坐上台大校長交椅的傅斯年，再度「聊發少年狂」，施展出當年敢打硬沖，「凡事先騎上虎背」的本領，對台大積習實實在在地來了一番大刀闊斧的改造，不論是通過誰的條子和門路，後台有多硬，凡不合學術水準，濫竽充數的教授，全部驅逐出校門。校內職員，特別是原「帝大」時遺留的醫務人員，凡無醫療常識，不知救死扶傷為何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出幾個月，傅斯年掄圓了手中的權力之刀，如同切西瓜一樣「稀里咔嚓」，將七十餘名不合格教授與職工切掉，趕出校園。自此，台大面貌為之一新，形成了一個蓬勃向上的局面。許多年後，無論是傅的追捧者還是被趕走的對立面，在回憶這段往事之際，都不得不承認，假如沒有傅斯年，台灣大學在那樣動蕩的時局中，想要在短時間中迅速崛起，奠定一個現代大學的基礎，確是難以想像和不可能的。據陳雪屏回憶，傅赴台時健康情形已很是令人擔憂，「但他一方面心憂大局，同時銳志要把台大建設成一個夠世界水準的學府，殫精竭慮，竟無一刻的輕鬆」。也正由於世事紛亂與勞累過度，導致傅斯年英年早逝。
傅在台大的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時，自然觸及了許多權貴者的利益，令對方極為不快和惱怒。當時台大師生反對國民黨腐敗無能，以權謀私等令人激憤的醜行，學潮一浪高過一浪，而傅的對立面借學潮運動趁機發難。有國民黨政客在報紙上發表致傅斯年的公開信，指責台灣大學優容共產黨，並指名道姓地說法學院院長薩孟武「參共親共」，某某院長、系主任是「共產黨分子或參共分子，他們把持院系，排除異己」，把各院系變成培植親共勢力的溫床等，企圖置傅氏於不忠、不孝、不仁、不義的絕地。
傅斯年對台大師生特別是台灣一幫鬧獨立的土著反蔣倒蔣活動一直深惡痛絕，對學生中有真憑實據的共產黨員亦不寬容，每有發現均嚴懲不貸，其態度與他處理西南聯大學潮時並無二致，曾不止一次地喊出了「讓布爾什維克滾出台大！」的響亮口號。但他同時認為，如沒有真憑實據，當局不能肆意進入校園在師生中搜查，更堅決反對隨意指責他人為共產黨。當年西南聯大爆發學潮，並鬧出了人命，他在致俞大綵的信中謂西南聯大學潮「地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺」等便是他做人處世的主張與原則。
正是緣於這一指導思想，傅斯年讀了報上對台灣大學師生的指責後，既惱又怒，毫不顧及地以「他媽的！」開罵起來，而後採取以牙還牙的戰略進攻態勢，在報上兩次發表措辭強硬的檄文予以反擊：「學校不兼警察任務」，「我不是警察，也不兼辦特工」，「若當局有真憑實據說某人是共產黨，我將依法查辦，但是我辦理這種事，決不能含糊其辭，血口噴人」。最後聲明：「反共須有反共的立場，貪官污吏及其他既得利益階級而把事情辦壞了的，我不能引以為同志。」傅氏聲色俱厲與咄咄逼人的態勢，令對方不得不暫時退卻，伺機而動。
機會很快到來，1949年3月底，台灣省立師範大學與「國立台灣大學」學生聯合鬧將起來，並且高呼中國大陸的學運口號：「反內戰、反飢餓、反迫害」等，引發當局的嚴重關切，認為台灣校園確實受到共產黨的統戰與滲透，必須捉拿主謀分子，給予嚴厲懲治。台灣省主席兼警備總司令陳誠，命令警備副總司令彭孟緝率部緝拿。4月6日，台北大批軍警按預定計畫闖入校園欲開殺戒，傅斯年對當局不經法律程序的進入台大校園內逮捕師生表示不滿，親自找國民黨最高當局交涉，要求逮捕台大師生必須經過校長批准。傅對前往執行任務的彭孟緝道：「我有一個請求，你今天晚上驅離學生時，不能流血，若有學生流血，我要跟你拚命！」彭孟緝禁於傅的氣勢，不敢造次，遂當場保證：「若有人流血，我便自殺。」未久，台大被捕的學生多數放回，而師範學校不但近百名學生被送進監獄，還有7名學生以反革命罪名被槍殺。事件過後，省立台灣師大受到了停課整頓，師生重新登記並接受軍訓、校園戒嚴等懲處。而國立台灣大學雖受波及，但比之師大要好得多，此皆得益於傅斯年竭力庇護、斡旋之功。許多年後，台灣師大師生還就這次事件與台大相比，並大罵當年的學校領導者軟弱無能，幾乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而對傅斯年誇讚不絕。
1950年新生入學考試，國文卷由傅斯年親自命題，其最重要的一題摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之廣居，立天下之正位，行天下之大道。得志，與民由之；不得志，獨行其道。富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈，此之謂大丈夫。
