1948年冬天，梅貽琦頂著解放軍圍城的炮火毅然乘機南下，先抵南京，然後轉上海赴香港，再由法國到美國，直至「歸骨于田橫之島」。
梅氏當年懷揣怎樣的心境，如何忍心撇下凝聚著他光榮與夢想的清華園，像一位孤獨的騎士一去不回頭？此點，梅本人沒有留下任何回憶文字，親朋、弟子的回憶則大多支離破碎，且說法各異，只有詳加考證，才能抽絲剝繭，弄清事實真面目。據1938年畢業於西南聯合大學土木工程系的袁隨善回憶，大概是在1955年，梅貽琦和夫人韓詠華路過香港，主動跟他說起當時離開北平的情形，梅說：「1948年底國民黨給我一個極短的通知，什麼都來不及就被架上飛機，飛到南京。當時我捨不得也不想離開清華，我想就是共產黨來，對我也不會有什麼，不料這一晃就是幾年，心中總是念念不忘清華。」
袁氏這一說法顯然過於荒誕離奇，近似妄言，實不足信。那麼真相到底如何？常言道，龍行有影，虎行有風。梅貽琦的出走及其出走動機再神秘複雜，總有線索和蹤影可覓，因為他畢竟生活在一個社會群體中，況且還是一座知名學府的一校之長和一位大教育家，其思想、言行至少在清華同事和親近友好中留下吉光片羽。且看下列人員的回憶——梁思成、林徽因之子梁從誡：1947年冬，母親住院做腎切除大手術，正在美國講學並參與聯合國大廈設計工作的父親，特地趕回來照顧她。聖誕之夜，我和姐姐忽然接到清華梅貽琦校長的邀請，要我們姐弟到他們家過節。但是去後發現只有我們兩個小「客人」，梅校長也不說話，我們顯得十分拘束。不久，就聽說梅校長從城內東單臨時機場飛離了北京。他當時請我們姐弟，也許是有意藉此向我們的父母表示告別吧？
抗戰勝利復校後的清華教務長吳澤霖：他臨走的時候，有一天早上，哪一天，我忘記了，在門口他乘車出去，我剛走進來，他車停下來，我先問他，怎麼樣？聽說你是不是要走？他說，我一定走，我的走是為了保護清華的基金。假使我不走，這個基金我就沒有法子保護起來。最後兩句話是他思想的一閃念，很緊張。以後到上海後，他給我通過一次信，以後再也沒有聯繫了。
梅貽琦好友、物理學家李書華：民國卅七年十二月半北平突被共軍圍攻，西苑與南苑機場均不能用。北平城內動工建築一個臨時機場，利用東交民巷東面圍牆外的操場與東長安街東部一帶地方，作成南北方向跑道一條。十二月廿日晚間政府派第一架飛機到北平接人，降落於該臨時機場上。廿一日清晨我與月涵及袁守和（同禮）先生和袁夫人等數人，攜少許隨身行李登機飛往南京。這是差不多十四年以前的事。
梅貽琦夫人韓詠華：北京解放前夕，我的大女婿在國外，我怕大女兒祖彬與丈夫長期分離，就跟梅先生商量，決定由我送祖彬出去。一九四八年十一月廿八日，我帶祖彬及她的兩個小孩搭親戚（南按：衛立煌將軍）飛機離開北京，飛往廣州，之後不久又轉到香港，借住在祖彬愛人的兄嫂家裡。
這時候梅先生還在北京，他為學校事務城裡城外地奔波著。十二月十四日下午他進城辦事，趕上北京城被圍，阻於城內，從此再沒有回到清華。南京國民黨政府連續來飛機接人，他搭乘最後一班飛機走了。以後，梅先生從南京取道上海到香港，在香港遇到一個法國朋友，約他到日內瓦參加聯合國的會議。這樣，梅先生就離開中國大陸了。
另，我在廣州報紙上看到誰誰走啦，就是梅校長還是從里從外照顧學生。以後，聽說進城以後，出門證作廢了，他住在北京飯店，那時南苑的飛機場炸毀了，在東單修跑道，有飛機去南京，他趕上尚在北京，梅貽琦和華羅庚就坐那個飛機到南京去了。到南京後又到上海，當時李宗仁在南京。我們就在香港相遇，我從廣州到香港，他從南京、上海到香港。我問他，你為什麼不把祖芬帶來，他說他念書呢，是個學生，不要緊，我是不能回清華啦，能出城還是要出城。
