董作賓於1948年底攜家隨史語所遷台後，繼續從事甲骨文研究併兼任台大考古人類學系教授。傅斯年去世後，由董作賓接掌史語所所長一職。董氏上任後，仍像當年在李庄一樣領導群賢悶頭做自己分內的研究工作，對島內的政治爭鬥與海峽兩岸發生的政治事件並無興趣。按董的說法，個人的存在和力量非常渺小，如原清華教授浦薛鳳嘗謂的「太虛空里一游塵」，或謂滄海一粟，特別是作為知識分子，還是埋頭做點自己力所能及的實事為好。只是樹欲靜而風不止，董作賓欲躲在孤島一角喝著南瓜鹽煮稀飯做點烏龜殼的研究，但大海那邊卻又掀起狂風暴雨，有人趁機興風作浪，向困厄於孤島的董作賓等人襲來。
自1950年始，逐漸穩住陣腳的中共政權，出於一種政治需要，在掀起批判胡適運動的同時，號令留在大陸的一切人等，不論是工農學商兵，還是與國民黨有過瓜葛的舊官員與已沒有自由可言的原自由知識分子，都要接受馬克思唯物主義辯證法的理論教育和馬克思主義為主導的社會發展史，即從猿到人、勞動創造人等新式理論。這個新式理論，具體分為原始社會——奴隸社會——封建社會——資本主義社會——社會主義社會等五大社會發展階段。每個在大陸地區紅旗下討生活的人，必須堅信這個社會發展演變模式，同時還必須要堅信「資本主義一天天爛下去，社會主義一天天好起來」這一不可置疑的、放之四海而皆準的歷史發展規律。對這一規律是否信服，成為檢驗「誰是我們的敵人，誰是我們的朋友」的「分水嶺和試金石」。——在這樣一種社會政治風雲鼓盪下，新成立不久的中國科學院，特別是下屬研究人文歷史科學的考古研究所，自然要站在時代大潮的前列，為這個發展規律推波助瀾，使之一浪高過一浪，直至達到「無限風光在險峰」的奇效。
於是，在1951年那個乍暖還寒的春天裡，中國科學院考古研究所領導層，開始組織新老員工利用大塊時間蹲在會議室開會，除批判胡適的言論，便是集體學習社會發展史，特別是郭沫若的《中國古代社會研究》一書，成為政治學習的文件。在不斷深入學習討論中，郭沫若的這部著作被譽為「我國馬克思主義史學的開山之作」，作者也被加封為「在馬克思主義指導下研究中國古代社會、中國古代史而作出了創造性貢獻的第一人」。按照郭氏以唯物史觀弄出的古史體系，其結論為：
商代是金石並用的時代。那時候已經有了文字，但在形成途中，所以左右行不能確定，每個字可以正寫反寫，一個字也可以有幾十種寫法；生產以畜物為主，農業剛剛開始；社會形態是原始共產制氏族社會，以母係為中心，所以有「兄終弟及」、「先妣持祭」、「多父」、「多母」的制度。商代才是中國歷史的真正起頭。西周是由氏族社會轉移到奴隸社會；春秋以後，又轉入了封建制度；最近百年為資本制。與此相應的 中國有三次社會革命。第一次奴隸製革命在殷周之際；第二次封建製革命在周秦之際；第三次資本製革命在清代末年。
據考古所當時參加的年輕研究人員石興邦說「大家討論得很熱烈，郭寶鈞也參加討論，寫了一篇介紹殷墟人殉慘狀的文章。這是說明殷代階級壓迫殘酷性的好材料，在報上發表，引起學界的震驚和重視。可是他在文末寫了兩句很不合時宜的話『事實至於遺存，推斷敬俟卓識』。意思是說，我只是報道事實，至於它的歷史含義，還請高明的人來論斷吧。這篇報道郭沫若先生看到後，如獲至寶，因為是說明奴隸社會最有說服力的材料，卻對文末的兩句結語作了嚴厲的批評。說他是抱著金飯碗討飯吃。郭老對此批評很不滿意。其後，在思想改造的會議上，不無怨尤地說了幾次。從他的言談之間，可以體會到，他對殉人的歷史含義，不一定看做是奴隸社會的證跡，對社會發展階段上的種種論述和新事物，在他思想上還沒有準備，這與他過去在中央研究院史語所的整個學術氣氛和環境以及受到的影響是相聯繫的。」
