歷史上改朝換代，幾乎都要對前代的行政區劃有所改動，但清應當算是一個特例。因為清秉承明制，幾乎沒有什麼變革。
清朝建立後，在關內地區設置行省，改承宣布政使司為省，作為地方最高一級的行政區劃。除了明朝原設的十三省之外，順治元年（1644年），改明代北直隸為直隸省。二年，又改南直隸為江南省。到了康熙年間，由於覺得十五省的區划過大，不便於政令的頒布實施，清政府因此決定將一些省的範圍再劃小一些，於是分江南省為江蘇、安徽兩省，分湖廣省為湖北、湖南兩省，分陝西省為陝西、甘肅兩省，這樣全國一共設有十八省，也稱「內地十八省」（參見《清嘉慶二十五年〔1820年〕疆域政區示意圖》）。
內地十八省的格局，自康熙朝歷經雍正、乾隆、嘉慶、道光、咸豐、同治六朝兩百多年沒有改變。這十八省分別是：
（1）直隸省初治真定府，康熙八年（1669年）移治到保定府（今河北保定），北境較明北直隸有所擴展。
（2）江蘇省清初稱江南省，治江寧府（今江蘇南京）。康熙六年（1667年）分江南省東半江蘇省，治蘇州府（今江蘇蘇州）。
（3）安徽省康熙六年分江南省的西半而置。初寄治江寧府，乾隆二十五年（1760年）治安慶府（今安徽安慶）。
（4）山西省治太原府（今山西太原），北境比明山西布政使司有所擴展。
（5）山東省治濟南府（今山東濟南），不再轄有明時山東布政司所包括的遼東都司地區。
（6）河南省治開封府（今河南開封）。
（7）陝西省康熙二年（1663年），將陝西省一分為二，東部仍稱陝西省，治西安府（今陝西西安）。
（8）甘肅省康熙二年（1663年），分陝西省西部為鞏昌省，五年又改稱甘肅省。初治臨洮府，乾隆三年（1738年）移治蘭州府（今甘肅蘭州）。
（9）浙江省治杭州府（今浙江杭州）。
（10）福建省治福州府（今福建福州）。康熙二十三年（1684年），增領台灣澎湖諸島。光緒十一年（1885年），又分福建台灣府設立台灣省。
（11）江西省治南昌府（今江西南昌）。
（12）湖北省康熙三年（1664年），分湖廣省北部而置湖北省，治武昌府（今湖北武漢）。
（13）湖南省康熙三年（1664年），分湖廣省南部設立湖南省，治長沙府（今湖南長沙）。
（14）廣東省治廣州府（今廣東廣州）。
（15）廣西省治桂林府（今廣西桂林）。
（16）四川省治成都府（今四川成都）。與明四川布政使司相比較，西境擴展，南境縮減。
（17）雲南省治雲南府（今雲南昆明）。與明雲南布政司相比，東北境有所擴展。光緒年間，雲南西部的茶山、麻栗壩等地，鐵壁、虎踞、天馬、漢龍等關劃歸英屬緬甸，雲南南部的烏得、孟烏二土司劃給法屬交趾支那（今越南）。
（18）貴州省治在貴陽府（今貴州貴陽）。與明貴州布政使司相比，西北境有所擴展。
清朝內地十八省的各自轄區範圍，與現在我們名稱相對應的各省的幅員相比，差別不是很大，除了分置台灣、寧夏與海南三省及京、津、滬、渝四個直轄市之外，沒有什麼根本性的變化。
清朝不僅在省的劃分上大體承襲明朝的舊區劃，而且在官員的設置方面，也繼承了明朝的制度。清朝採用明代的總督巡撫制度，以總督、巡撫作為地方上的最高一級行政長官，而且把總督、巡撫的轄區調整到與明朝的省界相一致。但是，由於按照明制，省的長官應當稱為布政使，而不是總督、巡撫，因此清朝的省實際上並不是正式的地方最高一級行政區劃的稱呼，而只能說是一種俗稱。