此題可視作傅斯年赴台後「雖千萬人吾往矣」的心志獨白，也是對台大學生精神層面上的心靈寄託。
這年1月，風浪再起，校外校內傳言傅斯年「將去國，將辭職」。針對傳言，傅氏在23日的校刊上發表了《致台大同事同學》公開信，信中說：「半年多來，校外攻擊斯年者，實不無人，彼等深以不能以台大為殖民地為憾。然彼等原不知大學為何物，故如遂其志，實陷本校於崩潰。鑒於一年來同事同學對斯年之好意，值此困難之時，決不辭職，決不遷就，決倍加努力，為學校之進步而奮鬥！」
正是這種內外交困局面與本人剛烈不屈的性格，導致傅斯年血壓驟然增高，身體很快垮了下來。1950年夏天，傅身患膽結石，不得不到醫院做手術。出院時醫生勸他至少要在家中休養一周，但台大的事務紛亂如麻，根本無法辦到。對此，隨國民黨赴台的朱家驊曾以十分傷感的心情回憶道：「在他（傅斯年）去世的前幾天，閑談之中，他忽然對我說：『你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲斷送在台大了。』當時我只以為他因感覺辦事的辛苦，而出此苦語。不意數日之後，便成讖言。」
像冥冥中有一種淵藪，傅斯年於心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一頭扎進了煙雨迷濛的黃泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回憶：「三十九年十二月十九日，他去世的前夕，是一個寒冷的冬夜，我為他在小書室中升炭盆取暖。他穿著一件厚棉袍伏案寫作。我坐在對面，縫補他的衣襪。因為他次日要參加兩個會議，我催他早些休息，他擱下筆抬頭對我說，他正在為董作賓先生刊行的《大陸雜誌》趕寫文章，想急於拿到稿費，做一條棉褲。他又說，你不對我哭窮，我也深知你的困苦，稿費到手後，你快去買幾尺粗布，一捆棉花，為我縫一條棉褲，我的腿怕冷，西裝褲太薄，不足以禦寒。」
傅氏說到這裡，俞大綵一陣心碎，欲哭無淚。儘管當時台灣的經濟狀況極度混亂糟糕，但比抗戰時期在昆明和李庄總要好一些，傅斯年作為當時台灣島內唯一一所大學校長兼「中央研究院」史語所所長，一般人也許覺得他不該再像李庄時代那樣鬧窮了，殊不知當時傅領的只是台大的一份薪水，時兒子傅仁軌仍在美國讀書，他和時任台大英語系副教授的夫人俞大綵兩個人的收入，僅能維持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一筆報刊文章的稿費，想托衛生署的官員劉瑞恆出差到香港時買一套現成的西服，但把稿費和家裡的存款加起來一算，只能買一件上衣。傅斯年只好說：「幸虧我還有沒破的褲子，那就只買件上衣吧。」
在這個暗伏不祥之兆的冬夜，正當俞大綵為家中的窮苦生活黯然神傷時，傅斯年起身滿臉疲倦地打了個哈欠，突然指著壁上的書架說：「這些書，還有存於史語所一房間的書，我死後留給兒子。我要請董作賓先生制一顆圖章，上刻孟真遺子之書幾個字。」言畢，長嘆一聲，一反常態地對俞大綵說道：「你嫁給我這個窮書生，十餘年來，沒有過幾天舒服的日子，而我死後，竟無半文錢留給你們母子，我對不起你們。」俞大綵聽到這裡，大為驚駭，急忙起身捂住了傅期年的嘴巴，沒讓他繼續說下去。
後來俞大綵回憶這個夜晚的凶兆時說：「我一向不迷信，難道這幾句話就是他的遺言？夜深了，窗外吹起一陣寒風，室內盆中的炭已化成灰，我猛然感到一陣透骨的寒冷。」
不數日，當董作賓含淚把稿費送到傅家時，俞大綵雙手捧著裝錢的信封，悲慟欲絕，泣不成聲。用心血換取的稿費到來了，但此時的傅斯年已命歸黃泉，不再需要為自己的雙腿做禦寒的棉褲了。
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的農復會的一次會議，討論農業教育改進和保送台大學生出國深造問題。會上，傅提了不少意見，據現場的人回憶說，他一會兒用漢語講話，一會兒用英語和美國人交談，一會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。午飯後稍事休息，傅又於下午2時許趕往省議會廳，列席台灣省參議會第五次會議。這一天，參議會所質詢的問題全是有關教育行政方面的事務。會議開始後，傅斯年登台講話，但主要由時任台灣省教育廳廳長陳雪屏作答。大約到了5點40分，參議員郭國基突然站出來質詢有關台大的問題。這郭國基乃