批判李秀成運動方興未艾，波及社會各階層的「四清」又成燎原之勢。這場自1962年底開始的、由中國農村逐步推開的政治運動，最初的口號是「清工分，清賬目，清財物，清倉庫」，後來擴大為「大四清」，即「清查歷史、清查思想、清查政治、清查經濟」運動。又名「社會主義教育運動」。在清查中，鬥爭對象由農村和城市的貪污腐敗分子，逐漸出現帶有個人恩怨和嚴重政治傾向的階級鬥爭，重點集訓、戴鋼盔、立罰規、搜查、批鬥、群毆等現象開始大規模出現——這是全面混亂的十年「文革」的前奏。
在這一聲勢浩大的運動中，曾在學術界紅極一時，不可一世的紅色巨頭楊獻珍、孫冶方、翦伯贊、羅爾綱等輩，遭到公開點名並被當權得勢者提著脖子拎出來大加批判。曾昭燏雖在此前的幾場運動中僥倖躲了過去，但當運動來臨時，感到了一種更加劇烈的痛苦、迷惘與恐懼。按照「四查」的行動原則，曾照燏除了自信經濟上無問題可查，「歷史問題」則無話可說。曾氏家族被定為「反革命歷史家庭」已是鐵板釘釘，且這個釘子還是拐了彎的鐵案。而在思想、政治上，曾氏始終認為這是懸在自己頭上的一把利劍，時刻有落下並刺向自己頭顱的可能，必須拼盡全力來應付這場對自己凶多吉少的風浪。此時曾昭燏的身體已大不如前，明顯消瘦無力，無精打采。這年3月，曾昭燏在巨大的壓力下導致精神崩潰，患上了憂鬱症，不得不入住南京丁山療養院接受醫治。
1964年12月初，第三屆全國人民代表大會即將召開，當曾昭燏躺在病床上收到燙金的代表證書時，先是目光獃滯，毫無表情，而後潸然淚下。送證書者一看對方精神狀態處於崩潰的邊緣，遂好言相慰，令其放下一切思想包袱與生活煩憂，勇敢、理性、熱情地投入偉大的「四清」運動中來，展開雙臂擁抱火熱的社會主義新生活云云。面對風雨共濟幾十年的老同事那充滿善意和真誠的目光，曾昭燏凄然地說：「別再寬慰吧，我不行了！」
此時曾昭燏的心境如同曾國藩晚年「心力交瘁，但求速死」的詛咒，她心如死灰，感到活著已了無生趣，對生命的最後一點留戀隨風飄散。十幾天之後的12月22日，曾昭燏主動提出要用南京博物院的小轎車送為她治療的醫生回家。當送回醫生後，她對司機淡淡地說：「去靈谷寺吧，我想散散心。」司機會意，駕車向靈谷寺駛去。
靈谷寺位於南京中山陵東，最早修建在紫金山獨龍阜，是紫金山風景最勝之區，原名開善寺，乃南朝梁天監十三年（514）梁武帝蕭衍為葬其師寶志和尚所建。寺內葬有名僧寶志和尚遺骨，造有志公塔，唐代更名寶公禪院，南唐改稱開善道場，北宋稱太平興國寺，明初改名蔣山寺。明洪武十四年（1318），明太祖朱元璋決定在獨龍阜建明孝陵，遂將寺與塔遷移於後來的中山陵附近，並改名靈谷寺。當時的靈谷寺規模龐大，佔地500餘畝，山門上書「天下第一禪林」，後寺院毀於兵燹，僅存無梁殿。清同治六年（1867）兩江總督曾國藩在原址上修建「龍王廟」，成為民眾祈雨之地。1931年，國民政府在原寺址始建國民革命軍陣亡將士公墓，1935年建成，在公墓的中央安葬了1932年「一·二八」淞滬抗戰中陣亡的128名將士的遺骸，其中有威名赫赫的十九路軍70名，第五軍與憲兵團58人，這些名字作為中國國民黨軍人頑強精神的象徵，受到社會各界的瞻仰紀念。新中國成立後，此處改名為靈谷公園，但習慣上仍稱靈谷寺。寺內有一標誌性景點靈谷塔，塔高66米，九層八面，底層直徑14米，頂層直徑9米，為花崗石和鋼筋混凝土混合結構。1933年建成，當時稱陣亡將士紀念塔，俗稱九層塔。塔內有螺旋式台階繞中心石柱而上，計252級，每層均以藍色琉璃瓦披檐，塔外是一圈走廊，廊沿有石欄圍護，供遊人憑欄遠眺。塔上有蔣介石親筆手書「精忠報國」四字，以及蔣介石所撰「黃埔軍校第一至六期同學錄、序」各一篇，分別由戴季陶、張靜江等國民黨元老書丹。
曾昭燏乘坐的小轎車悄然停在了靈谷寺前，她把一包蘋果送到司機懷中，輕輕地說：「請你吃著，等我一會兒。」說畢打開車門，匆匆向靈谷塔走去。在塔下茶室，曾氏逗留沉思，又拿出筆在一個小字條上寫著什麼，寫畢將紙條裝進大衣口袋。在外面等候的司機似乎感到了一點不祥氣息，急忙棄車走進茶室，曾昭燏表情木然，把大衣脫下交給司機，讓其在此稍候，自己要到塔上散心，言畢即登上塔梯向上攀緣。十幾分鐘後，外面遊客忽見高聳的靈谷塔上，一個身影凌空一躍，如同天空一朵瑰麗的彩雲飄然而下，悠忽間落入枯草叢生的石階，鮮血噴濺處，枯草被染成殷紅——一代女傑與世長辭。
