1943年秋，在中央研究院總幹事任上的葉企孫，因傅斯年的霸道而不堪忍受有職無權的羞辱，毅然辭職離開重慶回到昆明西南聯大，繼續擔任清華大學「特種研究事業」委員會主任。1945年8月，因西南聯大理學院院長吳有訓調任重慶中央大學校長，葉繼任聯大理學院長。抗戰勝利後，西南聯大常委梅貽琦、傅斯年，頻繁往來於重慶、南京、北平之間辦理學校複員事宜，葉企孫被國民政府教育部指定代理清華大學校長、聯大常委並主持聯大校務，成為事實上的西南聯大第一把手。期間，國民政府為實施「種子計畫」，在吳大猷推薦下，葉企孫力挺年少聰敏的物理學天才李政道公費出國學習並取得留美成功。許多年後，李政道頗為感激地說道：「葉師不僅是我的啟蒙老師，而且是影響我一生科學成就的恩師。」
1946年秋，清華大學複員回到北平並於清華園複課，葉企孫擔任校務委員兼理學院院長，是除梅貽琦之外清華第二號實力派人物。1948年年底，梅貽琦倉皇南飛，清華大學很快被中共接管。據葉企孫「文革」期間「交代材料」披露：「清華複員以後，吾曾一度向梅貽琦說：倘有短期出國研究物理學或科學史的機會，吾可以考慮。後來，美國某基金會（我記不清哪一個了）來信，說已給我一個研究科學史的學侶補助金（fellowship stipend），研究地點在麻省理工大學或哈佛大學。吾收到這封信時，人民解放軍已接近北京效區。吾願意留在清華，等候解放。我沒有答覆基金會來信，也沒有去領款。」當葉決定放棄這個機會時，梅貽琦想拉葉離開北平，並有了與葉企孫共同到福建省利用海外保存的清華基金，重新建立清華大學基地的打算，但葉經過一番搖擺、觀望，最後「自信作孽無多，共產黨也需要教書匠」，便決定既不出國也不南飛，堅持留下來迎接對他來說並不了解的新政權。
梅貽琦出走後，清華事務暫由以文學院院長馮友蘭為主席的校務委員會維持。1949年1月10日，中共北平軍事委員會文化接管委員會主任錢俊瑞偕同教育委員會張宗麟等人到清華園正式接收，並由校務委員會主席馮友蘭在大禮堂召集師生，聲明「清華從今日起正式成為人民政府的大學（全體鼓掌一分鐘），並且是人民解放軍第一個解放的大學」。1月30日，即宣告北平和平解放的前一日，中共所屬解放軍二千餘人以參觀的名義開赴清華園，實際是一個佔領儀式。解放軍官兵與清華學生進城工作隊會集於體育館廣場，一起唱歌、呼口號，從自家居室攜妻帶子跑出來瞧稀奇的清華教授們，第一次聽到「中國共產黨萬歲！」「毛主席萬歲！」等口號。這幾句不同凡響的口號，在清華教授心中形成了很大衝擊，多數人不得不認為，天確實變了，人如何變，恐怕要看天行事了。
1月31日，中共代表錢俊瑞受命赴清華園大禮堂演講新民主主義及共產黨政策，有二千餘名師生聽講。就在錢俊瑞在清華講演的同時，清華教授會也因政府欠薪問題緊急召開會議討論。原解放軍北平軍委會文化接管會答應在1月底前為清華教職工發薪一次，但月底來臨，眾人沒有見到一個銅子。於是，參會的眾多教授認為是以馮友蘭為首的校務委員會不夠努力造成的，讓馮速到中共當局催款。馮在原地轉著圈，以各種理由哼哼唧唧地向諸方辯解開脫，仍得不到眾人諒解，一氣之下說：「我在這裡辦學，並不是去討飯。」
生物系一個叫吳征鎰的「先進教員」立即站起來指責道：「這是個思想問題。」據馮友蘭許多年之後反思說：「我當時心裡想，我搞了幾十年哲學，還不知道什麼思想？後來才知道，解放以後所謂的思想，和以前所謂的思想並不完全一樣。」馮支吾不能言，且在會場多次失態。據浦江清當天的日記載：「清華各團體自解放後，盛行檢討之風，而檢討之習慣未養成，所以多意氣和裂痕。馮公說了一舊話，說清華原有一句成語：『教授是神仙，學生是老虎，辦事人是狗！』校務會議在此刻無論怎樣總是錯的，希望不久新政府派校長來也！」
浦江清日記透露了兩個事實：一是此時的馮友蘭已不被眾教授，特別是新派教員們所接受和放在眼裡；另一個則是檢討之風興起之迅猛，令老牌教授們感到措手不及，而隨著政治局勢的變易，這股新風很快掀起滔天巨浪，將涉世未深的書生們淹沒於茫茫大海之中。未久，主持清華校務的馮友蘭被踹到了一邊，另以吳晗為軍代表，接管全盤事務。
