內的軍政與民政等事務。數旗合在一起，組成一盟。盟的長官稱為盟長，設正副二人，負責主持各旗的會盟事務，並且代表皇帝監督各旗。
喀爾喀四部為北路土謝圖汗部二十旗、東路車臣汗部二十三旗、西路扎薩克圖汗部十九旗及中路三音諾顏部二十四旗；科布多設置參贊大臣，管厄魯特、烏梁海十七旗；唐努烏梁海在喀爾喀蒙古西北部，分為五旗（庫蘇古爾烏梁海旗、托錦烏梁海旗、薩拉吉克烏梁海旗、唐努烏梁海旗和克穆齊克烏梁海旗）和四十六佐領，分別隸屬於烏里雅蘇台將軍、扎薩克圖汗部及三音諾顏部。
在第二次鴉片戰爭後的同治三年（1864年），俄國通過與清政府簽訂的《中俄勘分西北界約記》，割去了唐努烏梁海西北十佐領及科布多所屬阿爾泰淖爾烏梁海二旗。之後在同治八年（1869年）簽訂的《科布多界約》和《烏里雅蘇台界約》兩個界約，進一步完善了俄國對這些地區的侵佔。光緒九年（1883年）又勘改科布多邊界，按《中俄北京條約》劃定了兩國邊界。
光緒三十二年（1906年），清政府設阿爾泰辦事大臣，駐承化寺，分管科布多西南部阿爾泰烏梁海、新土爾扈特、新和碩特三部地區。
1911年，唐努烏梁海中部二十七佐領為俄國強佔，東部九佐領為當時宣布「獨立」的喀爾喀封建領主佔領。