當葉企孫於凄苦中悄然作別世界的時候，同儕中蟄伏嶺南的陳寅恪已去世七年有餘。再過一年零一天，病卧陝西涇陽家鄉的吳宓，也將命赴黃泉，在另一個世界與陳、葉等清華好友團聚一堂。
1942年8月，任教於西南聯大的吳宓被教育部聘為英國文學「部聘教授」。按規定，每個學科在全國範圍內只有一人，本次共選出「部聘教授」十六人，分別是陳寅恪、陳建功、吳有訓、吳宓、曾昭掄、周鯁生、張其昀、徐悲鴻、李四光、柳詒徵、梁希、湯用彤、胡小石、蘇步青、茅以升、黎錦熙。當年「哈佛三傑」陳寅恪、湯用彤、吳宓同時位列其中，可見「三傑」之說並非虛妄。教育部此舉，對抗戰時期正處於艱難困苦中的知識分子是一個鼓舞。據《吳宓日記》說，清華外文系主任陳福田「首來函（英文）道賀」，但吳認為「此固不足榮，然得與陳寅恪（歷史）、湯用彤（哲學）兩兄齊列，實宓之大幸矣！」
在吳宓心中，此時的陳福田是否內心發點酸水，或假做恭維狀來個貓賀老鼠等，已經不重要了。重要的是自己的學術水平和勞動成果得到了政府承認並賜以榮譽，且與陳寅恪並列齊肩，這是特別引以自豪的。當然，一旦成為部聘教授，也有經濟上的實惠，除由教育部每月支付薪金600元，另外還有每月400元的研究費。而當時一般教授的薪水每月僅為360元，可見這個實惠也確實有點實在的東西。
自抗戰軍興，吳宓由北平轉長沙、蒙自，再至昆明的近六年間，生活過得並不愉快，費盡苦心追求的毛彥文，儘管那個大自己幾十歲的糟老頭子早已死掉，但對吳宓的痴情與數十次透著火辣辣感情的書信不復一言，甚至讓其亡夫熊希齡的同鄉沈從文將不曾拆封的吳宓來信原封寄回，且在信封上注有「永勿來信」的大字以示警告。除毛彥文外，在吳宓心中掀起愛情波瀾的另外幾位女子如K、絳珠、黎憲初、盧雪梅、高棣華、陳仰賢、張爾瓊等等，無一人對其傾心相注。而吳宓在清華與西南聯大的學術地位，也非當年可比。思想文化的差異，對政治、人事認識的不同，以及上下左右甚至同事間的傾軋，隨著越來越複雜的環境變化令他戰戰兢兢，如履薄冰。在抗戰前的1937年6月29日，《吳宓日記》曾記載過一件令他不快與警覺之事：「12：00方午餐，文學院長馮友蘭君，送來教育部長公函，擬舉薦宓至德國Frankfourt-am-Main之中國學院任教授。月薪僅四百馬克，不給旅費。按此職即昔年丁文淵君所任，原屬微末，而校中當局乃欲推薦宓前往。此直設計驅逐宓離清華而已。蛛絲馬跡，參合此證，則此次系主任易人之事，必有一種較大陰謀與策劃在後，宓一身孤立於此，且不見容，誠可驚可悲矣！」好在此次吳宓還算心中有數，沒有落入馮友蘭等輩設下的圈套而被驅出清華。
抗戰爆發，清華南遷後的1937年11月19日，吳宓一到長沙，就得悉臨時大學文學院設于衡山聖經學院並於當日開學，文科教授需赴南嶽授課。下午，吳宓赴長沙北門外麻園嶺22號清華辦事處報到，5點30分赴湘雅醫院內湖南省教育廳長朱經農宅拜訪。據《吳宓日記》載「先見朱，次梅貽琦校長出。宓向梅陳述北平近況，及清華被日兵佔據情形，甚詳。梅但頷首而已，似頗冷落。宓出。時，雨甚大，宓躑躅泥路中，燈少，昏黑不能見，往返迷途。」
從上述兩則日記所述內容，不難見出清華高層對吳宓的態度，亦可見吳在清華中的地位之尊卑。而這種狀況，到了昆明西南聯大似未改變，1939年11月17日，吳宓在日記中就當日宴會情形又發了一番感慨：「宓深感宓近者與公宴，論年則幾為最老，敘座則降居最末。今晚即然。其上皆校長、館長、教務長、院長，宓僅教授而已。愈可見宓在此世間之失敗而不容戀戀矣！」
此事在吳的內心引起的悲憤之情未平，又出現了錢鍾書被陳福田、葉公超等輩排擠出清華之事。儘管年輕氣盛的錢鍾書曾公開放言「西南聯大的外文系根本不行；葉公超太懶，吳宓太笨，陳福田太俗」等狂話，但天生「傻得可愛」的吳宓總是站在愛護後進的角度不以為忤。只是「太懶」的葉公超與俗人陳福田二人合力設謀，把個狂妄書生兼才子錢鍾書一腳踢出門外，任其流落他鄉。吳宓對陳、葉二人向校長梅貽琦進獻讒言大為不滿，認為彼輩「殊無公平愛才之意」、「皆妾婦之道也」，並以悲天憫人的情懷為錢鍾書重返聯大奔走呼籲。但「終憾人之度量不廣，各存學校之町畦，不重人才」而作罷。