時任清華中文系代理主任浦江清日記：1948年12月14日，「據說昨晚林彪部隊由沙河、清河衝來，因國民黨軍炮火猛烈而退卻。轉向西邊，向台灣新練的國民黨軍進擊，所以清華園附近又平靜了。下午，有消息雲校方預備一輛卡車，同人女眷想進城的可以搭車，限於女眷。四點前，內校門外擠著許多人，慌亂得很。梅校長在城內，今天上午十一時許小汽車返校，帶來款項，下午三時發薪。這次我的薪水近金圓券千元。……晚上沒有電燈，早睡。聽見炮聲，在南方。氣象台的大炮已經撤掉了（南按：國民黨軍在清華安裝），據說是梅校長在城裡交涉的，先是撤在圓明園內，後來撤往城內了。」12月16日，「城內交通斷絕。郵箱電話都不通。據悉，胡適夫婦已飛京。寅恪先生亦已成行，惟其眷屬仍留平。梅公似尚未成行，黑板報雲政府要梅公飛京。至於校中空氣，多數同學本來是左傾的，他們渴望被解放，少數也變為無所謂。教授同人極右派本來想走的，現在也走不成了，多數成為無所謂。」……共軍既把平津路也切斷，中央軍已無退路，困守北平城。……共軍所用長城銀行的紙幣出現了。
12月24日，「上午十時開教授會。通過議案二：一、挽留梅校長，請繼續為本校服務；……晚間至馮芝生宅，參加起草挽留梅校長函，覺措辭頗困難。梅先生於十三日因公進城，十四日午時返校，下午又進城，以後交通阻斷留居城中，迄未出城。無線電消息，孫科新閣名單中，梅氏長教育部。學生會一致挽留，謂南京政府將倒，不應使名流『殉葬』雲。教授會亦一致挽留。我們起草雖斟酌措辭，然據馮公所得消息，梅先生已於本星期二飛京，挽留已為形式上之事矣。諒梅公亦有難處。」
12月30日，「昨日為梅校長六十誕辰，原定進獻油畫像一幀，並有祝壽詞（馮公所作）並油畫像題詞（張子高先生所撰），裝成冊子，同人皆簽名於後。梅先生已行，頗可惋惜。冊子仍傳觀，余亦補簽名於後。」
梅貽琦秘書沈剛如：一九四八年十二月，解放戰爭臨近北平近郊，清華園可聞激烈槍聲。十三日星期一，槍炮聲更密更近，學校決定自下午起停課。連日來校長皆於下午進城與城內各大學校長商討應變措施。十四日下午，校長以電話把我召至其家，交給我一包股票和契紙（這是與清華合辦數學研究所的盧木齋後人交來用作基金的），讓我整理好抄一清單。另外，叫我把一枚金元和一根金條交給出納組妥為收存。交代清楚後，校長便乘車隻身進城。當晚黃庄一帶即告解放，校長欲歸不能，從此梅校長便離開了我們。
梅貽琦清華同事葉企孫：1948年解放前夕，梅貽琦和我講，在福建建立一個清華基地，北京解放很快，沒辦成此事。清華的基金問題，在解放前夕我叫梅貽琦自己留一本資金賬，我又想在解［放］北京時一同同他到南京。
梅貽琦清華同事陳岱孫：1948年底，我記得我還在上課，就聽見霹靂啪啦打起來了，課也上不了啦，下課吧！下課之後，下午就找梅校長去了，他正要動身進城，他告訴我，他說：「我現在趕快進城，要弄一些錢來，因為學校沒錢了，弄點錢來，讓全體師生員工渡過這一段時間。我拿了錢，馬上就回來。」但是他那天晚上沒有回來，後來就聽說他到南京去了。後來葉企孫告訴我，梅校長進城去了，拿了錢了，坐汽車出來到西直門，西直門關了。那時候，西直門每天晚上都關門，10點鐘左右關門，不過有一個出門證，清華也有一個三聯單出門證。有出門證，可以開這個西直門出來，隨便什麼時候辦理都可以。但是那一天，出門證失效了，不許出來，就回到城裡去了。住到胡適家裡，過了一、二天，胡氏說，你不必回去了，跟我一起走吧！於是就跟胡適一起走了。
梅貽琦秘書趙賡颺：12月10日，清華作出決定將於十三日停課。翌日，梅召校長 室秘書沈剛如至住所，面交一包股票及契紙，乃天津盧木齋後人出資與清華合辦數學研究所之基金；又交出自己所保管之金元一枚、金條一根。下午入城開會。晚間在市內接電話，得悉解放軍已佔領北平西郊各地西山通西直門之大路亦遭封閉。15日，大批解放軍正式宣告圍城，梅不能返校，以電話通知，請校務會議代理校務，馮友蘭先生為主席，暫主持校內事務，設法維護校產及師生安全。於是「先生從此與任教十三年，長校十七載之清華隔絕，多年魂夢徒縈，終身未得再返。」
梅貽琦助手蔡麟筆：卅七年冬北平情況緊急，教育部派專機接梅先生南來，當時正值孫哲生組閣，再三邀請梅先生入閣，梅先生……心殊不安，曾對新聞記者談話說：「不出來對南方朋友過意不去，來了就做官，對北方朋友不能交待。」所以始終婉謝，卒不就職。
從以上相關人員的回憶可以看到一個輪廓，這便是：梅出走北平之前有過較長時間的思想活動和準備，最後下定決心離平赴京。至於梁從誡所說梅氏向梁思成、林徽因告別的良苦用心，或許當是事實