1949年1月20日，傅斯年正式就任台灣大學校長。時台大中文系教授黃得時仰慕傅的聲名，請其寫幾個字作為留念。尚以齊魯之士自居和自豪的傅斯年，揮毫寫下了「歸骨于田橫之島」短幅相贈。眾人見之，頓生凄愴之感，更想不到竟一語成讖。抵台後的傅斯年仍兼任隨遷的「中央研究院」史語所所長，但主要精力則投入台大的興建改革之中。
台灣大學的前身為台北帝國大學，是日本在中日甲午海戰之後，強佔台灣並於1928年創建的一所綜合性大學。1945年抗日戰爭勝利，台灣重新回歸中國。當時國民政府派中央研究院植物研究所所長羅宗洛赴台接管該校，並改名為「國立台灣大學」，羅任校長。此時的台大經濟拮据，舉步維艱，剛上任的羅宗洛大有亂杆子撲頭——痛中帶暈之感，於是很快掛冠回滬，專任他的植物研究所所長去了。此後國民政府又相繼委派中央大學教授陸志鴻和北平研究院研究員庄長恭出任台大校長，此二人又都因地方長官的冷漠和校內種種困難而辭職。當傅斯年執掌台大時，已是抗戰勝利之後第四任校長，而這個時候正是國民黨大撤退，台灣地區大動蕩、大混亂、大失控時期。學校內部房舍狹小，經費奇缺，校務混亂，學潮迭起。再加上一百多萬從大陸撤退的國民黨政府軍政人員及家眷蜂擁而至，要求入學就讀者驟然增加。原在「台北帝大」時代只有幾百人的校舍，根本無法容納狂潮一樣洶湧而來的學生，一旦權要顯貴人物的子女親屬有人學者稍不如願，高官大員們便憑藉手中權力橫生枝節，給學校當局製造麻煩甚至災難。傅斯年接手後仍是這種令人激憤和無奈的局面。在「台北帝大」時代，學生大都是富家子弟，全部走讀，學校不設宿舍。傅斯年執掌台大後，本著「決不讓任何學生因經濟拮据而喪失他的學業」的辦學宗旨，不論學生出身貧富，一律按招考標準予以錄取，從而使貧苦人家的孩子得有入學就讀的機會。經此嬗變，出身貧窮且遠離家鄉的學生不斷增多，台大的師資力量更顯得異常奇缺。儘管在撤離大陸時，朱家驊、傅斯年對這一問題有前瞻性考慮和準備，無奈被「搶救」到台灣的學人實在太少，著名的教授只有沈剛伯、錢思亮、毛子水、鄭通和、余又蓀、台靜農、姚從吾、王國華、東方美、夏德義、李宗侗、英千里、楊樹人、潘貫、薩孟武、杜聰明、彭九生、陳振鐸等三十幾人，顯然無法填補大多數學科一流坐椅的空白。所幸的是「中央研究院史語所」大部分人員與數學所幾位精英遷往台灣，才算把台大各院系勉強充實起來。如史語所抵台的李濟、董作賓、凌純聲、芮逸夫、石璋如、勞榦、高去尋、屈萬里，連同晚一輩的陳槃、王叔岷、嚴耕望、周法高等年輕學者，皆應聘到該校兼課。因了這些條件，台大的師資力量才有所改觀。
當然，此時的傅斯年一直沒有忘記繼續拉攏大陸學人赴台。據留在北大的鄧廣銘說：傅氏做了台灣大學校長，「此後便經常以朱家驊的名義給北大鄭天挺先生打電報，號召北大教授到台灣大學去任教，有時也指名道姓，說要某某人去。記得點過張政烺先生的名，也點過我的名。當時鄭先生問我去不去，我說，要論和傅先生的師生關係，我應該響應他的號召，到台灣去。不過，傅先生與蔣介石關係密切，所以跟他去。我與蔣介石沒有什麼關係，不願跟他到那孤島上去。我還和別人開玩笑說，如今國民黨的軍隊是不戰、不和、不守，我的態度是不死、不降、不走。我沒有做過蔣介石的官，和國民黨沒任何關係，用不著為他們盡節殉死。我和共產黨沒仇恨，我在大學教書，人民政府是否讓我繼續教下去，當然還很難說，但這並不是一個投降不投降的問題。我不跟傅先生去，也不跟國民黨走，決意留在北京大學」。鄧是北大歷史系學生，與傅斯年的侄子傅樂煥既是同班同學又是好友，深得傅的賞識。鄧畢業後受傅的邀請赴昆明和李庄出任北京大學文科研究所助教，其間一直受傅的提攜。兩年後，鄧廣銘離開李庄，受傅斯年之薦任復旦大學副教授，抗戰勝利後隨傅到北大出任校長室不掛名的秘書，直到胡適接掌北大仍任此職。再後來轉入北大史學系任副教授、教授，並一度出任過歷史系主任，算是與北大瓜葛較深的一人。
