事實上，在陳垣跳出來向胡適打響第一槍之前，「倒胡」運動已經開始，只是在聲勢上沒有陳氏這一槍直接和響亮，因而少為大眾所知。
吳晗等人以軍管會的名義接收北大、清華、師大後，即按照中共高層的旨意開始組織人員討論胡適與「胡適思想問題」。馮友蘭、俞平伯、朱光潛、沈尹默等眾多學者出於各種原因，皆不同程度地在會議上向昔日的朋友、今日的仇寇胡適發難，並信誓旦旦地向中共派到學校的軍代表承諾，一定要拋棄胡適四處販賣的自由主義歪理邪說，膺服偉大的、在中國革命航程中具有燈塔地位和重大意義的馬列主義光輝理論云云。稍後，以中共軍代表身份進入清華園，實際主持校務的吳晗，在把馮友蘭頭頂的清華校務委員會委員、文學院院長兩頂帽子整肅掉之後，繼續對這位在西南聯大時代差點成為國民黨中央委員的哲學家實施排擠打壓。無端丟掉官帽又遭擠壓的馮友蘭「心不自安」，開始琢磨在這改朝換代的大動蕩、大混亂中如何見風使舵，東山再起。經過一段時間的冥思苦想，終於想出了一個奇招，但因事關重大，加之機會尚未成熟，這個奇招遲遲未能出台亮相。
苦苦等待的機會還是到來了，1949年10月5日，即新中國成立後的第五天，馮友蘭風聞清華大學有許多教授開始向毛澤東寫信表忠心，遂決定加以仿效，並要有所超越。在一番冥思苦想後，強按內心急促的跳動，潑墨揮毫寫就一封效忠信，密封后託人送給已「縛住蒼龍」的毛澤東主席。信中，馮沉痛地斥罵自己過去兩次加入國民黨，且差點當上了中央委員，謂自己在校內校外散布封建哲學，幫了國民黨的忙，成了革命的反面典型與活教材。今後一定要痛改前非，改造思想，認真學習馬列毛澤東思想，重新做人，爭取用五年時間重新寫出一部馬列主義史觀的哲學史，在學術上立功贖罪云云。
毛澤東接信，於10月13日寫了回信，由一名解放軍下級軍官騎摩托車送至清華園馮友蘭家中。信曰：
友蘭先生：
十月五日來函已悉。我們是歡迎人們進步的。像你這樣的人，過去犯過錯誤，現在準備改正錯誤，如果能實踐，那是好的。也不必急於求效，可以慢慢地改，總以采 取老實態度為宜。此復，敬頌教祺！
毛澤東十月十三日馮友蘭於1918年夏天北大畢業之際，正是毛澤東從湖南進京並在北大圖書館當一名助理之時，僅是一個暑假前後的交錯，使馮友蘭失去了見到毛澤東的機會。倏忽間31年過去，已是江河改色，天翻地覆，馮氏望著天安門城樓上那個高大的身影和展開的巨手，知道自己今生今世無法與之抗衡了，遂以識時務者為俊傑的中國古訓，以「自罵」和「獻忠」的雙重招數，表明自己心理上的臣服和行動上的自覺，同時勾起毛對北大往事的回憶，以便開恩眷顧，來個鼓勵獎掖。想不到毛澤東並不買這位原北大學生的陳年老賬，反而板起面孔，公事公辦式地劈頭蓋臉給了一頓教訓。馮「頗有意外之感」，垂頭喪氣，一時竟不知如何是好。對這次獻媚表忠的失敗，許多年後，馮在自述中說：「信中最重要的一句話：『總要採取老實態度為宜』，我不懂。而且心中有一點反感，我當時想，什麼是老實態度，我有什麼不老實。經過了三十年的鍛煉，我現在才開始懂得這句話了。」馮認為自己當初決心在五年之內重寫一部中國哲學史，實在是「膚淺之至，幼稚之極」。理由是掌握馬克思主義的立場、觀點，談何容易，至於要應用到哲學史的研究工作中去，那就更困難了，「豈是三年五載的時間所能完成的」？因而，「明眼人一看就知道是大話、空話、假話。夸夸其談，沒有實際的內容，這就不是老實態度」。
馮友蘭總算明白了其中的一點奧秘，為此很有些懊悔地說：「如果我從解放以來，能夠一貫採取老實態度……就可能不會犯在批林批孔時期所犯的那種錯誤。」只可惜馮氏在這方面確實醒悟得太晚，後來發生的對江青「讒媚逢迎」，或許就是他所說的自己醒悟得太晚的悲劇吧。就在馮友蘭接到毛澤東書信五天之後的1949年10月19日，新成立的中央人民政府正式決定在原國民黨政府「中央研究院」和北平研究院基礎上成立中國科學院，任命郭沫若為院長，陳伯達、李四光、陶孟和、竺可楨等四人為副院長。中科院下設考古研究所、近代史研究所等人文科學和自然科學十多個研究所。其中在原北平研究院史學研究所和原中央研究院史語所部分人員基礎上成立的考古研究所，由文物局局長鄭振鐸兼任所長，梁思永、夏鼐為副所長。1950年9月，中央博物院籌備處正式改名為國立南京博物院，隸屬於中央文化部文物局領導，任命南京市軍管會文教處處長徐平羽為院長，曾昭燏為副院長。與此同時，中共在全國教育科學界進行了一次規模龐大的整編與人事調整，如上海的同濟大學原教務長、測繪學家夏堅白出任該校校長，原在昆明西南聯大學潮中出力甚多的華崗出任山東大學校長兼黨委書記等，一個全新的格局在教育、文化、科學界業已形成。
