當梁思成心中的一代女神林徽因匆匆告別這個世界的時候，在政治夾縫中苟延殘喘的梁思成，與其他留美派教授一樣，自然被視為「資產階級的代言人」和「反動學術權威」在政治風浪中浮沉。
自1955年始，在全國範圍內陸續展開了對「以梁思成為代表的資產階級唯美主義的復古主義建築思想」批判。「文革」開始後，梁思成被造反派打成與彭真一夥的「反黨分子、混進黨內的大右派、反動學術權威」受到批鬥。據梁思成續弦夫人林洙（南按：1962年梁思成與清華大學建築系資料員林洙女士結婚）回憶：「我最怕的事終於發生了。那天我正在系館門口看大字報，突然一個人從系館裡被人推了出來，胸前掛著一塊巨大的黑牌子，上面用白字寫著『反動學術權威梁思成』，還在『梁思成』三個字上打了一個『×』。系館門口的人群『轟』的一聲笑開了。他彎著腰踉蹌了幾步，幾乎跌倒，又吃力地往前走去。我轉過臉來，一瞬間正與他的目光相遇。天啊！我無法形容我愛的這位正直的學者所表現出來的那種強烈的屈辱與羞愧的神情。……那一天回到家裡，我們彼此幾乎不敢交談，為的是怕碰到對方的痛處。從此他一出門就必須掛上這塊黑牌子。看著他蹣跚而行的身影，接連好幾天我腦子裡一直在重複著一句話：『被侮辱與被傷害的』。」
1966年8月，戴紅袖章的紅衛兵造反派以「破四舊」（破除舊思想、舊文化、舊風俗、舊習慣）的名義，開始在校園內外干起了打砸搶燒、殺人越貨的勾當。清華園中的梁家時刻擔心遭到洗劫，但這一天還是到來了。大約9月中旬，一個涼風突起的夜晚，一群「紅衛兵革命闖將」用鐵榔頭砸開了梁家的院門，氣勢洶洶地沖了進來，為首的頭目高聲叫喊著讓梁思成全家站在一個地方，然後衝進屋內翻箱倒櫃地搜查起來。半小時後，見沒有找到心中渴望的值得賣錢的文物和存款，一個頭目模樣的紅衛兵垂頭喪氣地把在櫥房擺放的西餐具中的全套刀叉收到一起（大小共36件），而後一把將站在門口惶恐不安的梁思成拽過來質問道：「家裡藏這麼多刀子幹什麼，是不是想謀反暴動，搞反革命政變？」站在一旁的林洙剛要開口辯解，「啪」的一聲挨了一記耳光，林洙深感委屈又不敢抗爭，雙手捂臉抽泣起來。正在這時，突然從老太太（南按：林徽因之母，一直隨梁思成一家生活）的房間里哇哇亂叫著衝出兩位「闖將」，手裡搖晃著一把寒光閃耀的短劍，大聲嚷道：「蔣介石，蔣介石，我們發現了蔣幫特務的罪證。」眾人大嘩，紛紛擁上前去觀看，只見短劍上鐫刻著「蔣中正贈」四個字。梁氏一家老小見狀大驚失色，梁思成剛要上前解釋，就被一頓亂拳打倒在地，抽泣中的林洙衝上前欲救梁，被幾腳踹翻。紅衛兵頭目趁勢把手往空中一揮，牙縫裡蹦出一個重重的「走」字，一行人攜劍帶刀（具）另抱著一堆搜查的東西，屎殼郎搬家一樣「轟」的一聲擁了出去。老太太見短劍被人掠走，嗚嗚地放聲哭了起來。
事後林洙才知，這把短劍是老太太的兒子林恆當年於空軍航空學校畢業時，校方以「名譽校長」蔣介石的名義頒發的用於禮服上的配劍，當時凡蔣介石擔任校長或名譽校長的軍事院校，學員在畢業時都可得到一把精製的鐫刻「蔣中正贈」的佩劍。在當時的軍人看來，這把佩劍象徵著身份與榮耀，當然還有保家衛國、抵禦外虜的天職與責任。1940年年底，林恆在成都陣亡後，梁思成前往處理後事並把他的遺物帶回李庄，先是藏起來未作聲張，當老太太終於得知這一噩耗，便把部分遺物包括這把佩劍交給林的母親保存。林母在哀痛中把遺物包裹在一個黑色包袱里並放進木箱的箱底，作永久珍藏。這把短劍隨梁家越過千山萬水，終於在北京安頓下來。事隔多年，當梁家老少已經逐漸遺忘的時候，短劍又橫空出世，大禍隨之降臨。
從梁思成家抄出蔣介石親自贈送的寶劍的消息很快在清華園傳開，立即引起了各種政治派系和造反派的高度關注，梁思成遂以「國民黨潛伏特務」罪名，被造反派從家中揪出，關到清華建築系一個場館內，與外界隔離起來，以防「與國民黨內外勾結，助蔣幫竄返大陸」。此時的清華園早已籠罩在白色或謂紅色恐怖之中，造反派在全校展開大搜捕，大批教授被抓，開始在皮帶與棍棒交織爆響中接受殘酷的折磨，幾乎每個星期甚至每一天都有自殺和被殺的消息傳出，整個清華園浸染在鮮血飛濺、人哭鬼叫的哀號之中，梁思成就在這陣陣哀號聲中遭受著日甚一日的殘酷蹂躪與折磨。