據有關部門派來的驗屍者說，曾氏是從靈谷塔第七層跳下，屬自殺身亡。後在其交於司機的上衣口袋裡發現一個小字條，上寫「我的死，與司機無關」。
由於記載曾昭燏生命軌跡，特別是1949年之後的第一手材料，因複雜的歷史原因未能公布，不免讓外界對曾氏的死因產生種種猜測甚至妄言。
當時任南京博物院辦公室秘書的梁白泉回憶說：「曾昭燏跳樓之前，曾投到郵筒一封信給我，她死後，全院被有關部門封鎖，這封信落到了省委統戰部有關人士手中，上面寫的什麼內容，我現在仍一無所知。」
據梁氏推測分析，曾昭燏的自殺，除無休止的政治運動牽涉曾氏家族與她本人，使她整日戰戰兢兢，如履薄冰，造成巨大心理壓力，還有下面幾件典型事例，也是導致她最後走向毀滅道路的深層原因：
一、新中國成立初期，地主階級被打倒掀翻，除了被押赴刑場或槍決，或亂棍打死、亂刀砍死外，其罪小惡少的地主家屬如老人與「狗崽子」外加「狗腿子」等大多被掃地出門，流落街頭。湖南湘鄉荷葉塘曾家一個老年「狗腿子」——頭戴瓜皮帽、眼戴老花鏡的賬房先生，在被掃地出門後因一時生活無著，於五十年代早期輾轉來到南京求助於曾昭燏。當年在家鄉生活的曾大小姐，是在賬房先生的尊崇與愛撫下一天天長大成人的，二者自有非同尋常的感情。儘管事隔多年，面對故人求助，曾昭燏毫不猶豫地接待了他，並做了力所能及的招待和救濟。大約與這位賬房先生在南京見面的某個夜晚，二人談到了湘鄉荷葉塘曾氏家族的情況，以及在新形勢下面臨的險惡處境。出於一種自保、自救的心理，曾昭燏把一直壓在她箱底秘不示人的湘鄉曾氏家族（南按：或許只是曾國潢一支）的地契、房契等被中共認為「變天賬」的證據，全部秘密燒毀。後來隨著「精神洗澡」不斷深入，曾氏猛然頓悟，認為當時應該把曾家的「變天賬」全部無條件地交給「組織」，不應由自己悄悄燒毀，立感這是自己所做的一件對黨對人民不可饒恕的罪行，遂產生了悔恨、責己之心，精神壓力驟然加大。
梁白泉的說法得到了書面材料的支撐。曾昭燏在向組織提交的「供詞」中，在談到「我的童年」一段時說：「在我滿六歲的時候，母親即從衡陽請了一位貧寒的讀書人來做我們（那時我還有位姐姐在世）的老師，此人名曾筱屏，從輩分算，是我們的叔父。」另據曾昭楣回憶說：「族叔筱屏老師從姐［昭燏、昭懿］教起（長沙兩兄另從一師），至我讀書，整整在我家教了十八年。姐學得最精，詩詞歌賦，無所不能。後人藝芳攻讀六年，學行俱佳。」1920年，曾昭承與昭掄兄弟皆在國外留學，而這一年天下大亂，土匪活動猖獗，曾昭燏全家整日生活在恐嚇之中。曾昭燏回憶說：「我們不敢在家裡住，總是這個佃戶家住一晌，那個佃戶家住一晌，回到家裡來，也是偷偷摸摸的，晚上讀書，點燈的時候，要把窗戶全遮了，怕外面看見，夜裡不敢在正房裡睡，躲到書樓上去睡，我們孩子們還把磚砌成一個個的空洞，準備土匪來的時候躲進去。有幾次聽見門外響動，竟從床上爬起來，往菜園裡跑，準備越牆逃走。這種恐怖的生活，使我對於這個古老的家庭，老是懷著一種陰森憂鬱的感覺。」
就是在這樣的亂世中，有一天，曾家被一股強悍的土匪搶劫，曾昭燏的祖父與父親等人皆遭土匪綁票，曾家陷入混亂。筱屏師除了負責曾氏子弟讀書。還四處奔波求助曾家的親朋好友，設法營救被綁去的主人。主人被救回後，筱屏師兼任曾家的賬房。1925年，曾昭燏祖父曾紀梁去世，「家中的氣氛一片悲哀」。曾氏姐妹每日與業師曾筱屏一起在書樓上埋首讀書。有一天，曾昭燏的大妹曾昭懿因躲在黑暗的書樓上讀書，不慎從樓上墜落，把手腕跌斷，醫治甚久方愈。接連的痛苦折磨，和「憂鬱的環境」，使得曾昭燏不願再待下去，她與母親反覆商量，懇求離開這裡，加上二位哥哥的支持，母親終於「無可奈何地答應了」。1948年4月，筱屏師辭去教職兼賬房職務，告老還鄉，曾家給了這位業師一份撫恤金與妥當安排，使其能安度晚年。令曾家和這位筱屏師意想不到的是，一年之後，隨著曾國藩成為地主階級的代表和「鎮壓太平天國的漢奸、劊子手」的定性，