一般來說，清朝的每個總督統轄兩三個省，主管軍事，兼管民政和監察地方官員。到了乾隆年間，將總督設置的數目確定下來，一共設立了八個總督，分別是直隸、兩江、閩浙、陝甘、湖廣、兩廣、四川、雲貴總督。不過這八個總督的轄區並沒有完全覆蓋清朝的內地十八個省，山東、山西、河南三省就不設總督，而只設巡撫。巡撫通常只管轄一省，負責一省的民政事務。不過，也有例外，直隸、四川及甘肅三省就沒有巡撫。因此，清朝的巡撫一共只有十五個：山東、山西、河南、陝西、江蘇、安徽、浙江、福建、江西、湖北、湖南、廣東、廣西、雲南及貴州巡撫。
由於總督、巡撫統管一方，權力很大，因此，清朝前期和中期，多讓滿人與漢軍旗人擔任總督、巡撫的職務。康熙時期，漢人擔任總督、巡撫的「十無二三」；乾隆時期，巡撫一職，雖然滿人與漢人各佔了一半，但總督大多仍是由滿人出任；到了咸豐年間以後，由於鎮壓太平天國起義軍的需要，這種情況有所改變，漢人充任總督、巡撫的逐漸增多起來。
總督、巡撫在各省的輔助官員是布政使（又稱藩司）和按察使（又稱臬司），原來明朝在地方上所設的都指揮使一職，由於衛所制度的廢除而被裁掉了。布政使分管一省的民政財政，按察使則掌管一省的司法刑獄。清朝中期以後，布政使和按察使實際上已淪為總督與巡撫的屬吏。另外還需要說明的是，照理由於布政使司是省級政府，一省只應該有一個，但是江蘇省卻出現了設有兩個布政使司的現象。江蘇省本來已有江蘇布政使司，駐在蘇州府。但在乾隆二十五年（1760年），又增設了江寧布政使司，駐在江寧府，與江蘇布政使司劃區分治。這樣，就使蘇州府與江寧府並為江蘇省的省會。
布政使司與按察使司的輔佐官員稱道員，其中由布政使司的參政、參議派出的道員，駐守在一定的地方，有固定的轄區，稱為分守道，主管錢穀政務；由按察司的副使、僉事派出道員，分巡某一區域，稱為分巡道，主管刑獄案件。乾隆年間以後，雖然道員由原來的臨時派遣變為了地方實官，但是實際上道並沒有成為一級行政區劃，而只能稱為一級准政區。在分守道與分巡道之外，清朝在各省還設置有不少沒有區劃的專職道員，如督糧道、鹽法道、河道、驛傳道、海關道等。
清朝省以下的地方行政區劃分為府（直隸州、直隸廳）、縣（散州、散廳）三級，又恢複了單式的三級制。
府是省以下的一級行政區劃，其下轄縣（州、廳）。府的行政長官稱為知府，首都所在的順天府與陪都所在的奉天府，由於地位重要，其長官叫做府尹，用來與一般的知府相區別。知府總領一府的事務，凡是一府的政務，必須經由知府上達給上一級的長官總督或者巡撫，獲准許可後，才可以執行。知府的佐貳有同知、通判、推官等。雍正中期，全國共設有一百六十七府，到了乾隆年間，增加到一百八十四府。光緒二十五年（1899年），又增為一百八十七府。到清朝末年，全國共有府兩百多個。
清朝初年，知府佐貳官員中的推官被裁撤掉以後，另外的兩個佐貳同知、通判便多被派到府內各地分防，時間一長，其駐各地的辦事機構便演變為一種新的行政單位——廳。在邊境少數民族聚居地區中不適宜設置州縣的地方，也設廳，同知或者是通判便成為了廳的行政長官，負責管理廳內的事務。清朝的廳分為直隸廳和散廳，直隸廳隸屬於布政使司，地位與府或直隸州相當，但是很少轄縣；散廳一般隸屬於府，與縣同級。光緒末年，全國有直隸廳、散廳一百多個。
州也有直隸州與散州之分。直隸州直屬於布政使司，與府相當，其下轄縣，只是規模略小而已；散州隸屬於府，與縣相當，其下不再領縣。直隸州與散州的行政長官都稱為知州，掌管一州的事務，佐貳有州同、州判等官，分別負責糧務、水利、防海、管河等方面的事情。到了光緒末年，全國共設有兩百多個直隸州與散州。
縣是地方最低的一級行政機構。縣的行政長官稱為知縣，是親民之官，直接統治本縣的人民。有關賦役、訴訟、文教等方面的事情，都由知縣管理。佐貳有縣丞、典史各一人，還設有主簿一職。清朝末年，全國一共設有一千三百五十八個縣。