曾昭燏稟承和堅持的獨身主義，可謂生逢其時，但又並不得意。在一個紛亂並漸漸失去理智的社會裡，她所得到的不是心靈的安靜與快慰，相反的卻是沉滓泛起的鼓噪與不懷好意的流言甚至毒箭。面對內心的苦痛，她只好躲到無人處，或像魯迅所說自己痛苦時索性躺在荒山裡，在草莽中，舔著自己的傷口。但這個躲時避世的方法，仍無法使她的傷口癒合，無休止的思想改造運動一直伴隨著她形影不離，且逼迫其走出荒野直面酷烈的人生苦痛。湘鄉荷葉塘曾氏家族從前是一種榮耀的世家身份，而如今已完全變成一座壓在自己頭頂上推之難去、避之不及的大山，隨著改天換地的時勢巨變與政治風浪興起，曾家和太平天國在南京的陳年舊事，於新的歷史交叉點上又陰陽差錯地再度掀動起來——儘管矛頭指向的是「漢奸、劊子手曾國藩」，而沒有指向原本無辜的曾昭燏。1949年底，國共兩黨徹底翻盤，江山易主後，整個大陸掀起了一股歌頌農民造反的熱潮，鼓吹社會的進步是農民戰爭直接作用的結果。一些政客文人見風使舵，很快把精力集中到農民造反與革命的主題上來，借題發揮，興風作浪。在這一歷史背景下，南京市開始籌備太平天國起義百年紀念會並籌建紀念館，而已是太平天國史研究專家的羅爾綱奉命與文物考古人員，在太平軍當年活動的主要區域南京、上海、蘇州、無錫、紹興等地收集、鑒定有關太平天國史料，並為即將舉行的大規模展覽作準備。在搜集史料過程中，發現了許多與太平天國相關的遺迹和文物。1952年，在南京堂子街72號、74號住宅，發現了疑似太平天國壁畫的東西。這年12月7日，羅爾綱邀請曾昭燏、潘菽、胡小石等文物專家前往堂子街實際勘察並確定為原物。曾昭燏事後執筆撰寫了《南京堂子街太平天國某王府遺址調查報告》一文刊布。隨後幾年間，大量太平天國史料陸續被發現，據羅爾綱在1954年底批判胡適運動時所說，除了具有頭等的人民藝術價值的太平天國壁畫，另有「蘇州忠王府的建築經過鑒定了，太平天國結婚證書在紹興發現了，天朝元勛曾水源的墓在南京發現了，太平天國實行耕者有其田的政策也得到文獻證實了，在解放前我所見太平天國文獻不到四百種，現在已發現了一千二百多種了，這一切的一切，使我深切地體會到黨和政府領導的無比正確」。
就在羅爾綱於全國政協大會上頗為得意自豪地說這個話的時候，當年隨他一道前往堂子街鑒定壁畫的曾昭燏，對政治始終保持高度警覺，如同躲在窩中受驚的野兔，一有風吹草動便迅速拿出相應的脫險對策，在太平天國問題上也是如此，否則就落入圈套。據後來一度擔任過南京博物院院長的梁白泉說「上邊每有個什麼運動，她（曾昭燏）總是聞風而動」，當批判胡適唯心主義思想興起時，她又「聞風而動」，立即把胡適當年親自題名贈與她的一部印刷精美的《胡適文存》從箱底翻出來交給了「組織」。梁白泉此言，意在表達曾昭燏對黨的忠誠和對政治運動的熱情，但觀其後來的言行，便可知這個「聞風而動」實是一種表象，內在的真相則是隱含著曾氏內心的恐懼與自保策略的無奈之舉。
曾昭燏與胡適的交往並不多，由於她與其兄曾昭掄，以及陳寅恪、俞大維、傅斯年等學界名流和軍政要人等親友保持著千絲萬縷的聯繫，與胡適相識進而相知則是自然和順理成章的事情。
1948年冬，國民黨在淮海戰場上節節失利，大批傷兵空運到南京，一部分進駐中央博物院籌備處陳列室治療養傷，搞得整個博物院烏煙瘴氣。曾昭燏對此大為不滿，在勸說無效的情形下，致函北大教授、著名敦煌文物專家王重民，懇請王氏向時任北京大學校長，也是中央博物院理事的胡適反映。王在12月2日致胡適信中說：「曾昭燏女士來信，說最高（當局）命令中央博物院古物集中，空出房子住榮譽軍人，明知先生愛莫能助，但她願重民轉告先生。」由這封信可見曾氏對胡的敬重和仰仗之情。當江山易主，「批胡」與「倒胡」運動山雨欲來時，已成驚弓之鳥的曾昭燏以一套《胡適文存》倉皇應對，於危急中不失體面地矇混過關，實屬無奈中的一個對策。眼看批胡的高潮大幕在全國拉開並逐漸升級，眾多文化學術界人士或被迫、或自願地在報刊電台對著鏡子喊王八——既罵胡適的幽靈又罵自己，喪心病狂地歪曲事實並對胡適的影子一頓刀砍斧剁。深受儒家文化熏陶並具有西方教會學校背景的曾昭燏，在表面積極響應的同時，內心的文化良知與道德規範又使她作著脫逃溜滑的準備。當「組織」派出官員挾「運動」之威到南京博物院下達批胡任務時，作為一院之長的曾昭燏只是召集全院人員開會傳達指示，讓眾人現場聲討，會散之後便偃旗息鼓，未再鼓動群眾撰寫批鬥文章在院內張貼和報刊發表，更未親自出頭露面對胡適展開口誅筆伐。當「組織」派人令其書寫文章在報上發表，以彰顯本省文化思想界對運動的態度和批胡業績時，曾氏以「與胡適交往不深」為由作了堅決的拒絕。
