正當「南曾北夏」於文物、考古領域大展宏圖之時，始料不及的政治運動接踵而至。在風卷浪滾的政治背景裹挾下，作為一名踏入新政權門檻的自由知識分子，倘只埋頭學術研究，則被認為是落伍甚至是對抗革命的惡劣表現，思想改造成為不可避免的生活方式。早在1951年10月23日，毛澤東在全國政協一屆三次會議上明確提出：「思想改造，主要是各種知識分子的思想改造，是我國在各方面徹底實現民主改革和逐步進入工業化的重要條件之一。」至於為什麼「要思想改造」，周恩來曾作過這樣的解釋：「因為我們過去的思想不是受著封建思想的束縛，就是受著帝國主義奴化思想的侵蝕。只要我們有些知識，就在受到這些影響。」「這就需要我們每一個人不斷地在思想上求得改造，以適合我們今天新中國的需要，適合於人民的利益。」
1951年12月23日，南京為迎接「思想改造運動」，成立了南京市毛澤東思想學習委員會，曾昭燏受聘擔任該會委員。就在這年冬天，她主動要求參加赴皖北太和土改工作隊，到基層接受「改造」。據當時剛從學校分配到南京博物院的羅宗真回憶：南京博物院第一批人員 去安徽太和地區搞土改，此地人民生活異常艱苦，社會治安混亂，前來進行土改工作的工作隊隊長晚上都把手槍枕在頭下睡覺，時刻防備不測之事發生。有位年輕人把情況寫信向曾昭燏彙報後，曾院長表示要作為第二批隊員來太和，與大家同甘共苦，共創理想中的改造運動之偉業。羅說：「她當時的身份是官宦地主家庭出身，南京博物院副院長，南京市婦聯副主席，頗有一定聲望的知名民主人士，主動要求下來參加土改運動，體驗生活，接受教育，這是非常不容易的。後來經過批准，她終於下來了。……給人以印象她是強烈地要求思想改造，以消除自己身上地主階級的烙印。這和她後來一直向黨靠攏，並在1960年前後屢次向黨提出申請，要求加入共產黨組織，是她一貫的思想發展軌跡。」同許多知識分子一樣，當五星紅旗在南京博物院粗壯高大的旗杆上升起之時，星光照耀下的曾昭燏瘦小的身影，仰望代表著中共勝利與光榮的獵獵旌旗，頓時覺得自己的渺小與身心所帶有的「罪惡」，一股恐怖與不祥的陰影瀰漫心頭。根據上級指令，她必須老老實實地向中共組織交代自己的家庭背景和人生經歷，並毫無保留地交代做過哪些對共產黨不利的事。指令下達，曾昭燏如泰山壓頂，氣喘胸悶，無論是家庭出身還是人生經歷，在江山易主、改朝換代的歷史輪迴時刻，都令她感到英雄氣短，心生愧疚。如果當年自倫敦歸國不是跑到昆明，或蒼山洱海甚至四川李庄的小鎮上搞田野考古發掘、研究，而是像後來改名尹達的劉耀一樣，越過國民黨軍與日軍血戰的武漢戰場，一路化裝打扮，穿越國民黨在晉陝的封鎖線，跑到延安寶塔山中的窯洞里蹲起來研究馬列主義，那該是多麼光榮偉大的革命事業呵？那樣的前景該是多麼光明？歷史已矣，後悔已遲，青春歲月如潮水東流，一去不返。現在要做的只能是立功贖罪，爭取黨和人民的寬宥，加之拚命工作，低調做人，如此這般，可苟全性命於盛世。然而，這個苟全也並不像當年在南陽耕地的諸葛孔明那般舒適瀟洒，必須眼觀六路，耳聽八方，在每一個生活細節上謹小慎微，三思而後行，否則，後果依然不堪設想。
有了這一清醒的認識，曾昭燏在交代材料中所採取的策略是，盡量真實地敘述家庭背景和人生經歷，但在敘述的同時必須注意稱謂和情感的流露，旗幟鮮明地表示哪些事是不該做的，哪些人是反革命的，對過去做錯的事與接觸的反革命分子如傅斯年之類，必須予以唾斥和譴責，以示決絕的態度與對黨的忠誠。只有如此，才能達到機關算盡又誤不了卿卿性命的境界。在這個思路指導下，類似於《李秀成供詞》的《自傳》就此出籠。
按照上級組織的要求，在這份供狀中，曾昭燏需要著重交代的當然是被中共認為狗坐轎子——不識抬舉，跟著國民黨政府和蔣介石亂跑一氣，並被毛主席點名唾斥的胡適、傅斯年、錢穆之流，而這幾個被視為「帶著花崗岩腦袋去見上帝」的反動分子，與曾昭燏本人和曾氏家關係最近、交往密切的自然是傅斯年。因而，這位墓已宿草的「傅大炮」，便成為供詞的重中之重。為此，曾昭燏首先承認傅斯年對自己無論是思想、學術還是生活上，是一個影響重大的人，而後敘述自己的內心感受及對傅氏的評價：
