事件的起因是南開大學外文系召開批判「俞平伯《紅樓夢》研究」的討論會上，以巫寧坤、李天生為首的幾位外文系教授，按規定批了一通俞平伯的錯誤思想，話題逐漸轉向了外文系領導人，對系領導專斷和不民主的作風以及學術水平低下提出了批評，同時對南開大學如何改進教學工作提出了批評性意見和建議。當時的穆旦也準備了發言稿，但他剛講了一句話，就被早已氣灌心胸、怒沖丹田的會議召集人厲聲打斷，不許其繼續講下去。穆旦見來勢兇猛，揣起發言稿起身離開了會場。巫寧坤等教授面對召集人如此粗暴蠻橫大為不滿，指責其「這種做法不對，要讓大家把話說完」。召集人眼看幾個書生竟敢當面對自己不敬，且還頂撞起來，怒髮衝冠，用拳頭狠狠地捶著桌子將巫寧坤等幾人罵了個狗血噴頭，繼而起身離座，一腳將桌子踹翻，轉身走人。巫寧坤等幾位教授先是目瞪口呆，待慢慢回過神兒來，一個個垂頭喪氣地各自回家。當天晚上，南開大學把巫寧坤等參加會議發言的幾位教授定為「反黨小集團」。儘管穆旦只說了一句話就被打斷並離開了會場，仍被以與巫寧坤等人過從甚密，且不懷好意地「準備發言」為由，羅織到「反黨小集團」之中。——這便是南開大學轟動一時的「外文系事件」。
這次事件帶來的後果是：巫寧坤與李天生被隔離審查，中途退出的穆旦在接受審查的同時，抗戰期間參加過「中國遠征軍」的歷史被重新翻出，並作為一種逆天大罪成為「肅反」的對象。當年的穆旦於野人山叢林中九死一生終於活著逃了出來，想不到事隔十年，他在野人山的光影里復陷入另一個看不見、摸不著、再也逃脫不掉的羅網遍布的深山大澤。隨著「審查」不斷深入，穆旦由國民黨遠征軍的「偽軍官」和「蔣匪幫的英文翻譯」，晉陞為歷史和現行的「雙重反革命分子。」當1955年大規模批判聲討「胡風反革命集團」運動興起時，南開文學院召開全院教職員一百多人的大會，主持會議者聲色俱厲地宣布巫寧坤不僅是南開的頭號「暗藏的反革命分子」，而且是穆旦等人組成的「反革命集團」的頭目。主持者的話音落下，巫寧坤與穆旦被從人群中揪到「斗鬼台」接受批判。正當一夥積極分子蜂擁而上，揪住巫寧坤與穆旦等人脖頸往「斗鬼台」連拖加拉的混亂之時，另一夥積極分子跳上講台宣布在這個集團的背後，還隱藏著一批「反革命分子」，也要一同揪出來。在咄咄逼人的態勢和一片嘯叫聲中，一個曾任偽滿洲國皇帝溥儀翻譯官的俞姓俄語講師，嚇得當場昏倒在地，口吐白沫不省人事，隨後被人抬出扔到會場之外，以落後分子「裝死」處理。
繼這次行動之後，穆旦和巫寧坤因在芝加哥大學攻讀的經歷，又被「晉陞」為「美國特務」，接下來是搜查兇殺武器和秘密電台等行動。對於這段經歷，周與良與巫寧坤皆有回憶文字傳世，據巫的回憶說：就在那位曾任偽滿洲國皇帝溥儀翻譯官的俞姓俄語講師當場昏倒的批判會結束後，他剛到家，就有三男一女破門而入，自稱是公安人員，還亮出一張「搜查證」。那個女的竟搜查已經有孕在身的巫寧坤的妻子李怡楷，並搜查已患糖尿病多年的老繼母的身。
翻箱倒櫃地搜查，東西扔得滿地，並問巫寧坤有沒有手槍和別的武器、收發報機等。來者折騰了半天，沒有找到任何與「特務活動」有關的物證，感到很失望，便把巫的信件、地址本、筆記本、文稿等全部帶走。臨出門時，有一人還踹了巫寧坤一腳，警告讓其老老實實，不要自絕於人民。
當此之時，穆旦夫人周與良雖也有在芝加哥大學的求學經歷，但平時在校不顯山露水，實在沒有把柄可抓。更重要的，以她時任天津市副市長的父親為中流砥柱的龐大家族還沒有倒塌，且屬於光榮的「革命家庭」之列，校方一時無可奈何，其家庭成員的角色從周與良的大哥周一良的回憶中可看出一斑：「我們家大多數對他（南按：指穆旦）過去的情況都不夠了解，因此他每次到我們家來，當大家（兄弟姐妹十人中六個黨員，兩個民主黨派）歡聚在父母身邊，興高采烈，高談闊論時，他常常是向隅獨坐，落落寡歡。許多年中，我去天津，記得只上他家去過一次。現在回想起來，那時我們對他的態度是非常不公正的，感到非常內疚。」