遙想1944年秋，衡陽大戰爆發，梁家認識的老飛行員中，最後一位叫林耀的傷員強行駕機參戰，不幸被敵擊中後失蹤。在李庄的林徽因得此消息，於深深的哀痛中，提筆在病床上寫下了醞釀已久的詩行《哭三弟恆》：
弟弟，我沒有適合時代的語言來哀悼你的死它是時代向你的要求，簡單的，你給了這冷酷簡單的壯烈是時代的詩這沉默的光榮是你。
你相信，你也做了，最後一切你交出我既完全明白，為何我還為著你哭？
只因你是個孩子卻沒有留什麼給自己小時我盼著你的幸福，戰時你的安全，今天你沒有兒女牽掛需要撫恤同安慰而萬千國人像已忘掉，你死是為了誰！
詩成時，離林恆殉難已三年。林徽因所悼念的，顯然不只是自己弟弟一人，而是獻紿抗戰前期她所認識的所有那些以身殉國的飛行員朋友們。詩人對這批朋友們寄予了無限深情，以及對民族前途的關懷。正如梁從誡所說，「從中可以看出當時她對民族命運的憂思和對統治當局的責難」，只是想不到「母親當年悲憤的詩句『萬千國人像已忘掉，你死是為了誰！』竟在這批人身上再一次得到印證。這歷史的回聲該有多麼刺耳！」假如林恆地下有知，一定會為當年的舉動痛苦地反思並自問：「我的死到底是為了誰？」
1968年11月，梁思成在遭受長期的折磨、摧殘下，心力衰竭，呼吸短促，生命垂危，急需入院救治。經林洙多次向有關方面寫信請求，最後在周恩來親自過問下，梁被造反派放出，送進北京醫院搶救。當病情稍微穩定後，復被接回清華園繼續接受造反派批鬥。此時梁思成身體已虛弱得不能站立和走動，經學校革委會正、副主任特批，每次召開「斗鬼會」，學校便派人把梁思成從家中抬出來，放在「一輛全清華最破的手推車上，讓他坐在上面，像耍猴似地推到會場」接受批鬥。斗完後，再用這輛最破的小推車像耍猴一樣送回家中。而每次回家，梁思成都像死人一樣長時間緩不過氣來。日復一日的折磨，梁思成已被斗得奄奄一息，不得不再次入院治療。但按清華革委會規定，在治療期間必須繼續寫檢查，交代自己對國家和人民犯下的「滔天罪行」。梁思成已失去了握筆的能力，只得由夫人林洙代勞，但往往又被以「假檢查，真反撲」為由一次次退回重寫。在如此反覆折騰中，梁思成終於走到了生命的盡頭，他於絕望中對悲慟的家人長嘆道：「抗戰八年，我跋山涉水，先長沙，後昆明，再李庄。面對飢餓與疾病，我是過關斬將，終於迎來了勝利之日。現在看來，我是過不了『文革』這一關了！」
梁思成不幸而言中，1972年1月9日黎明，一代建築學宗師溘然長逝。
當年梁啟超、林徽因去世時，作為建築學家的梁思成為其親自設計墓體與墓碑，而當梁思成告別這個世界的時候，已經沒有人膽敢出面為這個清華營建系的開山鼻祖設計一寸墓碑了，不高的山嶺上只有蕭瑟的寒風與風中飄搖的萋萋荒草伴他長眠。
就在梁思成死去三年後的1975年，一直生活在恐懼憂鬱中的葉企孫被解除「隔離審查」，但仍然被指令「只許老老實實，不能亂說亂動」。據葉企孫的侄子葉銘漢回憶說，到了油盡燈枯的晚年，葉企孫自知將不久於人世，心胸遂開朗、坦然了許多。而此時的社會環境亦稍有改善，他的精神分裂症得以好轉。對自己經歷的苦難與冤屈默默忍受，從不向外人訴說的葉企孫，突然有一天，翻出范曄的《獄中與諸甥侄書》，指給一位前來探視的摯友閱看，《書》的首段是「吾狂釁覆滅，豈復可言，汝等皆當以罪人棄之。然平生行己在懷，猶應可尋，至於能不，意中所解，汝等或不悉知。」
范曄是南朝（宋）著名的官宦和史學家，也是備受世人稱道的「前四史」之一《後漢書》主要編撰者，晚年因參與謀立彭城王劉義康為帝，事泄而遭殺身之禍，並株連家人與親朋好友。范與葉的具體情形自然不同，一個是事敗入獄，一個是蒙冤身陷圇圄，想來葉氏心中的冤屈與渴望別人理解自己的情感，要比當年的范氏強烈得多。遺憾的是，在風聲鶴唳、草木皆兵的政治背景下，沒有人敢冒天下之大不韙，去窺探他的「意中所解」，與「悉知」其內心的苦痛與悲涼。
1977年1月10日，葉企孫的侄子葉銘漢從北大將工資取回交給叔父，發現他說話顛三倒四，又出現幻聽症。當天，原清華同事、院系調整後出任北大經濟系教授的陳岱孫也去看望葉企孫，覺得葉說話很不對勁兒，