……直到最近我把傅的生平仔細地分析一下，才認清他始終是站在反革命的立場，是國民黨蔣匪幫的幫凶者，而我對於他那樣的懷念，純全是從個人的感情出發，嚴格說起來，這是種反人民的意識與行為。
在大罵傅斯年和對自己進行精神「洗澡」的同時，並不算糊塗的曾昭燏還沒有傻到把過去的陳年舊事兼個人私情全部抖出來的程度。事實上，有一些關乎家族榮辱與個人性命的隱秘，是不能輕易披露傾吐的。這個情結的糾纏發酵，成為日後曾氏壓力與恐懼不斷加大並終於走向絕路的因子。
1956年3月6日，曾昭燏向全院職工傳達全國政協會議內容，說：「知識分子問題是最中心的問題，特別是思想改造的問題。郭老引曾子『吾日三省吾身』說，每個知識分子每天都可以把自己問三次：一、我為人民為社會主義建設服務是否有不夠積極的地方？二、我為擴大隊伍加強團結上做得多少？三、我學習馬列主義是否有高度的積極性和自覺性？」
自此之後，曾氏開始真誠地「三省吾身」，每日都要反思檢查自己的言行是否符合政治形勢和黨的要求。當中共提出要「完成台灣與祖國統一大業」時，曾昭燏立即按「上邊」的要求，通過國際廣播電台三番五次地對台廣播，用現身說法規勸對方「棄暗投明」，趕快想法離開那個「水深火熱的孤島」，重新投到人民的懷抱，享受幸福自由的生活云云。身在廣播室的曾昭燏心中明白，當局之所以選她出來對台廣播，並不是因為她的北京或南京官話說得地道，也並不是她的官帽子足以震懾台灣群僚，實在是因為她的家族有許多重要親友雲集台灣。這些直系親屬又與國民黨許多官僚有著千絲萬縷的聯繫，如畢業於西南聯大生物系的曾昭楣，夫婿是譚延闓的公子譚季甫，而譚季甫的妹妹譚祥則是台灣國民黨政府「副總統」陳誠之妻。曾昭燏二嫂俞大絪雖留在北大西語系繼續任教，但她是台灣國民黨「國防部長」俞大維之姊、傅斯年之妻俞大綵的姐姐。這些盤根錯節的關係，令當局對曾昭燏格外看重又放心不下，她必須如實交代且要表明自己的態度。
遙想當年，曾昭楣就讀於西南聯大時，其母於1939年冬在昆明惠滇醫院病世，當時正在大理與吳金鼎、王介忱組織考古發掘的曾昭燏，於11月23日得到消息，她在當天的日記中載：「下午歸，連接二電報一為母親病重，一為母親棄養，晴天霹靂，夢寐未曾想到！！！傷哉！遂為無母之人，此生尚有何趣味也！」26日，曾昭燏趕回昆明，與親友相見，「惟有痛哭而已」。料理了母親的喪事，曾昭燏對兩個時在西南聯大讀書的三妹昭鱗、四妹昭楣主動承擔起關愛的責任。對此，曾昭楣回憶說：母親去世後，「燏姐待我，姐兼母職，自己節衣縮食，每月匯我用費從不間斷，如昆明有轟炸，必從大理來信問訊，真是無微不至，直至我婚後」。正是這種亦姐亦母的雙重身份，曾昭燏才當仁不讓地插手妹妹的婚事併產生了影響。
關於四妹曾昭楣的婚事，曾昭燏在《自傳》中說：「一九四五年抗戰勝利以後，她在重慶和剛從歐洲回來的譚季甫訂了婚。譚是曾任偽國民政府主席譚延闓的兒子，當時為經濟部次長譚伯羽的親弟，當時為國防部部長陳誠的妻弟。那時我正在從川西李庄來到重慶，昭楣和譚季甫已經相好了，我對於這段婚姻沒有反對，而且在他們訂婚以後，我促成他們在10月結了婚。」事實上，對於這門婚事，曾昭燏不但沒有反對，還做了一些牽線撮合的工作。據俞大縝女兒彭鴻遠口述，曾昭楣與譚季甫之婚姻，曾昭燏出力甚大，因「我的母親俞大縝與陳誠妻，即譚家的女兒關係極好」。通過俞大縝與陳誠之妻牽線，曾昭楣與譚季甫接上了火。曾昭燏聞訊後，對這門親事極表贊成，再度添柴加油，使這對年輕戀人的慾望之火越燒越旺，有情人終成眷屬。作為姐姐的曾昭燏為何要扮演這樣一個角色，她在《自傳》中有如下交代：
譚季甫是在國外學了14年冶金的工程師，學問和技術總是不存在問題的，人又老實，昭楣嫁給他，總算有個依靠……昭楣到他家去，不至大吃苦，關於譚家與陳誠的親戚關係我也想過。我認為陳誠在國民黨軍人中是一個比較廉潔的人。沒有舊軍閥那許多壞習慣，昭楣在那裡，不會學壞的。而且這時毛主席到了重慶，我對國共和談還抱著很多的幻想，認為在全國人民一致要求之下，這個仗打不起來。再退一步想，便是打起來也是國家大事，我們管不了。好在譚季甫是技術人員，不一定靠親戚吃飯……我還保留著濃厚的封建意識對於妹妹只是溺愛，只希望她嫁個