「六教授事件」案發，曾昭掄被打成右派分子並遭革職之後，除了被拉上「斗鬼台」接受批鬥，便是貓在自家屋子裡痛苦地「反省」。根據上級指示精神，中國科學院化學研究所批判曾氏「反動言行」的大字報也鋪天蓋地地展開。據胡亞東回憶說：曾昭掄儘管兼任該所所長，但在教育部的工作很忙，很少來化學所，只是每周來一兩次，主持重要會議、決策重大事情，日常工作由副所長柳大綱負責。當批鬥展開後，「誰也說不出曾到底講了些什麼，做了些什麼。他一點分量也沒有，輕輕地被送上了舞台。在化學所因為他是所長，所以必須有鋪天蓋地的大字報，所有大字報的內容都是蒼白的。絕大部分寫大字報的人既未見過曾，也不知道曾為何許人也，更不知他有什麼言論」。這幅圖景恰恰反映了歷史的詭譎和人生命運的不可捉摸。
令曾昭掄最為痛苦的不是丟掉官帽和接受批鬥與凌辱，而是尋找接收工作單位的艱難和不能繼續工作的焦慮。自被逐出高教部大門那一天，他就在心中盤算著回北京大學任教，繼續自己教書匠的生活，因自己原本就是以北京大學教授、化學系主任、教務長的身份轉入政府機關做官的。如今官帽子被咔嚓一下擼掉了，回校當個教書匠總是可以的吧？只是他想得過於簡單，在政治風雲變幻莫測、人人自危的大趨勢中，北大掌權者不敢貿然答應也不可能答應這一要求，曾昭掄在北大校門之外苦苦徘徊而不得入，此為精神上最為沉重的打擊。正所謂「時來天地皆同力，運去英雄不自由」。時運已去，往事已矣，再大的英雄也只能對蒼天叫喊幾聲「奈何！奈何！」而又無可奈何！
曾昭掄的同事兼好友、留美博士，曾擔任過西南聯大化學系主任、聯大教務長，時任南開大學校長的楊石先，對曾氏的處境頗為同情，遂產生了冒險「拉兄弟一把」的念頭。但當時大學的權力控制在黨委手中，並無多少實權的楊石先兩次給學校黨委打報告，提出要曾氏到南開大學任教，皆未得到如願的答覆。
面對這一上不著天，下不著地，「閑愁最苦」的艱難處境，得知此情的武漢大學校長李達實在不忍聽聞，便主動出面聘請曾氏到武大化學系任教。李達之所以在狂飆突起的政治風潮中有些不識時務，或者說膽大包天地如此抉擇，與李氏天生具有仗義執言的性格、政治資歷以及與毛澤東本人建立的深厚友誼有著密切關聯。李達是湖南零陵人，與毛澤東同鄉。1920年8月由日本留學歸國後，至上海與陳獨秀籌建中國共產黨小組，主編《共產黨》月刊，參加《新青年》編輯事務。1921年與毛澤東一起出席中國共產黨第一次全國代表大會，被選為中央宣傳主任。同年翻譯出版《唯物史觀解說》《馬克思經濟學說》等紅色系列書籍。1922年秋應毛澤東邀請，任湖南自修大學校長，並主編《新時代》月刊。原為教務主任的毛澤東因有其他政治使命，只兼任自修大學的教員，當時的教員還有何叔衡、李維漢、夏明翰等人。因自修大學設在原曾國藩祠內的船山學社，而船山學社與曾昭掄的堂姐曾寶蓀、堂兄曾約農在曾國藩祠堂內浩園創辦的藝芳學校，因爭佔地盤多次大打出手，雖在當地士紳調解下，船山與藝芳兩校築牆而隔，但以鐵器和梭標械鬥之事還是時有發生。自修大學進駐後，兩家雖未再大打出手，但無論是教員感情還是學校的教學內容都有很大差異，這才有了毛澤東對曾寶蓀、曾約農講的那句話：「你們兩位曾先生，書讀得好，品德也高尚，可惜我們政見不同。」
繼毛澤東之後主持自修大學的李達，與藝芳學校的兩位掌門人儘管「道不同」，但私人關係還算和睦，當1923年底，自修大學被湖南軍閥趙恆惕查封並強行解散，李達離開船山學社時，已與曾寶蓀、曾約農已建立了個人友誼。北伐戰爭時期，李達出任國民革命軍總政治部編審委員會主席。新中國成立後，李達以馬列主義哲學家的名頭出任湖南大學校長，此後與自北大教務長調任教育部副部長的曾昭掄建立了業務上的關係和個人友誼。這一友誼的建立，除了二人皆為湖南同鄉，更重要的還是20年代李與曾氏家族結下的因緣。所謂故交情深，在關鍵時候便體現了出來。
1952年，隨著全國院系調整，湖南大學曾先後更名為中南土木建築學院和湖南工學院。翌年，63歲的李達調任武漢大學校長。此時的李達與毛澤東仍保持著良好的私人關係，也正因了這層關係，李氏沒有把其他的高官大員，特別是中南局、湖北省和武大黨委領導班子放在眼裡。而除毛澤東之外，其他的一切高官大員暫時對李達也無可奈何。正是李與毛這種特殊的背景和關係，才使李達在故交曾昭掄倒霉，人人避之唯恐不及之時，敢於頂風排浪，不顧「六教授事件」的影響和從上到下掀起的喊打之聲，力邀曾氏到武大任教。
