（1）西藏辦事大臣及其轄區
清朝取代明朝以後，對西藏地區的治理更加嚴密，使中央政府在西藏地區行使主權管轄的施政進一步制度化、法律化。清朝初期，順治皇帝幾次邀請達賴五世進京。順治九年（1652年），達賴到北京覲見，受到了順治皇帝的隆重款待，考慮到達賴在京期間的居住問題，順治特意讓人修建了一座規模宏大的黃寺；第二年，順治皇帝頒賜金冊、金印，冊封達賴為「西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛」，從此正式確定了達賴喇嘛的封號及其在西藏的政教地位。康熙五十二年（1713年），康熙皇帝又冊封駐在日喀則的五世班禪羅桑益西為「班禪額爾德尼」，正式確定了班禪喇嘛的名號。至此，西藏政教合一的統治體製得到了清朝的正式承認，同時，也確立了清朝在西藏的統治地位。
早在明朝末年，蒙古顧實汗的力量就已進入到了西藏，因此在五世達賴喇嘛去世後，西藏便處於顧實汗的孫子拉藏汗與攝政第巴（行政官）桑結嘉措的聯合執政時期。在此期間，圍繞真假六世達賴喇嘛（即第巴所立倉央嘉措和拉藏汗所立意希嘉措）之爭，西藏統治集團內部出現了嚴重的分歧，使西藏政局動蕩不安。康熙四十四年（1705年），桑吉本想將拉藏汗毒死，並將蒙古在西藏的勢力趕走，不想事情敗露，反被拉藏汗打敗殺死。到了康熙五十六年（1717年），桑吉的下屬與新疆的準噶爾部勾結，殺死拉藏汗，使西藏陷入一片混亂之中。康熙皇帝為了維護祖國的統一，安定西藏的局勢，命令皇十四子胤禵為撫遠大將軍，坐鎮西寧，調撥大軍從雲南、四川、青海三路入藏。康熙五十九年（1720年），清軍將準噶爾兵逐出了西藏。在清軍勝利進藏的同時，清政府將駐於西寧塔爾寺的噶桑嘉措正式冊封為六世達賴喇嘛，然後，康熙皇帝讓都統延信率兵從青海的西寧護送六世達賴入藏「坐床」，封拉藏汗的部屬康濟鼐為貝勒，負責前藏政務，頗羅鼐為台吉，管理後藏事宜。
雍正四年（1726年），清政府劃分西藏和四川、雲南的地界，將昌都、洛隆宗、桑昂曲宗等地劃給西藏，將中甸、阿墩子（德欽）、維西劃歸雲南，而巴塘、里塘、康定、德格等地仍屬四川。四川、雲南、西藏三方隨後又派官員會勘了地界，在金沙江以西的寧靜山山頭豎立了界碑，確定了雲南、四川藏區與西藏的地理分界。
雍正五年（1727年），西藏發生叛亂，康濟鼐被叛軍所殺。在叛軍被平定之後，清政府封頗羅鼐為郡王，負責全藏政務。清朝還從這一年開始，設立駐藏大臣辦事衙門，派遣駐藏大臣、幫辦大臣各一名，前者駐拉薩，後者駐日喀則，代表中央政府監督西藏地方行政。
頗羅鼐死後，他的兒子珠爾默特那木札勒繼承郡王爵位，隨後發動叛亂，想要割據西藏，但被達賴和西藏地方政府平定。有了這次的教訓，清政府決定改革原有的西藏行政體制，在乾隆十五年（1750年），廢除了郡王、貝勒掌權的制度，規定了由駐藏大臣（直接管轄藏北三十九族和達木蒙古地區）與達賴共同裁處西藏事務的體制。下設「噶廈」作為西藏的地方政府，由四個地位平等的噶布倫組成，在駐藏大臣與達賴的領導下，分別管理西藏的衛（前藏）、藏（後藏）、喀木（康）、阿里等四區的政務。此外，清政府還派遣軍隊長期駐紮在西藏，用來加強對西藏的統治。
六世班禪死後，他的哥哥仲巴胡圖克圖與弟弟舍瑪爾巴之間因分財產不均而發生矛盾，舍瑪爾巴勾結尼泊爾的廓爾喀入侵西藏。乾隆皇帝再一次派兵入藏，趕走了侵擾西藏的廓爾喀軍。為了鞏固對西藏的統治，清政府在乾隆五十八年（1793年）頒布了《欽定藏內善後章程》二十九條，明確規定駐藏大臣的地位與達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等，達賴與班禪及其他大活佛轉世，要在駐藏大臣的監督下通過「金瓶掣籤」（將最後的幾位候選人名字放在一個金瓶中抽籤決定）確定，此外還就邊界軍事防務、對外交涉、財政稅收以及寺院的供養和管理等作了規定。這是清朝中央政府全面加強對西藏地方統治的重大措施。從此，駐藏大臣的政治權力更加鞏固，達賴喇嘛和班禪額爾德尼平等的宗教地位和政治地位進一步確立。此後一百多年，這一章程所確定的基本原則一直是西藏地方行政體制和法規的藍本。
道光二十年（1840年），與西藏阿里西部接壤的克什米爾侵入阿里區內的拉達克，佔領了這一地方。道光二十六年（1846年），英國將克什米爾吞併，拉達克隨即被併入了英屬克什米爾。
光緒十六年（1890年），清政府被迫與英國簽訂《藏印條約》，劃定西藏與哲孟雄（錫金）的邊界，西藏春丕以南等地被劃歸哲孟雄，並規定哲孟雄歸英國保護。
（2）青海辦事大臣及其轄區
清朝初年，漠西厄魯特蒙古的和碩特部，在準噶爾部的逼迫下，由新疆遷到了青海北部。隨後，和碩特部即接受了清政府的封號。康熙年間，清政府平定噶爾丹叛亂，噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦趁機兼并了青海的和碩特部，並鼓動和碩特部親王羅卜藏丹津在雍正元年（1723年）舉兵反清，發動叛亂。
雍正元年十月，叛軍首先在西寧府周圍的一些地方發動進攻。與此同時，西寧附近喇嘛寺院的僧人，在羅卜藏丹津煽惑之下，亦多起而叛亂。
針對當時叛亂的形勢，清政府立即命令川陝總督年羹堯為撫遠大將軍，徵調四川陝西的軍兵，進駐西寧；同時，又命四川提督岳鍾琪為奮威將軍，襄贊軍務。清軍為防止叛軍內犯和入藏，在多處部署了兵力。之後，清軍分路進攻西寧周邊各處叛軍，羅卜藏丹津被迫率軍西逃，叛亂很快就被平定了。
羅卜藏丹津叛亂被平定後，清政府採取年羹堯的建議，實行了一系列善後措施。先是在雍正三年（1725年）對青海地區的行政建置實行了改革：改西寧衛為西寧府，下設兩縣（西寧縣、碾伯縣）、一衛（大通衛），命令副都統達鼐為首任「辦理青海蒙古番子事務大臣」（簡稱青海辦事大臣，又稱西寧辦事大臣），管理青海蒙古各旗和藏族部落政務。然後在雍正六年（1728年），仿內蒙古札薩克制，將青海北部的蒙古部族，編為五部二十九旗，即和碩特部（和西前旗、和北前旗、和東上旗、和南右中旗等二十一旗）、土爾扈特部（土南前旗、土南後旗、土西旗及土南中旗等四旗）、綽羅斯部（綽北中旗、綽南右頭旗二旗）、輝特部輝特南旗和喀爾喀部喀爾喀南右旗。又在青海南部設立玉樹等四十土司。從此，青海地區完全置於中央政府的直接統治之下。