對於自己馬失前蹄，丟掉了清華「一把手」的紙糊官帽，馮友蘭認為有兩個原因：一是自己在政治上不能與時俱進，甚至糊塗透頂；二是與吳晗在背後搗鬼下絆子有關。對此，馮氏列舉兩例：一是在國民黨軍撤退，中共軍管會尚未進入清華園接管的「真空時期」，有一天，國民黨軍飛機突臨清華園上空扔炸彈，其中一顆爆炸聲響之大，把坐在家中沙發上的馮友蘭給摔了出來。馮於驚恐中急忙爬起來從窗戶向外觀看，只見有些教職工家屬披著被子，尖叫著在路上狂奔亂竄，場面十分恐怖混亂。馮友蘭出門察看，方知剛才的炸彈落在了工字廳後面滑冰場旁邊的樹林里，有兩棵樹被炸飛，遺留一個很大的彈坑。當時有許多大人小孩在滑冰場溜冰，倘若炸彈落入滑冰場，後果將不堪設想。馮友蘭懷著驚悸不安之心找了幾個人一起調查，發現清華園一共落了十二枚炸彈，其他的十一枚都落在園內邊角的空地上，只有滑冰場旁邊的一枚離人群較近，但沒有一人受傷，也沒有什麼財物受損失。第二天國民黨報紙有消息說，南京的空軍在西郊轟炸解放軍炮兵陣地，使解放軍受到不少損失云云。既然在西郊轟炸解放軍炮兵，為何又到清華園投彈？馮友蘭與教授們如墮霧中。據幾個號稱「卧龍」、「鳳雛」的教授分析，國民黨軍此次行動顯然有備而來，並有詳細的轟炸計畫，其目的可能有二：一是防止清華園進駐解放軍，如果有解放軍暗中進駐，這種打草驚蛇之法將追其退出，否則清華師生出於自身安全考慮會群起攻之，主動將其驅逐出園；二是對清華師生以震懾，表明國民黨軍尚有作戰的實力，鹿死誰手殊難預料，你們不要太輕薄了，心中沒有個死數，像一堆腹中空空根底淺、懸空飄蕩的牆頭之草，東風來了向東倒，西風來了向西歪，平時滿口的仁義道德、禮義廉恥，外加一堆春秋大義、民族氣節等。一旦強勢壓境，這些大義和氣節全部打發到他老娘家去了，或者直接送給了西天老佛爺。剩下的只有茫然四顧，或山呼萬歲，或磕頭作揖，耷拉著睡眼惺忪的眼皮迷迷糊糊地轉著圈尋找新的主子罷了。
作為清華校務委員會主席的馮友蘭，自然顧不得這些猜測和議論，趕緊做一些安撫性的宣傳和疏散工作。就在這時，毛澤東主席給清華髮來了慰問電以示關心和安撫。這封發於一個偉大歷史轉折時期的電報，同歷史上任何一次鼎革時期一樣，都是一件特別值得重視的大事、要事與非凡之事。可惜號稱研究了大半輩子哲學，又每以「帝王師」自居、且自負的馮友蘭，並沒有把統率百萬雄師的毛澤東放在眼裡，竟不識抬舉地仍然按舊觀點、舊規矩，當做原北大一個小小的圖書館管理員寄來的信函予以處理，這無疑是對毛澤東與所代表黨派的一種羞辱。馮氏不懂政治、不識時務和人情世故的做法，正如他自己後來痛心疾首的懺悔：「在清華遭到國民黨空襲以後，黨中央、毛主席打來慰問的電報，這是對清華的關心，應該大張旗鼓地宣傳，可是我是照舊辦法，把來電在學校布告欄內一公布，就算完事。」此事在當時的馮友蘭看來無足稱道，但在即將推翻國民黨政權，準備來一個魷魚大翻身的一方看來則是大逆不道。因大局尚未明了，中共一方暫時忍而不發。未久，吳晗事件發生。
北平和平解放後，馮友蘭主持的校務會議，作出了願留清華者需要簽名登記的決定。此時吳晗正作為中共一方的「託命之人」，豪氣衝天地從中共解放區河北一帶回到北平，並作為接收大員隨解放軍浩浩蕩蕩地開進北平接收人、財、物。有一天，吳晗突發奇想，採取打槍的不要，悄悄地進園的方式，獨自溜進清華，向會計科領工資。吳氏搞這一手，可能不願意在舊同事面前聲張，給人一種小人得勢，或唯利是圖的印象，更怕別的教授當面或背後指斥自己作為中共麾下的一名先進分子、中共接受大員，何必計較這份少得可憐的薪水？況且，自己置清華師生與所授課程而不顧，偷偷溜掉已有幾個月了，既沒上課又沒有為嗷嗷待哺的教職員工和窮得像叫花子一樣的學生，拉回一個盧布的贊助費，可謂寸功未立，反而給校務委員會添了不少麻煩，如今領的是哪門子薪水？依據何在？若熟人問及，情何以堪？
吳晗的擔心很快成為事實，因校委會出台的規定，同樣牛氣烘烘，自認為校長是老大、自己是老二，甚至與老大平起平坐的清華會計科科長，一查登記簿，沒有吳晗的大名，於是斷然決定不發給工資。吳晗解釋說自己原是清華的教授，幾個月前才竄出清華溜到了解放區，為革命拋頭顱，灑熱血，很不容易，沒有功勞也有苦勞，沒有苦勞也有疲