清朝初年，清軍在平定西南地區的過程中，由於盤踞在各地的土司並沒有對他們構成威脅，於是清政府經過仔細考慮後，決定維持明朝的狀況，讓這些土司暫時存在下去。不僅如此，對新歸附的民族首領，也讓他們擔任新的土官，因而增設了不少土司。但是對這些土司所潛在的割據性，清政府並沒有掉以輕心。特別是到了全國統一之後，土司統治地區所暴露出來的問題日益嚴重，有些大的土司轄地幾百里，擁兵數千過萬，驕橫不法。如何使土司儘快走到改土歸流的軌道上來，以符合統一國家的要求，便成了清政府需要解決的一個問題。到了康雍乾時期，清朝國力強盛，加上雍正皇帝又是一位銳意進取的君主，因此大規模改土歸流的工作便率先從西南地區推行開來。
雍正四年（1726年），雲貴總督鄂爾泰幾次上疏雍正皇帝，力陳廢除土司制度、實行改土歸流的必要性，請求下令立即推行。他的建議同時還包括了一些如何在改土歸流中具體運用的方法。雍正皇帝採納了鄂爾泰的建議，讓他負責辦理改土歸流的事宜。
於是在雍正四年（1726年）五月，鄂爾泰率領軍隊首先平定了貴州長寨土司的叛亂，設立長寨廳（今貴州長順），拉開了雍正年間改土歸流的序幕。不久，鄂爾泰又派哈元生領兵打垮了製造叛亂的四川烏蒙土知府祿萬鍾與鎮雄土知府隴慶侯的勢力，分別改設為烏蒙府（今雲南昭通）與鎮雄州，改屬雲南管轄，派流官上任進行治理。雲南與貴州兩省改土歸流的巨大聲勢，很快波及了廣西。為了使雲貴廣西的改土歸流事務便於統一籌劃，雍正皇帝又特意在雍正六年任命鄂爾泰為雲南、貴州、廣西三省總督。並在同年，命令貴州按察使張廣泗在貴州東南部地區推行改土歸流政策。張廣泗於是帶領軍隊深入到苗、侗等族居住的一些村寨，設置了廳，由同知來負責處理當地的民事。廣西是壯族聚集區，在當時的一百多位土官中，泗城土知府岑映宸最為霸道，為所欲為，清政府於是用強制的手段讓岑映宸交出了敕印，把他遷往浙江進行安置。思明州的土知府黃觀珠，由於無力控制轄區內各寨的頭人，便主動向清政府請求，將洞郎等五十寨改為流官管理。柳州、思恩、慶遠等地的土官也迫於土民要求改土歸流的壓力，向清政府交出了武器。這樣，廣西境內的大部分土司也都完成了改土歸流。在形勢壓力下，與雲南、貴州、廣西接壤的湖南、湖北、四川等省的土司，也紛紛請求交出世襲領地與土司印信，歸政中央政府。這樣，到雍正九年（1731年），西南地區的土官大部分被改置為中央政府的流官，改土歸流的任務基本完成了。清朝政府在這些地區設置府縣的同時，又增設了軍事機構，並且清查戶口，丈量土地，徵收賦稅。
然而，在改土歸流之後，仍然有一部分原來的上層土司不甘心自己職權的喪失，夢想有朝一日仍能恢複土司制度。於是當他們看到一些清軍在新設府縣的地區，軍紀不嚴，對當地的百姓任意搶掠，而有的新赴任的流官在治理方面又缺乏經驗，不擅管理，甚至有的官員利用職權進行貪贓勒索時，便以為復辟的時機已到，開始製造叛亂。於是在雍正十三年（1735年）的春天，居住在貴州古州、台拱地區的苗民上層人士煽動當地的老百姓發動叛亂。雍正皇帝雖然派軍隊前去鎮壓，但卻沒有能夠平息。一直到乾隆元年（1736年）乾隆皇帝繼位後，任命張廣泗為七省經略，才最終將這場叛亂平定。清政府從中吸取了教訓，為了鞏固已經改土歸流地區的統治，下令取消新區的賦稅，並按照當地的習俗審理民事訴訟，取得了較好的效果。
雍正年間的改土歸流雖然只是在西南少數民族的部分地區實行，但畢竟加強了中央政府對邊疆的統治，減輕了當地少數民族人民的負擔與災難，順應了時代發展的要求，在一定程度上起到了有利於邊境少數民族地區社會經濟發展的積極作用。