1958年4月，在得到中央有關部門批准後，曾昭掄告別愛妻俞大絪，懷著沉重的心情隻身一人赴武漢大學化學系報到。按上邊要求，曾昭掄由一級教授降為二級，並根據「政治上改造，工作上使用」的原則，武漢大學由一名副校長分工管理曾的工作，每月談話一次，聽取彙報，並明確告訴曾昭掄「只許老老實實接受改造，不許亂說亂動」，否則，黨紀國法伺候。
來到武大的曾昭掄自是知道自己的處境和身份，再次顯示了湘鄉蠻子「埋著腦袋絆犁」的「黃牛性格」，而祖上「好漢打脫牙和血吞」的家訓，使他於痛苦中更加省悟了忍韌的重要，自此閉上了嘴巴（當然，也不允許他開口），將自己後半生的全部心血傾注於業務上。因幾年沒有參與教學工作，曾氏一頭扎入圖書館和資料室，開始查閱文獻資料，了解最新的前沿科學知識，以便儘快進入已有些陌生的教書先生的角色。對於這一時期的情形，曾昭掄的助手劉基萬許多年後仍記憶猶深：「他高度近視，但查資料的速度卻十分驚人。只見他小跑一樣在書架中穿梭，很快抱出一摞書，摘完後又快速歸還原處，馬上又抱出一摞。蠅頭小字在卡片和筆記本上記得密密麻麻，不少地方還貼上小紙條，精心寫著補充或注釋。無論是颳風或下雨，嚴冬或酷暑，總見他穿得比常人少，戴頂褪色的舊帽，腳指頭露在鞋外，斜扣著衣扣，提著箇舊書包，專心致志地做學問。一天深夜，他提書包回家的路上，不小心撞在樹上，碰得滿臉是血，跌倒在東山頭山坡下，路過的工人聽到哼聲，才將他扶回家去，第二天他照樣上班。」眾人皆知，武漢大學校園在著名的珞珈山上，以其地形地物和曾氏的壓抑鬱悶心情，出現深夜回家撞到樹上的情景應是真實的。
1959年底，因曾昭掄確實做到了「老老實實」，沒有「亂說亂動」，同時出於業務上需要，被校方任命為化學系元素有機教研室主任。當了主任的曾昭掄除給學生上課和指導教師的教學研究工作，仍是圖書館和閱覽室的常客，並以驚人的毅力查閱了近1500篇次文獻資料，在兩年左右的時間裡寫出了140萬字左右的《元素有機化學》教材，由武漢大學出版社作為內部參考資料出版。這是中國第一部該專業方面的參考書，儘管當時紙張奇缺，印刷水平不高，但該書甫一問世，即在國內化學界產生巨大影響，並受到有關研究單位和高等院校的高度評價，紛紛要求正式出版。未久，中國科學院所屬科學出版社派出編輯部負責人專程赴武漢大學找到曾，欲把這部書稿作為國際交流圖書由該社作為特約書稿出版。後經曾昭掄帶病修改，全稿分為六冊交由科學出版社出版。不幸的是，這部叢書只出版兩冊，「文革」爆發，後四冊就此夭折，原稿在「革命」風暴中散失，由此成為曾昭掄死前最大的憾事。
1961年暑假，處於政治旋渦中的曾昭掄仍擺脫不了心中的壓抑與苦悶，加之過度勞累，住進北京阜外醫院，確診為淋巴癌，不得不住院通過採取化學療法控制病情發展。曾氏的愛妻俞大絪聞訊心如刀絞，一方面竭力為曾提供必要的醫療條件；另一方面，千方百計向病人封鎖病情消息。經過一個多月的精心治療，病情得到控制，曾昭掄又回到武大任教，從教師和學生中挑選了7名助手研究有機化學的相關課題。1964年，曾昭掄按慣例向學校黨委寫的一份思想彙報中稱：「我雖年老有病，但精神未衰，自信在黨的領導下，還能繼續為人民服務10年、20年，以至更長的時間，爭取為國家做出更多的貢獻。」
曾氏理想雖高，只是命運之神不會遂他之願了，隨著「文革」爆發，他的愛妻俞大絪在不堪凌辱折磨中自殺，而武大黨委以「參加武大文化大革命」為由，拒絕曾昭掄赴京辦理喪事的請求，一對天作之合的恩愛夫妻，在生命的盡頭未能見上最後一面。躺在北大燕園的俞大絪屍體被造反派找人拉於火葬廠火化，骨灰被拋入荒野。曾家的財物全部被造反派沒收拉走，住房被他人佔領。曾昭掄獨自於荒野中翹首北望，含淚祈禱妻子在天堂安息的同時，心中明白，隨著妻子撒手歸天，自己算是徹底被掃地出門，要做異鄉之鬼了。
事實上，就在北京大學進入瘋狂「革命」的時候，武漢大學也開始了大規模革