鄧氏所說，是1949年初期事，直到1950年年初，傅斯年一直未放鬆努力，像北京方面的鄭天挺、羅常培、向達、湯用彤、馮友蘭、饒毓泰、葉企孫、曾昭掄、錢三強、周一良、沈從文，特別是在南京停留了一宿就由上海轉往嶺南大學的陳寅恪，多次受到傅的邀請，只是受邀者出於多方面考慮未作響應，仍留在大陸「靜觀待變」，或躺在床上打著自己的算盤，做著「走進新生活」的美夢。據當年北大文科研究所研究生、後來成為哲學家的任繼愈在談到鄭天挺去留問題的一個片斷中說：「鄭先生接受我們黨的指示精神，堅守崗位，安心迎接解放，北大的絕大多數教授在黨的影響下沒有南逃。當時的一些高級知識分子，雖說不上對共產黨有多少了解，但對國民黨幾十年來的日暮途窮，倒行逆施，毫無希望，是十分清楚的。有一次有事到辦公室，正遇上有位清華大學教授和他通電話，問他走不走。鄭先生用安詳穩定的口氣，慢條斯理地說：『不——走。』胡適在南京天天盼北平來的飛機，離開北平最後一架飛機，胡親自去飛機場迎接。只接到北大一位歷史系的教授毛子水。這個人與國民黨特務頭子戴笠是好朋友，他心虛，倉皇逃走了。鄭先生把北京大學的物資、檔案，完整地移交到人民手中。舊北大從此結束，新北大從此開始。」
任氏所言鄭天挺答覆清華教授「不走」二字應是事實，就鄭當時的地位和條件，假若要走，自然是近水樓台先得「機」，但他還是留下了，其中的原因固然複雜，但最後留下來當是鄭天挺的本意。至於說到胡適接機與毛子水出逃外加一個特務頭子戴笠等人事糾葛，似是一部反諜電影故事，可惜與事實相去甚遠。當時欲南飛的人員多多，只要回顧一下「中鼎」號軍艦向台灣運送故宮與史語所等機構的國寶時，各色人等爭相登船並令百感交集的海軍總司令桂永清淚水漣漣一幕即可推知，更從梅貽琦出走以及與學院派教授有明顯區別的戲劇理論家、梅蘭芳好友齊如山的出走亦可見出當時的緊迫慌亂情形。
就在海峽兩岸紛亂動蕩的特定歷史階段，還有一些不為人知的明爭暗鬥和黑幕，據說當時傅斯年很想邀請哲學名家朱光潛到台大任教，但他手下的文學院長沈剛伯生怕朱到台後，對自己的地位形成威脅，暗中作梗，把邀請信息暗中壓下，秘而不宣，直到大陸完全解放，朱才得到消息。按朱後來的說法他沒有去台之意，但就當時的情形，縱然想抽身起程已無能為力矣。
當時拒絕傅氏敦請赴台而堅持留在大陸的知識分子，除大部分堅守北平、南京、上海等中心城市外，尚有一少部分轉赴偏遠的嶺南、廣西和長白山等一帶大學任教。逯欽立算是這類學人的一個代表。
1946年晚秋，李庄姑娘羅筱蕖隨夫君逯欽立攜懷中的幼子，在親友的淚光里作別故鄉，輾轉來到了南京，與中央研究院史語所同仁一道在廢墟上再造家園，構築未來的輝煌夢想。1948年年底，當國民黨軍潰敗，江山撼搖，傅斯年來回奔波，竭力動員史語所同仁遷台之時，作為新生代學者隊伍精銳的逯欽立自是在被動員之列。只是，出乎傅斯年意料，逯、羅夫婦卻猶豫不決，箇中原因除了對國民黨沒有好感，更多的是不忍遠離故土，再加上當時夫婦二人已有3個孩子，且與逯的母親在一起生活，怕到台灣這座孤島之後生活無以為計，當時盛傳到台灣的人只靠吃香蕉皮度日，故拖延下來。正在這時，羅筱蕖收到了她的五哥、中共地下黨員羅叔諧自家鄉發來的書信，謂「盼了那麼多年的解放，臨解放又要離開大陸，你們都不是國民黨員，不要隨他們去殉葬」云云，勸其留下。逯、羅夫婦認為此說有理，決心不去台灣，此舉令傅斯年大為不快。
傅斯年與逯欽立屬於相隔不遠的魯西小同鄉，傅又是師輩人物，對忠厚聰明的逯氏甚有好感，加上他又是逯、羅婚配的媒人，儘管心中懷有不快與不甘，但也無可奈何。據羅筱蕖回憶：「當最後一次傅先生來我們住處勸說時，知道我們留意甚堅，眼睛都紅了，淚在眼眶中打轉，好像馬上就要溢出來。他站起身對逯君說：『你們都不願同我下火海，只好我自己去跳了。但筱蕖是我從李庄帶出來的，我要對她負責。』遂表示願意介紹逯欽立到當時尚算安靜的廣西大學任教。」該大學的校長陳建修是北大老教授，與傅斯年友善，逯欽立夫婦接受了傅的好意，於這年初冬攜家帶口離開南京抵達桂林。
羅筱蕖的這一說法後來得到了台灣「中央研究院」史語所研究員王汎森的證實，王撰文說：「1948年秋，因為政治上的歧見，逯欽立轉赴廣西大學中文系任教。」南京一別，成為逯氏夫婦與傅斯年及史語所同仁的最後一面。
1949年秋，西南戰局緊張，國民政府大廈將傾，設在桂林的廣西大學陷入空前混亂，校領導人與大部分教授紛紛逃往香港