我們在前面已經說過，元代在地方上的最高行政區劃是行省，在行省之下又有路、府、州、縣等級別的區劃。然而由於元代的行省大多轄區較廣，中央政府時常感到鞭長莫及，因此，為了加強管理，便在離行省中心較遠的地區，又分道設立宣慰司，負責協調臨近路、府的軍民事務。元代一共有山東東西道（治益都路）、荊湖北道（治中興路）、湖南道（治天臨路）、海北海南道（治雷州路）、河東山西道（治大同路）、四川南道（治重慶路）、廣東道（治廣州路）、福建道（治福州路）、淮東道（治揚州路）、浙東道（治慶元路）、廣西兩江道（治靜江路）等十一個宣慰司道。宣慰司道向上承接省的政令，向下傳達到各縣，然後又將各縣的一些請求向上傳遞到省，承上啟下，兼有行省派出機構和介乎省、路之間一級行政機構的職能，因此，宣慰司道也被當做省之下的一級行政區。
在邊疆少數民族聚集區，還設有宣慰司。如在雲南行省就設有羅羅斯（治建昌路）、烏撒烏蒙（治烏撒路）、曲靖（治曲靖路）、臨安廣西元江（治建水州）、銀沙羅甸（治銀沙羅甸）、大理金齒（治永昌府）及八百（治八百）七個宣慰司；在湖廣行省設有八番順元（治貴州）宣慰司。從這些宣慰司所統轄的路數與管轄範圍的規模來看，都比不上上面我們所提到的那十一個宣慰司道。再有，由於這些宣慰司主要用來協調軍事方面的事宜，因此，又常被稱為宣慰使司都元帥府。雖然名稱有些變化，但是其長官仍叫宣慰使，並不被授予元帥的頭銜。
另外，在少數民族居住區還設置有宣撫司、安撫司等，由宣慰司統領。比如湖廣行省就設立了順元、播州、思州宣撫司，慶遠南丹、乾寧安撫司；雲南行省也設立了麗江路、威楚開南、廣南西路宣撫司；四川行省也有敘南宣撫司與永順安撫司等。
這些設在少數民族地區的宣慰司、宣撫司與安撫司等官員的正職都設達魯花赤，而副職則由土人擔任，因此又被稱為「土司」。興起於元朝的土司制度，是中央政府在少數民族居住區所實行的一種特殊政策，它不同於自秦漢以來在少數民族地區所實施的羈縻政策，即中央政府不在少數民族地區設立正式的行政區劃，而是讓當地的部族首領自行治理。元代土司職位是世襲的，但在承襲時要得到元代中央政府的批准，不然就要興師問罪。史書上就記載了這樣一件事。在至元十七年（1280年），土官亦奚不薛生病後，沒向皇帝稟告便自行將他的官職轉給了他的從子。元世祖得知後，非常生氣，斥之為「無人臣禮」，發兵討伐。亦奚不薛見此情況，只得親自出面，向世祖謝罪，元軍才撤回都城。這說明了元代中央政府對土司的控制還是有一定的力度的。總之，土司制度與羈縻政策相比較，治理的方式顯然進了一步，已經將間接統治變成了直接統治，雖然這種管理與漢族地區設置的正式行政區劃還有一定的差距。