明朝時期，雲南、貴州、兩廣、湖廣以及四川等地，自然條件差別甚大，民族眾多，除居有漢族之外，還有苗、瑤、彝、傣等少數民族，他們的社會發展也極不平衡。我們在前文提到過，元代曾經在少數民族聚居區設立土司制度，進行管理。
明朝初年，太祖朱元璋用幾十萬大軍平定西南各省後，為了加強控制這些地區，於是承襲了元代的統治制度，設置土司進行管理。朱元璋下令，凡是西南夷的世襲首領前來歸附的，即用原官授之。為了便於控制，到了洪武末年，這些土司被分為了武職土司與文職土司兩個系統，其中以武職土司為主，文職土司為輔。武職土司有宣慰使司、宣撫司、安撫司、招討司、長官司及蠻夷長官司等，隸屬於各省的都指揮使司，再上達到中央政府的兵部；文職土司有軍民府、土州、土縣，隸屬於各省的布政使司，然後再上到中央政府的吏部。明朝中期以後，文職土司地位有所上升，有的也可以統轄武職土司，當時的永昌軍民府就轄有四個安撫司與三個長官司。另外還需要說明的是，雖然明朝中央政府規定了文武土司的職官區分，但實際上，土官們並沒有依照明朝政府的這一規定按文武分職行事。
土官多數為世襲，少數選用。世襲者是世居本土的酋長，被選用的多為外地流寓本土者。土官的襲替，依例需經批准，九品以上雖在萬里外，也應赴京受職。土司還有繳納賦稅、定期向明朝朝貢、修築驛道、服從徵調的義務。如果不遵從法度，朝廷則予以制裁。但對各自境內的治理，則皆因其俗。關於土官的考核，由土官本衙門將土官的事迹驗實後，申報布政使司和按察使司進行。土官的升遷，主要是以政績優劣區分尊卑等差。如果土官幫助朝廷征伐有功，便能擢升較高的職位，官署也可升格。另外，土官級別的高低，還和其所處的地理位置及與朝廷的依附程度有關。地處腹里的土司，接近內地，朝廷威力所及，所授官職就較低；地處徼外的土司，朝廷威力不及或較弱者，則往往授以高職。為有效地控制各級土官，明廷還在土司設置流官佐治。各宣慰、宣撫司中的經歷，安撫、長官司及土州中的吏目、土縣的典史等官員，大多由流官擔任。少數土府州還同時設置了兩知府、知州、知縣，流官負責掌印，主府、州、縣事；土官則專司土民及巡捕盜賊。
據《明史·地理志》記載，有土府十九、土州四十七、土縣六，宣慰司十一、宣撫司十、安撫司二十二、招討司一、長官司一百六十九、蠻夷長官司五。
明朝推行的土司制度，對穩定南疆和對少數民族地區的統治，起了一定的積極作用，但其中存在的弊病也日益顯露出來。土司的世襲造成了割據勢力的事實存在，而土司之間，為了爭奪領地、承襲權力而相互仇殺、內訌的事情，也不時發生，有的甚至導致朝廷需要動用武力才得以平息解決。針對這種情況，明廷於是在一些矛盾比較突出的地區實行改土歸流。改土歸流的主要內容就是廢除土司，代之以府州縣及衛所，由中央政府派遣官員前去治理，或者是廢除府州縣中的土官，全部由流官統治，同時丈量土地，規定所交賦稅的數量，設立駐兵進行防守等，從而使整個土官制度納入地方行政系統之內。例如永樂十一年（1413年），思州（今貴州岑鞏）宣慰使田琛和思南（今貴州思南）宣慰使田宗鼎兩個人由於爭地而相互攻殺，打起仗來。田琛自稱「天主」，讓黃禧擔任大將，率軍攻進思南宣慰使的衙門所在地鎮遠，將田宗鼎的弟弟殺死，並把田宗鼎家的祖墳掘掉。明成祖得知消息後，便命令顧成率領五萬大軍前去鎮壓，結果把田琛及黃禧抓捕到京師（南京），田宗鼎自己也來到京師請罪。明成祖將他們三人一一問罪後斬首。之後明成祖裁撤這兩個土司，把思州與思南之地分為八府四州，設立了貴州布政使司。又如宣德初年，貴州永從蠻夷長官李瑛死後，無人繼嗣，於是明政府便在該地改設流官。嘉靖末年，廣西龍州土知州與副使之間發生仇殺，明朝政府平息事件後，即把該地改土歸流。萬曆年間，明朝平定播州土司楊應龍叛亂後，在該地設遵義、平越二府，分隸四川、貴州。但是需要說明的是，因為土官世代相襲，勢力根深蒂固，明代在推行這一政策時，一些地方，由於土官的抵制而出現了不斷反覆的情況。比如四川馬湖府在明孝宗弘治年間時，設有流官，到了嘉靖初年，已有兩次改土歸流的經歷，雖然如此，但結果仍是「流官再設而土夷隨叛，殺人奪地比昔更甚」，明廷不得不在這一地區恢複土司制度。因此明代改土歸流政策的實施，只是開了一個頭，這一政策比較徹底和大規模的推行，則是要等到清代中期，部分土司甚至一直延續到了民國時期才完成改土歸流。