與馮友蘭的糊塗相比，毛澤東一直是醒著的，他在指揮數百萬槍杆子以武力推翻蔣家王朝奪得萬里江山的同時，十分明晰地認識到，僅僅把原有的文化、教育、學術界各機構來個關停並轉，選出幾個新骨幹予以領導是靠不住的。剛剛從國統區「轉新」的一大批知識分子，儘管沒有跟著老蔣跑到台灣或逃亡海外，但對共產黨懷有觀望心理。這些知識分子與即將在全國展開的施政方針格格不入。如此一個急轉直下的劇變，在馮友蘭等一般書生們看來是極其艱難的，但在身經百戰的毛澤東看來卻「如烹小鮮」般容易，因為前有蘇聯老大哥整肅知識分子的成功先例，後有強大的無產階級專政工具，二者結合，自是攻無不克，戰無不勝。毛澤東在權衡之後，按「擒賊先擒王」的中國古代兵法要領，首先對自由主義思想體系中最具影響和號召力的「反動頭目」開火，這個「反動頭目」顯然不是急於獻媚表忠心的馮友蘭輩，而是馮友蘭的老師、號稱「五四精神」的楷模，具有自由主義風骨，一貫攻擊中共理論與做法的學界「大鱷」胡適之。
儘管此時的胡適像《西遊記》中的猢猻悟空一樣，早已借混亂之機一個跟頭跳出了如來佛的手掌心，蹦到了美利堅的國土上，但「人還在，心不死」，陰魂不散，精神的幽靈仍在中國大陸花果山水簾洞中徘徊，並在一幫徒子徒孫心目中發揮著別人無法替代的巨大感召力。只有先把胡適這個學術界的精神「教主」撂倒在地，壓於五指山下，使其永世不得翻身，才能對滿腦子自由主義的知識分子產生殺一儆百的震懾效果，也才能在新的天地里樹立革命的、共產黨的、毛澤東的絕對權威。——正是出於這樣一種深謀遠慮，繼陳垣打出第一槍之後，批胡運動的號角在九州大地開始吹響。
1950年9月22日，香港《大公報》發表了胡思杜《對我父親——胡適的批判》一文，文章是胡思杜在華北人民革命大學政治研究學院畢業時「思想總結」的第二部分。未久，此文又在《人民日報》與《中國青年》等報刊轉載——這是胡適離開大陸後，繼老友陳垣首次向他射擊之後打出的又一發子彈。極富歷史況味的是，這顆子彈竟出自他的親生兒子之手。胡適一生情人多多，戀情不斷，風流韻事遍及中外，且還造成一個表妹曹誠英因愛生怨直至出家為尼的悲愴結局，但算在他名下的只有江冬秀一個夫人。江冬秀生有三個孩 子，其中一女早夭，長大成人者為長子胡祖望（思祖），得名於胡適的母親馮順弟，有光宗耀祖之意。次子胡思杜，由胡適親賜，寓意「思念杜威」，既表達了胡適對這位美國洋老師的敬重情，更深含他一生對自由主義的堅定信仰。當胡適最後一次由大陸赴美時，他的大兒子胡祖望已在美國工作、生活。而在北平圖書館工作的胡思杜卻鬼使神差地拒絕隨父母南飛留在了北平，不久即被新生的中共政權從圖書館弄出來，送入華北人民革命大學學習改造。
關於胡適一生教育老婆與栽培兒子的故事多多，可惜並不太成功，夫人江冬秀除了在麻將桌上廣顯神通，成為大牌的「麻將名星」，連寫一封家信的能力都不具備，如此思想才能要為兒子樹立榜樣，如同天方夜譚。早年的胡適曾說「不要兒子，兒子自己來了」，又說「思杜是我創造的」，意思是說中國應該選擇杜威的哲學理論指導實踐，並要一代代「思杜」下去。胡適對兒子如此命名，既是思念杜威老人，更是內心深處接納自由主義思想的期望。但他沒有想到，這個兒子竟在大地陸沉、自己流亡的艱難處境中，從背後給他射來一槍，稱他是「反動政權的忠實走狗」。
胡思杜在《對我父親——胡適的批判》一文中宣稱：自己剛被送入華北革命大學時，仍認為父親「作惡無多」。但經過「學代選舉前兩次檢討會，使我了解在這個問題上自己仍是站在反動的臭蟲立場。結合《社會發展史》、《國家與革命》、《中國革命簡史》的學習」，使自己翻然猛醒，自己的父親原來是「反動階級的忠臣，人民的敵