因了這一連串的事件，吳宓對陳、葉二人大為不滿，彼對吳宓亦心存芥蒂，雙方之間屢生齟齬，裂痕漸大，促使吳宓萌生去意。1940年1月29日，吳宓突然收到西北大學校長鬍庶華和教育部次長顧毓琇的電報，敦請其為西北大學文學院院長。吳考慮再三，複電顧次長並轉胡校長「敬謝雅命」。但在嗣後的半年多時間裡，是否往西北大學又幾經反覆，頗為躊躇。1940年7月26日，吳宓同時接到浙江大學和西北大學的聘電，且均言明月薪之數，浙大為380元，西大為460元。吳宓對去留問題大費思量，後經清華要好的同事特別是葉企孫勸說，遂決定暫且蟄伏下來，繼續在昆明西南聯大任教。1943年2月，清華評議會決定吳宓於1943—1944年度休假，吳應允在休假期間考慮赴貴州遵義浙江大學與成都燕京大學講學，後因「抗戰期間，應加緊工作」為由延緩休假。
1943年8月4日，吳宓接到陳寅恪由桂林發出的書信，得知陳將於8月中旬攜家赴成都燕京大學任教。吳痛感在昆明經濟窮迫，精神壓抑，工作、生活、愛情等皆不暢快，遂決定赴成都與陳寅恪共同執教燕大。主意打定，吳宓向燕京大學代理校長梅貽寶拍發電報，謂：「宓仍欲來燕京。如可，祈速留止學淑。」時吳宓與元配妻子陳心一生育的長女吳學淑就讀於燕京大學，準備轉學西南聯大，既然吳宓決定赴燕大，轉學的事自然停止。由於吳宓假期一直未能批准，直到第二年的8月，教育部才核定本年度休假進修教授名單，西南聯大為羅常培與吳宓，他們在休假期間可到國外大學進修，亦可在國內其他大學訪學，或者躺在家中睡大覺等，聽憑自願。羅常培謝絕了聞一多、吳晗等「鬥士」讓其留下來共同一「斗」的挽留，毅然決然地應美國朴茂納學院之聘，赴美講學，並任朴茂納大學和耶魯大學訪問教授。此時吳宓結合教學所得，已寫成英文本《世界文學史大綱》《歐洲文學史大綱》《文學與人生》等三本著作，因無暇修訂梓行，遂向梅貽琦報告，欲借休假之機完成以上三書的修訂並譯成中文，同時還因對陳寅恪的牽掛，決定赴成都燕大等校講學。梅貽琦概允，但囑在蓉「只可講學，不可授課」云云。
1944年9月23日，吳宓由昆明出發，經貴陽、遵義、重慶、白沙，於10月26日傍晚來到成都燕大，得以與老友陳寅恪相聚一校。對於二人相見後的情形，吳宓之女吳學昭在《吳宓與陳寅恪》中這樣記述道：「父親與寅恪伯父四年多不見，感到寅恪伯父顯得蒼老，心裡很難過。使他更為擔心的是寅恪伯父的視力，右眼久已失明，唯一的左眼勞累過度，而戰時成都的生活又何其艱難！寅恪伯父有『日食萬錢難下箸，月支雙俸尚憂貧』的詩句，說明物價飛漲，貨幣貶值的嚴重。從父親當時《日記》中的片言隻字，也可看出一二：『晚無電燈，早寢』，『無電燈，燃小菜油燈』，『窗破，風入，寒甚』，『晚預警，途入馳奔』，『旋聞緊急警報，宓與諸生立柏樹蔭中，望黯淡之新月，遠聞投彈爆炸之聲』。」又說：「父親很清楚，對於寅恪伯父來說，視力是何等的重要。然而，使父親最為憂慮和擔心的事，不久還是發生了。」據《吳宓日記》載，1944年12月12日下午，吳步行至華西壩，「訪寅恪於廣益學舍宅。始知寅恪左目今晨又不明……而夫人與幼女亦皆病」。越二日，陳寅恪入醫院治療，因瞳孔之內膜已破出液，後雖經手術治療，但均告失敗，轉英國治療亦無濟於事，最終導致雙眼失明。
吳宓受聘燕京大學國文系教授後，開設「世界文學史」、「文學與人生」等課程，以及《（紅樓夢）評論》等系列講座。吳氏的到來，為燕大增添了光彩，與陳寅恪、蕭公權、李方桂三位教授並譽為「四大名旦」。除燕大課程，吳宓另兼四川大學國文系教授，其間曾赴樂山武漢大學講學，作《紅樓夢》演講。也正是樂山之行，使他在抗戰勝利後與武漢大學結下了一段情緣。
抗戰勝利之前，陳寅恪應牛津大學邀請準備前往講學並治療眼疾。1945年9月14日，陳氏在燕大教師劉適的陪護下，由成都飛昆明，而後由西南聯大教授邵循正陪同轉印度飛倫敦。此時吳宓假期已滿，梅貽琦力促其回昆明，吳為之心動，擬伴陳寅恪飛昆，繼續在西南聯大任教。不慎於8月9日滑跌傷其右胯骨，並左乳突患胸疽，瘡口大如酒杯，濃管集注，狀如蓮蓬，甚是駭人。手術後在妹夫羅清生教授家調養，既無法伴陳寅恪同行，又不得不致信梅貽