這段回憶除了透出當時的周氏家族這個「革命家庭」在天津具有超強的實力，也為穆旦此前給巴金夫人蕭珊信中所說的「這是一個沉悶的時期」、「朋友們都這麼彼此多疑」、「人生如此，快快結束算了」的憂傷悲情找到了一個歷史性註腳。周一良這段「懺悔」，是內在的良心與文化良知雙重壓力之下，不得不做的一點表面文章，但仍暗含著為自己開脫的投影。其他的人尚不必說，周珏良與穆旦既是清華與西南聯大時代的同學好友，又是芝加哥大學先後的校友，同時又是穆旦與周與良愛情的隱形牽線人與見證者，如何一個「對過去的情況不夠了解」就說得過去的？作為親屬尚且如此，而普通的同學、同事、朋友又將如何？真的是「人間熱淚已無多」了。
儘管周與良謹小慎微地為人處世並有如此的家庭背景，但她畢竟是穆旦的妻子，自是與其夫脫不了干係。於是，學校令她停止開課，在家中「幫助」丈夫「反省」和撰寫「交代材料」，實際已被當做潛伏回大陸的「女特務」內部控制和監視起來。這一時期，與穆旦斜對門的一位俄語講師的妻子和一個在他家寄宿的先生，因為「運動」的關係雙雙上吊自殺。接著又傳出南開其他系有教授自殺的消息，所有這些自殺的人，都被說成是「抗拒運動，自絕於人民」。並說：「黨和人民絕對不會被他們的罪惡行徑嚇住。」
1956年5月中旬，學校人事處通知巫寧坤即將調往北京一所為黨中央培養機要外語人才的學院任教，他的妻子李怡楷也去該學院工作。6月中，巫氏夫婦帶著老繼母和五個月的兒子巫一丁前往北京任教，算是暫時擺脫了遊盪於校園的幾隻翻手為雲、覆手為雨，神龍見首不見尾的鐵血魔掌。此時的巫寧坤尚不知道，日後等待他的將是更加酷烈的人格污辱與身心迫害。
好友巫寧坤走了，當年的「反黨小集團」也在政治風浪衝擊下分崩離析，穆旦陷入了人生最為孤獨和艱危時期。1957年，風浪再起，剛剛在政治上抬頭的穆旦又稀里糊塗地落入圈套，在《人民日報》發表了《九十九家爭鳴記》，再一次被監視居住，隔離審查。以前被定的「反革命分子」似乎只限於領導者口頭上和批鬥會場上「內定」，這一次卻要落實到官方文書與實際行動上來。1958年12月，穆旦作為南開大學「反右傾運動」放出的「一顆衛星」，當年參加遠征軍和出任「中校英文翻譯」的歷史，再度成為反革命的「鐵證」，被天津中級人民法院以「歷史反革命分子」罪名判處三年勞動改造，「接受機關管制」。當法院派人到學校宣讀判決書後，穆旦被逐出課堂，降職降薪，強迫在南開大學圖書館和洗澡堂接受管制，監督勞動。
1962年，穆旦終於熬到了被解除「管制」，但校方仍不讓到課堂上課，繼續留在圖書館「監督使用」，以觀後效。其主要工作是每天打掃廁所與洗澡堂等。儘管仍在「監督使用」，作為公民的基本權利尚未恢複，此時的穆旦蟄伏在心中的文學之火與傾吐慾望再度迸發開來，他開始了一生中最大一項工作計畫——翻譯英國19世紀初期偉大的浪漫主義詩人喬治·戈登·拜倫（Geordon Byron）的長篇敘事詩《唐·璜》（Don Giovanni）。白天從事繁重的體力勞動和無休止的思想彙報，晚上拖著疲憊的身心回到家中，吃過飯後即關上房門偷偷伏案工作。經過三年含辛茹苦的勞作，到1965年年底，這部長達一萬六千多行的鴻篇巨著終於譯完了初稿。當他剛要歇一口氣時，「文革」風暴突起，穆旦首當其衝，被造反的紅衛兵拉出來批鬥，然後是抄家與打砸。繼之穆旦被關於「牛棚」，接受造反派監督勞動改造。當時穆旦一家居住的是東村七十號共三間屋的平房，因出入方便，抄家的紅衛兵一批接一批，把一些書籍、手稿或搬走，或撕爛，或乾脆一把火燒掉，甚至連家庭生活用具、被褥、衣服全部洗劫一空。這一令人悲憤心悸的場景給穆旦的孩子們留下了深刻的記憶，據幾個兄妹回憶說「記得那年8月的一個晚上，一堆熊熊大火把我們家門前照得通明，牆上貼著『打倒』的標語，幾個紅衛兵將一堆書籍、稿紙向火里扔去。很晚了，從早上即被紅衛兵帶走的父親還沒有回來……直到午夜，父親才回來，臉色很難看，頭髮被剃成當時『牛鬼蛇神』流行的『陰陽頭』。他看見母親和我們仍在等他，還安慰我們說：沒關係，只是陪斗和交代『問題』，紅衛兵對我沒有過火行為……母親拿來饅頭和熱開水讓他趕快吃一點。此時他看著滿地的碎紙，撕掉書皮的書和散亂的文稿，面色鐵青，一言不發……突然，他奔到一個箱蓋已被扔在一邊的書箱前，從書箱里拿出一疊厚厚的稿紙，緊緊地抓在發抖的手裡。那正是他的心血的結晶《唐·璜》譯稿。萬幸的是，紅衛兵只將其弄亂而未付之一炬。