許多年後，南京博物院研究員陸建芳認為，曾昭燏這個冒有極大政治風險的做法和抉擇，除了對胡適的友情和學問人格的認可，更深層次的原因是對胡氏一貫倡導客觀看待太平天國，亦即客觀對待曾國藩與湘軍歷史功績的感激。其說是否屬實，尚可探討，但無論如何，曾昭燏沒有捲入這一運動的旋渦，算是她本人和身懸大洋那邊的胡適都值得欣慰的一件幸事。然而，所幸之中的不幸是，此時曾國藩已被當局定性為「鎮壓農民起義的漢奸、劊子手」。而學術界忽傳有海外新印《李秀成供狀》問世。未久，隨著這份《供狀》進入大陸，以及羅爾綱對李秀成言行進行顛覆性重新評價和戚本禹的再顛覆，以曾昭燏為代表的曾國藩家族留在大陸的子孫，再度陷入了難堪和痛苦境地。
《李秀成供狀》所涉及的內容，是一個在朝野流傳了百年的懸案，即太平天國城陷之日，曾國藩在天京匆匆處死太平軍將領、忠王李秀成的一段隱情秘事。
在處死之前，曾國潘曾命李秀成寫了一份口供，而後將李之供詞抄錄，一面上報清廷軍機處，「以備查考」；一面在安慶刻印公開，題作《李秀成供》，亦有作《克複金陵賊黨供招》者，原稿藏於湘鄉荷葉塘曾家老宅秘而不宣。
隨著太平天國灰飛煙滅以及與其對立的大清王朝滅亡，此事本來告一段落。想不到民國建立之後，另一批農民造反起事和革命口號又興行起來，洪楊之亂開始被一些人拿來作為革命的先驅和樣板加以鼓吹仿效。於是，一股太平天國史研究熱潮在軍閥混戰、槍炮隆隆的中國大地悄然升起。據羅爾綱說：「在抗日戰爭前，著名歷史考據學者陳寅恪先生，得看過《李秀成自述原稿》，他對人說曾國藩不肯把它公布，必有不可告人之隱。其實，何止曾國藩不肯公布，曾家後人也同樣不肯公布。明清史專家孟森先生於1936年6月，為北京大學影印《李秀成供》作序，曾以委婉的言辭向曾家後人提了意見，希望他們及時發表原供。孟森的話可說是代表當時社會上對曾家收藏《李秀成自述原稿》不肯公布的輿論，可是曾家後人並不理會。1944年，曾國藩的曾孫曾昭樺因在廣西工作的關係，經過家庭會議才勉強答應廣西通志館派人前往抄錄。後來那個抄本和十多張照片，一再排印和影印出版。」
羅爾綱所說前往湘鄉荷葉塘曾家抄錄《李秀成供》的人，是廣西通志館秘書呂集義，呂氏根據流傳本與曾氏家藏秘本兩相對勘，補抄下了流傳本被曾國藩刪除的五千六百餘字，並攝影16頁返回廣西。經羅爾綱鑒定、研究，確定曾氏秘本屬於真品，被刪內容正是對曾國藩和湘軍極其不利的語句。1951年，羅爾綱《忠王李秀成自傳原稿箋證》一書由開明書店出版，書中提出了李秀成偽降說，認為忠王此舉意在效仿蜀漢大將姜維偽降鍾會故智，以圖恢複太平天國大業。1957年，該書增訂本依然持「偽降」說。就在羅氏的觀點如羊群里竄出一頭叫驢般在學術界和社會上引起鳴響之時，卻遭到部分學者的阻擊。1959年，史家趙矢元指出，李秀成「承認太平天國革命已經失敗，消失了對革命前途的信心，要求曾國藩招降他的部眾，這也是應該承認的」。此後，史家苑書義認為李秀成在生命最後十幾天的言行，是對革命前途喪失信心和對封建勢力產生幻想的表現，其性質是「妥協投降」。
對於「假降」和「真降」兩種不同的觀點，各路學者與政客紛紛撰文表態，臧否不一。同時，曾國藩當年是否塗改刪節、毀滅了李秀成供詞的問題，也一併成為史學界爭論的熱點。
就在史學界圍繞以上問題爭得不可開交之際，1962年，忽然傳來消息，台北世界書局影印出版了原藏於湘鄉荷葉塘曾氏家族的秘本《李秀成供》，題籤《李秀成親供手跡》。這一諱莫如深的秘本，據說是曾約農於1949年離開大陸時，秘密攜往台灣的。曾約農與其姊曾寶蓀一起離開大陸後由香港轉赴台灣定居，繼續從事教育工作。臨走之前，他們帶走了部分湘鄉「福厚堂」曾國藩的藏書，其中就有這