早在1945年，郭沫若於重慶出版他的史學大作《十批判書》時（南按：即「文革」時期毛澤東警告郭「勸君少罵秦始皇，十批不是好文章」之《十批》），曾在後記中寫道：「在科學方法之外，我也接近了近代的文學、哲學和社會科學。尤其辯證唯物論給了我精神上的啟蒙，我從學習著使用這個鑰匙，才認真把人生和學問上的無門關參破了。我才真明白了做人和做學問的意義。」又說：「我比較膽大，對於新史學陣營里的多數朋友每每提出了相反的意見。我堅持著殷、周是奴隸社會，重新提出了更多的證據和說明。」——這個時候的郭沫若尚能對不同意見有所容忍並設法重新提出更多的證據和說明，以表示自己的謙虛和創造的學說並非鐵板一塊，牢不可破。而對傅斯年、李濟、董作賓等史語所人員也頗為尊重。抗戰勝利後，在史語所大隊人馬複員之前，傅斯年、李濟等幾位大腕因經常到南京洽公，順便在中央研究院史語所修理完工的房子里小住。就在這個短暫的歷史空隙，作為國共之外的第三方代表應邀到南京舉行促進國共和談座談會的郭沫若，來到了史語所戰後重修的房舍參觀並得以與傅、李等人相會。對於這段經歷，郭沫若有如下一段回憶：
歷史語言研究所在中央研究院的最後一進。因為今天是做三分之一的主人，在兩點半鐘的時候我提前趕到了。
研究所正在修繕，在裝門上的花格，漆樓梯上的欄杆。我在雜沓中被領導著上樓，而傅孟真先生卻打著赤膊剛好從左手最末一間的後房中走出。手裡拿著一把蒲葵扇，和他有點發福的身子兩相輝映，很有點像八仙裡面的韓鍾離。這不拘形跡的姿態我很喜歡，但他一看見我，發出了一聲表示歡迎的驚訝之後，略一躊躇又折回後房裡去了。他是轉去披上了一件汗衫出來。
——何必拘形跡呢？打赤膊不正好？我向他抱歉。
孟真只是笑著他那有點孩子味的天真的笑。他只連連地說：還早還早，他們都還沒有來，我引你去見濟之。
濟之就是李濟博士的表字，他是在安陽小屯發掘殷墟的主將。前一向在報上看見他到日本去清理古物去了，當然他是才從日本回了國的。
畢竟是搞學問的人又另外是一種味道。穿過廊道在東頭的一間相當寬敞的後房裡面見到濟之先生。另外還有兩位學者也經過介紹，可惜我的耳朵背，沒有聽出是誰。濟之先生的上身穿的是一件已經變成灰色的白衛生衣，背上和肘拐上都有好幾個窟窿。不知怎的，我就好像遇見了親人一樣。我接觸了我們中國的光榮的一面，比起那些穿卡幾服，拴玻璃帶的黨國要人確實是更要發亮一些……主賓見面小敘，經李濟引領，郭沫若參觀了少部分安陽發掘的古物並作了簡單的學術交流。
從郭沫若的這段回憶看，他與傅斯年似是在重慶期間早已見面並有所交往，而與李濟在重慶時相識且有較深的友誼，故有了郭沫若在見到李濟之後產生了「像遇到了親人一樣」的感覺，同時從對方身上看到了「中國的光榮的一面」，只是這「發亮」的「光榮的一面」轉瞬即逝。隨著政治風雲突變和史語所人員流亡台灣孤島，在郭氏眼中，李濟與傅斯年連同董作賓等人也隨之變成「黑暗」的或者是「中國的恥辱」的一面了。
1950年，郭沫若在《十批判書》改版後記中，於這年的2月17日，專門寫了一篇《蜥蜴的殘夢》，公開向史語所的李濟、董作賓等人發難，內中說道：「前中央研究院在安陽小屯及侯家莊曾發掘到殷代宮殿遺址及殷王陵墓，均以大量的活人埋藏於地以供地下的保衛。以墓而言，一墓的殉葬者多至三四百人。這是前史所未有的。《史記·秦本紀》載秦武公殉葬者六十六人，秦穆公殉葬者一百七十七人，比起來已大有遜色。二十多年前在中東所發掘的古代巴比倫的烏爾王墓，僅僅五十九人殉葬而震動了全世界的，更是小巫見大巫了。這樣大規模的用人遺迹，自然是奴隸制的鐵證。這些資料都不曾發表，遺物已全部搬往台灣，一時無由考見……」又說：「應該感謝郭寶鈞先生，他所提供的這項材料是非常重要的。關於殷代的社會制度，好些朋友一直到現在都還採取著很慎重的態度，不敢斷定為奴隸社會。有了這項資料，我認為是毫無可懷疑的餘地了。以前搞田野考古的人大抵缺乏社會發展史的知識，有的人更根本不相信社會發展史的階級劃分，故他們對於這些史料不加重視，或則兢兢於古器物尺度輕重的校量，或則根據後來的曆法推譜所謂『殷歷』，真可以說是捧著金飯碗討飯了。」
郭沫若文中所說的古器物校量，喻指以李濟和他的弟子吳金鼎等人的所作所為，這一派學者在抗戰流亡的昆明、李庄時期，曾對出土陶器、青銅器等做過詳細的丈量，並稱其重量，劃分類型類別等，這在郭沫若看來屬煩瑣考證，後考古界專門組織力量批判過所謂的「煩瑣考證」，意在消除李濟為代表的考古派的「流毒」。所謂殷歷的推譜自然是指董作賓。董在李庄時，根據殷墟甲骨文透露的信息所完成的皇皇大著《殷歷譜》，已廣為學界